More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1970 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1970  sugar transporter  100 
 
 		 529 aa  1070    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.460324  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2649  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit 2  54.32 
 
 		 536 aa  570  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123588  normal  0.0278702 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03799  MFS transporter  41.94 
 
 		 524 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0900  sugar transporter  42.5 
 
 		 518 aa  428  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0757  sugar transporter  31.73 
 
 		 448 aa  264  4e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0214435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3184  sugar transporter  30.38 
 
 		 441 aa  244  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.137091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1599  sugar transporter  30.43 
 
 		 444 aa  234  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3661  sugar transporter  30.08 
 
 		 480 aa  232  1e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1728  sugar transporter  30 
 
 		 468 aa  230  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0944862  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0118  sugar transporter  30.5 
 
 		 480 aa  224  2e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0526  sugar transporter  34.68 
 
 		 457 aa  224  3e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.637088  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4020  sugar transporter  28.74 
 
 		 480 aa  219  7e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.997993 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0500  sugar transporter  32.5 
 
 		 445 aa  219  7.999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.615232  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00600  MFS transporter, sugar porter family  29.69 
 
 		 499 aa  219  1e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0183  sugar transporter  30.95 
 
 		 474 aa  218  2.9999999999999998e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.447711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3727  sugar transporter  28.82 
 
 		 466 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1031  putative metabolite transport protein CsbC  43.72 
 
 		 251 aa  216  8e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1053  sugar transporter  31.04 
 
 		 430 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.55252 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4102  sugar transporter  29.1 
 
 		 477 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0368  sugar transporter  34.37 
 
 		 448 aa  214  2.9999999999999995e-54  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.968703  hitchhiker  0.00000305958 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4863  sugar transporter  29.79 
 
 		 464 aa  213  7e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.83447 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1731  D-xylose-proton symporter  30.31 
 
 		 463 aa  213  7.999999999999999e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2634  host factor Hfq  30.1 
 
 		 470 aa  213  9e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000323251  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2214  D-xylose transporter XylE  29.92 
 
 		 468 aa  213  1e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0456  D-xylose-proton symporter  30.12 
 
 		 463 aa  211  4e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17570  MFS transporter, sugar porter family  29.61 
 
 		 486 aa  210  4e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.262232  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1160  sugar transporter  30.89 
 
 		 468 aa  210  5e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0565582  hitchhiker  0.000112742 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3163  sugar transporter  29.45 
 
 		 468 aa  210  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.956524  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0944  sugar transporter  28.1 
 
 		 480 aa  209  1e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1578  sugar transporter  34.45 
 
 		 466 aa  209  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7188  sugar transporter  29.02 
 
 		 438 aa  207  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15770  MFS transporter, sugar porter family  29.53 
 
 		 493 aa  207  4e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33610  MFS transporter, sugar porter family  27.94 
 
 		 497 aa  206  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.300012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2102  sugar transporter  33.64 
 
 		 457 aa  204  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2094  sugar transporter  29.07 
 
 		 487 aa  204  4e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0241306  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0245  sugar transporter family protein  28.29 
 
 		 478 aa  203  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.669235  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3493  sugar transporter  29.12 
 
 		 486 aa  202  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1514  sugar transporter  27.1 
 
 		 474 aa  201  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00665244  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2820  sugar transporter  29.19 
 
 		 544 aa  201  3e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0133634 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3340  sugar transporter  28.46 
 
 		 504 aa  200  6e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3869  sugar transporter  28.52 
 
 		 485 aa  199  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.131713  normal  0.43014 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3999  sugar transporter  30.23 
 
 		 479 aa  197  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4271  D-xylose transporter XylE  34.2 
 
 		 491 aa  197  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4664  sugar transporter  33.15 
 
 		 475 aa  197  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03863  hypothetical protein  34.13 
 
 		 491 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5512  D-xylose transporter XylE  34.13 
 
 		 491 aa  195  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03903  D-xylose transporter  34.13 
 
 		 491 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3965  sugar transporter  34.13 
 
 		 491 aa  195  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3998  D-xylose transporter XylE  34.13 
 
 		 491 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.688802  normal  0.586255 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2754  sugar transporter  28.57 
 
 		 497 aa  196  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4582  D-xylose transporter XylE  34.13 
 
 		 491 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4483  sugar transporter  29.17 
 
 		 474 aa  194  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125142  normal  0.0950882 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4230  sugar transporter  34.01 
 
 		 467 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50070  myo-inositol transporter  32.77 
 
 		 485 aa  194  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1032  putative transmembrane sugar transporter  49.28 
 
 		 225 aa  193  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0827  sugar transporter  27.47 
 
 		 450 aa  193  7e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3868  sugar transporter  31.31 
 
 		 450 aa  193  8e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3822  sugar transporter  29.77 
 
 		 443 aa  192  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103912  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0654  major facilitator superfamily sugar transporter  34.24 
 
 		 443 aa  189  9e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.866655  normal  0.707022 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0710  sugar transporter  34.56 
 
 		 476 aa  189  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.148606 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1668  sugar transporter  28.4 
 
 		 472 aa  189  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3592  sugar transporter  31.87 
 
 		 442 aa  188  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369851  hitchhiker  0.00000823269 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4110  arabinose-proton symporter  28.38 
 
 		 472 aa  187  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000412167 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4699  sugar transporter  31.79 
 
 		 477 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2423  sugar transporter  27.77 
 
 		 437 aa  187  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.144845 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3055  sugar transporter  28.24 
 
 		 494 aa  187  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.177873 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02650  hypothetical protein  27.67 
 
 		 472 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02689  arabinose transporter  27.67 
 
 		 472 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2989  arabinose-proton symporter  28.19 
 
 		 472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609314 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3162  arabinose-proton symporter  28.19 
 
 		 472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.839771  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3021  arabinose-proton symporter  28.19 
 
 		 472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2988  arabinose-proton symporter  28.19 
 
 		 472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.993393  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0874  sugar transporter  28.19 
 
 		 472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0849  sugar transporter  28.19 
 
 		 472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3778  sugar transporter  29.26 
 
 		 479 aa  184  3e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0314  sugar transporter  30.72 
 
 		 479 aa  184  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0468  sugar transporter  26.95 
 
 		 447 aa  184  5.0000000000000004e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36280  MFS transporter, sugar porter family  33.14 
 
 		 468 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0802  sugar transporter  27.91 
 
 		 496 aa  183  8.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2175  sugar transporter  28.06 
 
 		 482 aa  182  9.000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.349166  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3147  sugar transporter  27.22 
 
 		 492 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.060115  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3159  sugar transporter  27.22 
 
 		 492 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.10565  normal  0.457167 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2900  sugar transporter  34.95 
 
 		 475 aa  181  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.407104  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3209  sugar transporter  27.22 
 
 		 492 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.331737 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0128  D-xylose proton-symporter  26.25 
 
 		 484 aa  181  2.9999999999999997e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0489745  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3247  L-arabinose/proton symport protein  27.62 
 
 		 472 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138124 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3184  L-arabinose/proton symport protein  27.62 
 
 		 472 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3348  L-arabinose/proton symport protein  27.62 
 
 		 472 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110273 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3166  L-arabinose/proton symport protein  27.62 
 
 		 472 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3232  L-arabinose/proton symport protein  27.62 
 
 		 472 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.852071  hitchhiker  0.0000142975 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3472  sugar transporter  26.53 
 
 		 490 aa  179  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4418  D-xylose transporter XylE  32.71 
 
 		 491 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317086 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3220  sugar transporter  33.94 
 
 		 468 aa  178  2e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.681904 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1394  sugar transporter  26.78 
 
 		 452 aa  179  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4403  sugar transporter  32.57 
 
 		 492 aa  179  2e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.92249  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2109  sugar transporter  32.49 
 
 		 475 aa  177  3e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_27361  predicted protein  28.05 
 
 		 655 aa  177  3e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.114186  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4061  sugar transporter  25.95 
 
 		 490 aa  177  3e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3347  sugar transporter  35.65 
 
 		 465 aa  177  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0767559  decreased coverage  0.00268397 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7518  sugar transporter  26.35 
 
 		 507 aa  177  6e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>