More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0900 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0900  sugar transporter  100 
 
 		 518 aa  1041    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1970  sugar transporter  42.5 
 
 		 529 aa  428  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.460324  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03799  MFS transporter  43.03 
 
 		 524 aa  419  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2649  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit 2  41.78 
 
 		 536 aa  403  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123588  normal  0.0278702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3184  sugar transporter  32.74 
 
 		 441 aa  254  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.137091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0368  sugar transporter  32.81 
 
 		 448 aa  232  1e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.968703  hitchhiker  0.00000305958 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4403  sugar transporter  30.5 
 
 		 492 aa  217  4e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.92249  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0500  sugar transporter  30 
 
 		 445 aa  215  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.615232  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4020  sugar transporter  29.23 
 
 		 480 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.997993 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19521  hypothetical protein  31.7 
 
 		 480 aa  211  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00600  MFS transporter, sugar porter family  29.94 
 
 		 499 aa  210  6e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2423  sugar transporter  29.86 
 
 		 437 aa  205  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.144845 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0959  sugar transporter  29.3 
 
 		 472 aa  204  3e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2820  sugar transporter  30.86 
 
 		 544 aa  204  4e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0133634 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1728  sugar transporter  30.35 
 
 		 468 aa  202  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0944862  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3727  sugar transporter  28.35 
 
 		 466 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36280  MFS transporter, sugar porter family  27.2 
 
 		 468 aa  201  3e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0757  sugar transporter  34.16 
 
 		 448 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0214435  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0526  sugar transporter  36.34 
 
 		 457 aa  199  7.999999999999999e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.637088  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1031  putative metabolite transport protein CsbC  40.39 
 
 		 251 aa  199  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4061  sugar transporter  24.7 
 
 		 490 aa  199  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33610  MFS transporter, sugar porter family  29.85 
 
 		 497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.300012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3493  sugar transporter  28.74 
 
 		 486 aa  197  4.0000000000000005e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0944  sugar transporter  28.35 
 
 		 480 aa  196  7e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3163  sugar transporter  30.28 
 
 		 468 aa  196  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.956524  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3868  sugar transporter  36.11 
 
 		 450 aa  195  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0468  sugar transporter  37.04 
 
 		 447 aa  194  3e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3612  sugar transporter  28.68 
 
 		 475 aa  194  3e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0802  sugar transporter  29.57 
 
 		 496 aa  194  4e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0710  sugar transporter  28.63 
 
 		 476 aa  193  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.148606 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50070  myo-inositol transporter  28.12 
 
 		 485 aa  193  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4230  sugar transporter  34.95 
 
 		 467 aa  190  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3340  sugar transporter  29.96 
 
 		 504 aa  188  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3592  sugar transporter  34.74 
 
 		 442 aa  188  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369851  hitchhiker  0.00000823269 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1599  sugar transporter  34.15 
 
 		 444 aa  189  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0245  sugar transporter family protein  28.46 
 
 		 478 aa  188  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.669235  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4212  sugar transporter  27.33 
 
 		 477 aa  187  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3147  sugar transporter  30.49 
 
 		 492 aa  186  6e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.060115  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3159  sugar transporter  30.49 
 
 		 492 aa  186  6e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.10565  normal  0.457167 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3209  sugar transporter  30.49 
 
 		 492 aa  186  6e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.331737 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3661  sugar transporter  34.59 
 
 		 480 aa  186  8e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15770  MFS transporter, sugar porter family  27.83 
 
 		 493 aa  186  1.0000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1514  sugar transporter  27.63 
 
 		 474 aa  186  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00665244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2634  host factor Hfq  28.66 
 
 		 470 aa  182  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000323251  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3055  sugar transporter  29.54 
 
 		 494 aa  182  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.177873 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1578  sugar transporter  33.77 
 
 		 466 aa  182  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4863  sugar transporter  34.47 
 
 		 464 aa  182  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.83447 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4483  sugar transporter  29.25 
 
 		 474 aa  181  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125142  normal  0.0950882 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2094  sugar transporter  28.52 
 
 		 487 aa  181  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0241306  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4102  sugar transporter  33.65 
 
 		 477 aa  180  4.999999999999999e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7188  sugar transporter  35.74 
 
 		 438 aa  179  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8679  sugar transporter  31.56 
 
 		 533 aa  179  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.546222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3999  sugar transporter  29.21 
 
 		 479 aa  179  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_27361  predicted protein  29.16 
 
 		 655 aa  178  2e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.114186  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3472  sugar transporter  29.21 
 
 		 490 aa  178  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2312  sugar transporter family protein  28.05 
 
 		 452 aa  177  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.588743  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1953  sugar transporter  28.05 
 
 		 452 aa  177  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4664  sugar transporter  31.13 
 
 		 475 aa  177  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2527  sugar transporter  30.06 
 
 		 491 aa  177  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4699  sugar transporter  31.25 
 
 		 477 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0853  D-xylose proton-symporter  25.87 
 
 		 459 aa  176  7e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1174  sugar transporter  26.86 
 
 		 473 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0128  D-xylose proton-symporter  33.33 
 
 		 484 aa  174  3.9999999999999995e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0489745  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2102  sugar transporter  32.7 
 
 		 457 aa  174  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0456  D-xylose-proton symporter  32.84 
 
 		 463 aa  173  5.999999999999999e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1731  D-xylose-proton symporter  32.84 
 
 		 463 aa  173  6.999999999999999e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17570  MFS transporter, sugar porter family  27.24 
 
 		 486 aa  173  6.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.262232  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3822  sugar transporter  34.76 
 
 		 443 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103912  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3869  sugar transporter  28.93 
 
 		 485 aa  172  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.131713  normal  0.43014 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3778  sugar transporter  29.23 
 
 		 479 aa  171  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2754  sugar transporter  31.09 
 
 		 497 aa  170  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3220  sugar transporter  34.95 
 
 		 468 aa  170  5e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.681904 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1681  D-xylose proton-symporter  26.27 
 
 		 464 aa  170  6e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.142267  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0388  sugar transporter  27.72 
 
 		 472 aa  170  6e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.535327 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2214  D-xylose transporter XylE  32.21 
 
 		 468 aa  168  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0183  sugar transporter  32.38 
 
 		 474 aa  168  2.9999999999999998e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.447711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4271  D-xylose transporter XylE  33.33 
 
 		 491 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7518  sugar transporter  26.88 
 
 		 507 aa  167  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5512  D-xylose transporter XylE  33.33 
 
 		 491 aa  167  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3998  D-xylose transporter XylE  33.33 
 
 		 491 aa  167  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.688802  normal  0.586255 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03903  D-xylose transporter  33.33 
 
 		 491 aa  167  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3965  sugar transporter  33.33 
 
 		 491 aa  167  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03863  hypothetical protein  33.33 
 
 		 491 aa  167  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2109  sugar transporter  27.4 
 
 		 475 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2334  major facilitator superfamily protein  28.8 
 
 		 446 aa  166  9e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4582  D-xylose transporter XylE  33.05 
 
 		 491 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1756  arabinose efflux permease  26.81 
 
 		 516 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0295  metabolite transport protein  31.34 
 
 		 482 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2175  sugar transporter  27.8 
 
 		 482 aa  164  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.349166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1363  sugar transporter family protein  26.2 
 
 		 473 aa  163  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.498359  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1668  sugar transporter  26.71 
 
 		 472 aa  162  9e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2900  sugar transporter  32.51 
 
 		 475 aa  161  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.407104  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1053  sugar transporter  32.91 
 
 		 430 aa  160  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.55252 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4418  D-xylose transporter XylE  32.88 
 
 		 491 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317086 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3820  General substrate transporter  23.67 
 
 		 600 aa  157  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0479  sugar transporter  29.1 
 
 		 471 aa  157  6e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000749242  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0654  major facilitator superfamily sugar transporter  31.1 
 
 		 443 aa  156  8e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.866655  normal  0.707022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0827  sugar transporter  27.1 
 
 		 450 aa  155  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1682  D-xylose proton-symporter  32.72 
 
 		 458 aa  154  5e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000961132  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1394  sugar transporter  30.06 
 
 		 452 aa  154  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>