More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3727 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3727  sugar transporter  100 
 
 		 466 aa  923    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1728  sugar transporter  66.95 
 
 		 468 aa  629  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0944862  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1514  sugar transporter  63.23 
 
 		 474 aa  585  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00665244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2634  host factor Hfq  64.22 
 
 		 470 aa  571  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000323251  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4020  sugar transporter  62.14 
 
 		 480 aa  560  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.997993 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0245  sugar transporter family protein  56.46 
 
 		 478 aa  521  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.669235  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3163  sugar transporter  59.79 
 
 		 468 aa  509  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.956524  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00600  MFS transporter, sugar porter family  48.3 
 
 		 499 aa  417  9.999999999999999e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17570  MFS transporter, sugar porter family  48.38 
 
 		 486 aa  417  9.999999999999999e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.262232  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15770  MFS transporter, sugar porter family  48.03 
 
 		 493 aa  406  1.0000000000000001e-112  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2820  sugar transporter  46.27 
 
 		 544 aa  402  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0133634 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2094  sugar transporter  47.96 
 
 		 487 aa  403  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0241306  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0802  sugar transporter  48.1 
 
 		 496 aa  399  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3159  sugar transporter  48.68 
 
 		 492 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.10565  normal  0.457167 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4483  sugar transporter  49.13 
 
 		 474 aa  392  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125142  normal  0.0950882 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3147  sugar transporter  48.68 
 
 		 492 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.060115  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3209  sugar transporter  48.68 
 
 		 492 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.331737 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3472  sugar transporter  48.46 
 
 		 490 aa  390  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2175  sugar transporter  47.85 
 
 		 482 aa  389  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.349166  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3340  sugar transporter  44.56 
 
 		 504 aa  390  1e-107  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3869  sugar transporter  47.17 
 
 		 485 aa  390  1e-107  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.131713  normal  0.43014 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3055  sugar transporter  47.39 
 
 		 494 aa  385  1e-105  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.177873 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19521  hypothetical protein  45.49 
 
 		 480 aa  384  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3493  sugar transporter  46.25 
 
 		 486 aa  384  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2527  sugar transporter  47.37 
 
 		 491 aa  376  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33610  MFS transporter, sugar porter family  44.9 
 
 		 497 aa  371  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.300012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0314  sugar transporter  48.18 
 
 		 479 aa  365  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2109  sugar transporter  44.71 
 
 		 475 aa  360  2e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6750  major facilitator superfamily permease/glucose transporter  43.63 
 
 		 469 aa  357  2.9999999999999997e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3999  sugar transporter  43.2 
 
 		 479 aa  353  2.9999999999999997e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1668  sugar transporter  42.37 
 
 		 472 aa  350  2e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3778  sugar transporter  42.2 
 
 		 479 aa  344  2e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4271  D-xylose transporter XylE  38.06 
 
 		 491 aa  307  3e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4582  D-xylose transporter XylE  38.06 
 
 		 491 aa  306  6e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5512  D-xylose transporter XylE  38.06 
 
 		 491 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03863  hypothetical protein  38.06 
 
 		 491 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3998  D-xylose transporter XylE  38.06 
 
 		 491 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.688802  normal  0.586255 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03903  D-xylose transporter  38.06 
 
 		 491 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3965  sugar transporter  38.06 
 
 		 491 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4418  D-xylose transporter XylE  38.55 
 
 		 491 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4230  sugar transporter  37.12 
 
 		 467 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0757  sugar transporter  36.5 
 
 		 448 aa  291  2e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0214435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3868  sugar transporter  38.24 
 
 		 450 aa  290  3e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4664  sugar transporter  35.24 
 
 		 475 aa  282  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2214  D-xylose transporter XylE  37.5 
 
 		 468 aa  280  3e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50070  myo-inositol transporter  35.37 
 
 		 485 aa  277  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1682  D-xylose proton-symporter  36.7 
 
 		 458 aa  273  3e-72  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000961132  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3592  sugar transporter  35.76 
 
 		 442 aa  272  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369851  hitchhiker  0.00000823269 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3661  sugar transporter  35.11 
 
 		 480 aa  271  2e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4699  sugar transporter  33.55 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2102  sugar transporter  36.38 
 
 		 457 aa  271  2e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0478  D-xylose proton-symporter  36.11 
 
 		 480 aa  268  1e-70  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4863  sugar transporter  33.92 
 
 		 464 aa  267  2e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.83447 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4102  sugar transporter  34 
 
 		 477 aa  267  2.9999999999999995e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7188  sugar transporter  36.56 
 
 		 438 aa  266  5.999999999999999e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0944  sugar transporter  35.4 
 
 		 480 aa  263  4.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0295  metabolite transport protein  34.5 
 
 		 482 aa  262  8e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0526  sugar transporter  32.9 
 
 		 457 aa  262  8.999999999999999e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.637088  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1756  arabinose efflux permease  38.48 
 
 		 516 aa  262  1e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36280  MFS transporter, sugar porter family  34.63 
 
 		 468 aa  257  3e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4403  sugar transporter  34.06 
 
 		 492 aa  256  4e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.92249  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2334  major facilitator superfamily protein  33.03 
 
 		 446 aa  256  4e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0128  D-xylose proton-symporter  34.62 
 
 		 484 aa  256  6e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0489745  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0827  sugar transporter  34.43 
 
 		 450 aa  254  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3184  sugar transporter  32.4 
 
 		 441 aa  252  9.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.137091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1578  sugar transporter  35.27 
 
 		 466 aa  252  9.000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0456  D-xylose-proton symporter  35.09 
 
 		 463 aa  251  3e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1599  sugar transporter  32.89 
 
 		 444 aa  249  5e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1731  D-xylose-proton symporter  35.09 
 
 		 463 aa  250  5e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0183  sugar transporter  32.37 
 
 		 474 aa  248  2e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.447711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0959  sugar transporter  32.82 
 
 		 472 aa  245  9.999999999999999e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3220  sugar transporter  35.15 
 
 		 468 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.681904 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33690  sugar transporter  31.63 
 
 		 480 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0479  sugar transporter  32.03 
 
 		 471 aa  241  2e-62  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000749242  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2900  sugar transporter  33.05 
 
 		 475 aa  241  2e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.407104  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0368  sugar transporter  33.48 
 
 		 448 aa  240  5e-62  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.968703  hitchhiker  0.00000305958 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0853  D-xylose proton-symporter  31.85 
 
 		 459 aa  238  2e-61  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0468  sugar transporter  33.77 
 
 		 447 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1160  sugar transporter  34.68 
 
 		 468 aa  235  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0565582  hitchhiker  0.000112742 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03799  MFS transporter  31.29 
 
 		 524 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2754  sugar transporter  32.33 
 
 		 497 aa  234  3e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3822  sugar transporter  31.87 
 
 		 443 aa  230  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103912  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0118  sugar transporter  34.59 
 
 		 480 aa  229  6e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4061  sugar transporter  32.75 
 
 		 490 aa  229  9e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1681  D-xylose proton-symporter  32.83 
 
 		 464 aa  228  2e-58  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.142267  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0710  sugar transporter  31.76 
 
 		 476 aa  228  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.148606 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4212  sugar transporter  29.18 
 
 		 477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0500  sugar transporter  30.62 
 
 		 445 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.615232  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0388  sugar transporter  33.19 
 
 		 472 aa  218  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.535327 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3108  sugar transporter  32.82 
 
 		 480 aa  217  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.934005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4701  sugar transporter  31.32 
 
 		 478 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1970  sugar transporter  28.82 
 
 		 529 aa  216  5e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.460324  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1394  sugar transporter  29.89 
 
 		 452 aa  216  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2312  sugar transporter family protein  34.04 
 
 		 452 aa  216  7e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.588743  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1953  sugar transporter  34.04 
 
 		 452 aa  216  7e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2423  sugar transporter  32.48 
 
 		 437 aa  216  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.144845 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0654  major facilitator superfamily sugar transporter  34.74 
 
 		 443 aa  216  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.866655  normal  0.707022 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3612  sugar transporter  30.65 
 
 		 475 aa  214  2.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1363  sugar transporter family protein  30.72 
 
 		 473 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.498359  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0464  hypothetical protein  30.28 
 
 		 473 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>