132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1625 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1625  major facilitator transporter  100 
 
 		 400 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1634  major facilitator transporter  85.36 
 
 		 402 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.273991  normal  0.517668 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4487  major facilitator superfamily MFS_1  69.73 
 
 		 402 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1450  major facilitator transporter  63.12 
 
 		 404 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5559  major facilitator superfamily permease  53.11 
 
 		 386 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2503  major facilitator transporter  37.22 
 
 		 397 aa  170  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527244 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2910  putative 3-phenylpropionic acid transporter  34.15 
 
 		 379 aa  155  9e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0356658  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0840  major facilitator transporter  29.51 
 
 		 380 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0402328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002202  probable 3-phenylpropionic acid transporter  31.95 
 
 		 395 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2694  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.88 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4111  major facilitator transporter  34.92 
 
 		 387 aa  150  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3034  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.97 
 
 		 379 aa  149  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.308801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2754  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.58 
 
 		 379 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2795  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.58 
 
 		 379 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2709  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.58 
 
 		 379 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2816  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.58 
 
 		 379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  34.97 
 
 		 379 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2929  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.3 
 
 		 379 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2005  major facilitator transporter  32.78 
 
 		 390 aa  147  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1556  major facilitator transporter  28.1 
 
 		 407 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.897116  normal  0.129024 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1132  phenyl proprionate permease family protein  34.7 
 
 		 379 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2820  putative 3-phenylpropionic acid transporter  34.7 
 
 		 379 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0314248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1141  putative 3-phenylpropionic acid transporter  34.7 
 
 		 379 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02428  predicted 3-phenylpropionic transporter  34.7 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  34.7 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02392  hypothetical protein  34.7 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3767  putative 3-phenylpropionic acid transporter  34.43 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1657  major facilitator transporter  32.71 
 
 		 395 aa  143  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0618282  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1094  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.23 
 
 		 397 aa  143  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1162  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.33 
 
 		 385 aa  143  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.92917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1269  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.33 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000298411  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2830  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.22 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0442  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.05 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000923694  hitchhiker  0.00000109334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3634  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.97 
 
 		 383 aa  140  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1232  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.59 
 
 		 386 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2197  major facilitator superfamily MFS_1  30.05 
 
 		 406 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0740426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00166  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.23 
 
 		 342 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1748  major facilitator transporter  31.16 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1951  major facilitator transporter  34.51 
 
 		 391 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577429  normal  0.771296 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3043  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.29 
 
 		 386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0906108  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1986  major facilitator superfamily MFS_1  29.52 
 
 		 405 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337503  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2761  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.84 
 
 		 380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4960  major facilitator superfamily MFS_1  37.19 
 
 		 406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.877021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37760  putative MFS transporter  30.71 
 
 		 387 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0112264  normal  0.117862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3228  MFS family transporter  31.34 
 
 		 386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0436901  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1315  major facilitator superfamily MFS_1  36.86 
 
 		 374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.457809  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0860  MFS family nucleoside/H(+) symporter  27.79 
 
 		 395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354031  hitchhiker  0.0000116391 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3073  major facilitator superfamily MFS_1  29.52 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1243  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1284  putative 3-phenylpropionic acid transporter  26.72 
 
 		 399 aa  109  7.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2090  transporter, putative  31.64 
 
 		 380 aa  109  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1971  transporter, putative  29.88 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1639  major facilitator superfamily MFS_1  29.88 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000052995 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0816  major facilitator superfamily MFS_1  33.25 
 
 		 410 aa  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0515849  normal  0.140631 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1923  putative transporter  30.61 
 
 		 386 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.598404 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0703  transporter, putative  28.94 
 
 		 382 aa  104  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.405472  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0017  chloramphenicol O-acetyltransferase  27.45 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000020169 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1739  major facilitator superfamily MFS_1  28.16 
 
 		 385 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.422247 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1567  major facilitator superfamily transporter  28.66 
 
 		 365 aa  100  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0890  major facilitator transporter  35.28 
 
 		 401 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.142109 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3262  major facilitator transporter  27.88 
 
 		 385 aa  99  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344996 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0850  major facilitator superfamily MFS_1  34.56 
 
 		 401 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104948 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1409  major facilitator transporter  29.06 
 
 		 384 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1537  major facilitator transporter  27.33 
 
 		 385 aa  96.3  8e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1922  major facilitator transporter  26.82 
 
 		 382 aa  95.1  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2136  major facilitator transporter  26.42 
 
 		 383 aa  95.5  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3590  putative MFS metabolite transporter  27.83 
 
 		 383 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42750  putative MFS metabolite transporter  27.54 
 
 		 383 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1258  MFS family nucleoside/H(+) symporter  28.25 
 
 		 422 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404287  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2676  major facilitator transporter  26.49 
 
 		 387 aa  92.8  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1883  major facilitator transporter  29.07 
 
 		 390 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523287  normal  0.651381 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1542  major facilitator transporter  27.55 
 
 		 378 aa  90.1  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1723  major facilitator transporter  28.7 
 
 		 381 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3820  major facilitator transporter  31.21 
 
 		 404 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0118645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0949  major facilitator superfamily MFS_1  33.7 
 
 		 406 aa  88.2  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000750812 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0976  major facilitator transporter  27.02 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3879  major facilitator transporter  29.91 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0849528  normal  0.271256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1009  major facilitator transporter  31.79 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2587  major facilitator transporter  25.86 
 
 		 387 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02754  major facilitator superfamily MFS_1  24.33 
 
 		 405 aa  83.2  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.874347  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1831  major facilitator superfamily MFS_1  29.63 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.641775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0757  major facilitator superfamily MFS_1  31.36 
 
 		 389 aa  82.8  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2666  major facilitator transporter  25.67 
 
 		 390 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1439  major facilitator transporter  27.07 
 
 		 384 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0292117 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0872  major facilitator superfamily MFS_1  26.18 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.69388  normal  0.678306 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1813  major facilitator transporter  25.58 
 
 		 389 aa  81.3  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.652379  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2803  MFS family nucleoside/H(+) symporter  25 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0678  major facilitator superfamily MFS_1  27.42 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1227  major facilitator transporter  28.63 
 
 		 380 aa  79  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0164577 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1831  major facilitator superfamily MFS_1  27.7 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1854  major facilitator transporter  25.72 
 
 		 387 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0482615  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1139  major facilitator transporter  26.48 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.173981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3357  major facilitator superfamily MFS_1  28.26 
 
 		 396 aa  76.3  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2751  major facilitator transporter  25.84 
 
 		 391 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.22938  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1608  major facilitator superfamily MFS_1  25.84 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111571  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2768  major facilitator transporter  25.84 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0162365  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2845  major facilitator transporter  25.84 
 
 		 391 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000827001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2044  transporter, putative  26.8 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0012947  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3149  hypothetical protein  26.06 
 
 		 384 aa  74.7  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2283  major facilitator superfamily MFS_1  26.87 
 
 		 362 aa  74.3  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>