More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7188 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_7188  sugar transporter  100 
 
 
438 aa  868    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3184  sugar transporter  54.91 
 
 
441 aa  456  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.137091  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1599  sugar transporter  53.23 
 
 
444 aa  431  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0368  sugar transporter  52.01 
 
 
448 aa  406  1.0000000000000001e-112  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.968703  hitchhiker  0.00000305958 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0526  sugar transporter  49.66 
 
 
457 aa  395  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.637088  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4863  sugar transporter  45.54 
 
 
464 aa  382  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.83447 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1053  sugar transporter  50.8 
 
 
430 aa  377  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.55252 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0654  major facilitator superfamily sugar transporter  45.68 
 
 
443 aa  355  1e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.866655  normal  0.707022 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3822  sugar transporter  46.73 
 
 
443 aa  351  1e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103912  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0500  sugar transporter  46.31 
 
 
445 aa  350  4e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.615232  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2136  sugar transporter  47.16 
 
 
447 aa  335  7.999999999999999e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0757  sugar transporter  39.05 
 
 
448 aa  303  5.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0214435  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3592  sugar transporter  37.24 
 
 
442 aa  298  1e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369851  hitchhiker  0.00000823269 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2214  D-xylose transporter XylE  38.51 
 
 
468 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3868  sugar transporter  38.58 
 
 
450 aa  278  1e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4271  D-xylose transporter XylE  35.94 
 
 
491 aa  276  5e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50070  myo-inositol transporter  36.75 
 
 
485 aa  276  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4582  D-xylose transporter XylE  35.94 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5512  D-xylose transporter XylE  35.94 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3998  D-xylose transporter XylE  35.94 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.688802  normal  0.586255 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03903  D-xylose transporter  35.94 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3965  sugar transporter  35.94 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03863  hypothetical protein  35.94 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4020  sugar transporter  35.57 
 
 
480 aa  272  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.997993 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0802  sugar transporter  37.97 
 
 
496 aa  269  8.999999999999999e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1728  sugar transporter  37.39 
 
 
468 aa  268  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0944862  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4664  sugar transporter  35.04 
 
 
475 aa  268  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3727  sugar transporter  36.56 
 
 
466 aa  266  5e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15770  MFS transporter, sugar porter family  37.72 
 
 
493 aa  265  1e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4699  sugar transporter  34.45 
 
 
477 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4418  D-xylose transporter XylE  35.52 
 
 
491 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00317086 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1514  sugar transporter  37.69 
 
 
474 aa  263  4.999999999999999e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00665244  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2094  sugar transporter  37.25 
 
 
487 aa  262  6.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0241306  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0245  sugar transporter family protein  36.24 
 
 
478 aa  263  6.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.669235  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1578  sugar transporter  35.21 
 
 
466 aa  262  1e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17570  MFS transporter, sugar porter family  35.59 
 
 
486 aa  262  1e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.262232  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00600  MFS transporter, sugar porter family  35.56 
 
 
499 aa  260  3e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4102  sugar transporter  37.81 
 
 
477 aa  259  7e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2900  sugar transporter  37.33 
 
 
475 aa  258  1e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.407104  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3661  sugar transporter  37.88 
 
 
480 aa  257  3e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2175  sugar transporter  36.84 
 
 
482 aa  256  7e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.349166  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2102  sugar transporter  35.84 
 
 
457 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3220  sugar transporter  37.74 
 
 
468 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.681904 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4483  sugar transporter  36.98 
 
 
474 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125142  normal  0.0950882 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3869  sugar transporter  34.34 
 
 
485 aa  253  4.0000000000000004e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.131713  normal  0.43014 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4403  sugar transporter  36.57 
 
 
492 aa  252  7e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.92249  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3055  sugar transporter  37.37 
 
 
494 aa  252  9.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.177873 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19521  hypothetical protein  36.87 
 
 
480 aa  251  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33610  MFS transporter, sugar porter family  35.9 
 
 
497 aa  250  4e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.300012  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36280  MFS transporter, sugar porter family  33.7 
 
 
468 aa  249  6e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3493  sugar transporter  35.65 
 
 
486 aa  249  7e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0183  sugar transporter  35.45 
 
 
474 aa  248  1e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.447711  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3163  sugar transporter  34.88 
 
 
468 aa  248  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.956524  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1682  D-xylose proton-symporter  37 
 
 
458 aa  245  9.999999999999999e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000961132  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2820  sugar transporter  32.6 
 
 
544 aa  245  9.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0133634 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1756  arabinose efflux permease  37.17 
 
 
516 aa  244  3e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1668  sugar transporter  35.22 
 
 
472 aa  242  7.999999999999999e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3147  sugar transporter  36.82 
 
 
492 aa  242  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.060115  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3159  sugar transporter  36.82 
 
 
492 aa  242  1e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.10565  normal  0.457167 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3209  sugar transporter  36.82 
 
 
492 aa  242  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.331737 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0710  sugar transporter  35.75 
 
 
476 aa  241  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.148606 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3340  sugar transporter  36.15 
 
 
504 aa  241  2e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3472  sugar transporter  36.9 
 
 
490 aa  241  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4230  sugar transporter  34.07 
 
 
467 aa  239  5e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2423  sugar transporter  34.68 
 
 
437 aa  239  5.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.144845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4212  sugar transporter  33.26 
 
 
477 aa  239  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2634  host factor Hfq  35.22 
 
 
470 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000323251  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0468  sugar transporter  36.65 
 
 
447 aa  236  7e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3999  sugar transporter  33.99 
 
 
479 aa  235  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2527  sugar transporter  39.12 
 
 
491 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6750  major facilitator superfamily permease/glucose transporter  34.21 
 
 
469 aa  233  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0128  D-xylose proton-symporter  35.96 
 
 
484 aa  233  5e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0489745  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2109  sugar transporter  35.71 
 
 
475 aa  233  6e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0456  D-xylose-proton symporter  36.57 
 
 
463 aa  232  1e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7518  sugar transporter  33.64 
 
 
507 aa  232  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1160  sugar transporter  34.17 
 
 
468 aa  231  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0565582  hitchhiker  0.000112742 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1731  D-xylose-proton symporter  36.12 
 
 
463 aa  227  4e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1773  sugar transporter  34.47 
 
 
491 aa  224  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3778  sugar transporter  33.92 
 
 
479 aa  223  4.9999999999999996e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1953  sugar transporter  35.21 
 
 
452 aa  219  5e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288052  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2312  sugar transporter family protein  35.21 
 
 
452 aa  219  5e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.588743  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1394  sugar transporter  35.24 
 
 
452 aa  219  6e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3347  sugar transporter  34.77 
 
 
465 aa  219  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0767559  decreased coverage  0.00268397 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0388  sugar transporter  32.27 
 
 
472 aa  219  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.535327 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2334  major facilitator superfamily protein  33.57 
 
 
446 aa  218  2e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3108  sugar transporter  31.22 
 
 
480 aa  216  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.934005  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0827  sugar transporter  30.93 
 
 
450 aa  215  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0105  sugar transporter  33.93 
 
 
482 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0479  sugar transporter  30.7 
 
 
471 aa  212  1e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000749242  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0771  sugar transporter  33.64 
 
 
464 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00259481  hitchhiker  0.000457793 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3286  galactose-proton symporter  33.64 
 
 
464 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.583808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3085  galactose-proton symporter  33.64 
 
 
464 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0156709  hitchhiker  0.000187462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02736  hypothetical protein  33.64 
 
 
464 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8679  sugar transporter  32.73 
 
 
533 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.546222  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02773  D-galactose transporter  33.64 
 
 
464 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0752  sugar transporter  33.64 
 
 
464 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.718529  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3101  galactose-proton symporter  33.64 
 
 
464 aa  211  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3375  galactose-proton symporter  33.64 
 
 
464 aa  211  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3294  sugar transporter  32.96 
 
 
471 aa  211  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.534261 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4701  sugar transporter  31.87 
 
 
478 aa  211  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>