More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1478 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1478  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 441 aa  918    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3802  putative aminotransferase  42.52 
 
 		 437 aa  362  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3800  aminotransferase class V  46.28 
 
 		 433 aa  352  7e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4973  putative aminotransferase  40.36 
 
 		 437 aa  338  9.999999999999999e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4359  aminotransferase, class V  40.21 
 
 		 393 aa  298  9e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2611  aminotransferase, class V  35.25 
 
 		 441 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.189769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6132  aminotransferase class V  30.07 
 
 		 422 aa  200  3.9999999999999996e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1756  aminotransferase class V  28.53 
 
 		 438 aa  175  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.60376  normal  0.594036 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3047  aminotransferase class V  27.42 
 
 		 428 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.500863  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001209  aminotransferase ScrA  22.46 
 
 		 469 aa  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04996  cysteine desulfurase  22.08 
 
 		 476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0721  aminotransferase class V  25.59 
 
 		 389 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2502  aminotransferase class V  25.71 
 
 		 399 aa  110  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.207929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1377  aminotransferase, class V  25.58 
 
 		 390 aa  99.8  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3584  aminotransferase class V  23.44 
 
 		 388 aa  96.3  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  28.84 
 
 		 420 aa  94  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0767  aminotransferase class V  25 
 
 		 404 aa  93.6  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.815381 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1763  class V aminotransferase  23.19 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1112  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  25 
 
 		 417 aa  91.7  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.966588  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16690  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  28.08 
 
 		 604 aa  91.3  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21000  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  28.08 
 
 		 604 aa  90.9  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382512  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  31.25 
 
 		 425 aa  90.5  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.28 
 
 		 444 aa  90.1  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1729  cysteine desulfurase family protein  26.61 
 
 		 385 aa  89.7  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000242055  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  29.73 
 
 		 429 aa  89.7  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.61 
 
 		 429 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1608  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.54 
 
 		 657 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  30.86 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1607  aminotransferase class V  25.65 
 
 		 399 aa  88.2  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.96 
 
 		 429 aa  87.8  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2313  cysteine desulfurase family protein  26.97 
 
 		 380 aa  87.8  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.88 
 
 		 429 aa  87.4  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1912  selenocysteine lyase  24.26 
 
 		 382 aa  87.8  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12890  cysteine desulfurase  29.56 
 
 		 422 aa  87.4  5e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0775  putative isopenicillin N epimerase  24.51 
 
 		 464 aa  86.7  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3227  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.62 
 
 		 662 aa  86.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.545837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3075  cysteine desulfurase family protein  26.15 
 
 		 381 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000209414 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3101  cysteine desulfurase family protein  26.2 
 
 		 378 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1692  cysteine desulfurase family protein  28.3 
 
 		 385 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.14 
 
 		 678 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0805  aminotransferase class V  24.48 
 
 		 395 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0409  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.59 
 
 		 412 aa  84.3  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1038  cysteine desulfurase family protein  28.91 
 
 		 382 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028217  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5682  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.22 
 
 		 560 aa  83.6  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2269  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.26 
 
 		 414 aa  83.6  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.216373  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2318  aminotransferase, class V  25.72 
 
 		 394 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.698487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.8 
 
 		 451 aa  83.6  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0989  selenocysteine lyase  28.19 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0778  aminotransferase class V  24.23 
 
 		 395 aa  83.2  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0266  cysteine desulfurase family protein  27.34 
 
 		 388 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3648  aminotransferase class V  21.89 
 
 		 461 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  29.41 
 
 		 414 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4866  aminotransferase, class V  26.22 
 
 		 401 aa  82.8  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.403598  unclonable  0.000000172014 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1300  cysteine desulphurase-like protein  25.33 
 
 		 381 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0145428  hitchhiker  0.00325394 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0699  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.27 
 
 		 419 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2214  cysteine desulphurase-like protein  24.09 
 
 		 383 aa  82.4  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0350826  hitchhiker  0.000530193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.51 
 
 		 416 aa  82.8  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4655  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.84 
 
 		 644 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00370812  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2493  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.27 
 
 		 605 aa  82.4  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4279  aminotransferase class V  22.8 
 
 		 462 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2039  cysteine desulfurase, SufS subfamily  24.65 
 
 		 610 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2252  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.68 
 
 		 414 aa  82.4  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.766677  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0735  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.13 
 
 		 403 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1815  selenocysteine lyase  25.13 
 
 		 665 aa  81.6  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.653401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1219  cysteine desulfurase family protein  23.77 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2006  cysteine desulphurases, SufS  27.95 
 
 		 395 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1295  aminotransferase class V  24.25 
 
 		 430 aa  80.5  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.35338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  28.99 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2314  cysteine desulfurase SufS subfamily  25.27 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.828049 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0640  aminotransferase class V  29.21 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0185  aminotransferase, class V  24.29 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.119153 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2417  putative aminotransferase class-V  24.74 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.526111  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  29.23 
 
 		 418 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0698  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.99 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13787  normal  0.199911 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3297  aminotransferase, class V  23.78 
 
 		 393 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1215  selenocysteine lyase  24.61 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00299865  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1739  putative isopenicillin N epimerase  24.74 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5106  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.4 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0201229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2155  aminotransferase, class V  20.22 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0697123  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0692  putative isopenicillin N epimerase  24.74 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.258994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1965  twin-arginine translocation pathway signal  20.31 
 
 		 426 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0412227  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5541  aminotransferase, class V  24.09 
 
 		 394 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5559  aminotransferase class V  26.76 
 
 		 388 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  0.949284 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3507  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.52 
 
 		 445 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1140  isopenicillin N epimerase  24.74 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3674  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.94 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0027  aminotransferase class V  23.83 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2696  cysteine desulfurase family protein  29.38 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2036  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  24.85 
 
 		 408 aa  77.8  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1003  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27.2 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  0.553057 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1868  aminotransferase, class V  26.55 
 
 		 380 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1551  aminotransferase class V  30.86 
 
 		 383 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2659  cysteine desulfurase NifS  30.05 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.614192 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.63 
 
 		 420 aa  77.4  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3575  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.91 
 
 		 445 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4732  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.71 
 
 		 420 aa  77  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3352  cysteine desulfurase, SufS subfamily  25 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.35 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  0.0000283455 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.85 
 
 		 404 aa  76.6  0.0000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1549  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.03 
 
 		 673 aa  76.6  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>