143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_62299 on replicon NC_009046
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009046  PICST_62299  predicted protein  100 
 
 
446 aa  925    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09090  Putative RNA binding proteinPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ARJ0]  34.88 
 
 
393 aa  166  6.9999999999999995e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.461764  normal  0.414423 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10164  nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein pub1 (AFU_orthologue; AFUA_1G12000)  29.41 
 
 
477 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66642  negative growth regulatory protein  34.47 
 
 
690 aa  113  7.000000000000001e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04600  single-stranded DNA binding protein, putative  33.33 
 
 
441 aa  84.3  0.000000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05240  mRNA catabolism, nonsense-mediated-related protein, putative  29.61 
 
 
434 aa  77  0.0000000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.115659  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38809  predicted protein  29.5 
 
 
319 aa  74.3  0.000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000594517  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55837  predicted protein  33.15 
 
 
453 aa  72  0.00000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.876442  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_10530  predicted protein  33.65 
 
 
103 aa  61.6  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_51283  predicted protein  27.6 
 
 
328 aa  60.1  0.00000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI01160  polyadenylate-binding protein, putative  25.39 
 
 
673 aa  60.1  0.00000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00917  RNA splicing factor (Pad-1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G15810)  30.81 
 
 
552 aa  59.3  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.373895 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_13402  predicted protein  30.95 
 
 
117 aa  55.8  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  36.56 
 
 
115 aa  56.2  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03953  RNP domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G08040)  32.05 
 
 
353 aa  55.5  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.748027  normal  0.180065 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04865  nucleolin protein Nsr1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07710)  27.92 
 
 
524 aa  55.1  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.046271 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  36.96 
 
 
157 aa  55.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04000  Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear (Poly(A)-binding protein)(PABP)(Polyadenylate tail-binding protein) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B630]  22.77 
 
 
732 aa  55.1  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.175791 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04610  conserved hypothetical protein  26.44 
 
 
304 aa  54.3  0.000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_41450  predicted protein  37.23 
 
 
291 aa  53.9  0.000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
114 aa  53.9  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006683  CNN01940  conserved hypothetical protein  34.55 
 
 
480 aa  53.5  0.000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  37.18 
 
 
88 aa  53.5  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_23959  predicted protein  21.74 
 
 
605 aa  53.5  0.000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 
90 aa  53.1  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03870  transformer-2-beta isoform 3, putative  26.81 
 
 
277 aa  52.8  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  38.46 
 
 
88 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  37.18 
 
 
82 aa  52.8  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06501  splicing factor 3b subunit 4 (AFU_orthologue; AFUA_6G05180)  25 
 
 
352 aa  52  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.415075 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04330  ribosome biogenesis (Nop4), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06250)  25 
 
 
724 aa  52  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  34.57 
 
 
102 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  38.96 
 
 
116 aa  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_5724  predicted protein  24.11 
 
 
291 aa  52.4  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.181544  normal  0.149739 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42828  predicted protein  28.46 
 
 
499 aa  51.6  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  37.18 
 
 
114 aa  51.6  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20857  predicted protein  34.15 
 
 
687 aa  51.2  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.821409  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  37.97 
 
 
125 aa  51.6  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  41.56 
 
 
101 aa  51.2  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34381  predicted protein  26.09 
 
 
319 aa  50.8  0.00004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.693095  normal  0.168449 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1274  glycine-rich RNA-binding protein  30.86 
 
 
112 aa  50.8  0.00004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000837257  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  33.75 
 
 
104 aa  50.4  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1332  RNA-binding protein  32.05 
 
 
107 aa  50.4  0.00006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  5.534120000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_50098  predicted protein  26.6 
 
 
572 aa  50.1  0.00008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.442075  normal  0.11137 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
90 aa  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  26.19 
 
 
207 aa  50.1  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  32.65 
 
 
128 aa  49.3  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  34.62 
 
 
103 aa  49.3  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
90 aa  49.7  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_48043  predicted protein  34.62 
 
 
233 aa  49.3  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.111526  normal  0.12113 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  35.9 
 
 
97 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 
104 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
90 aa  49.7  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03072  RNA binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G09620)  33.33 
 
 
856 aa  48.5  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.285465 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  34.62 
 
 
103 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  37.04 
 
 
97 aa  48.5  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_13471  RNA-binding protein  32.47 
 
 
165 aa  48.5  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0775963 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10941  heterogeneous nuclear ribonucleoprotein HRP1 (AFU_orthologue; AFUA_2G06090)  25.6 
 
 
559 aa  48.5  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.210274  normal  0.500661 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0980  RNA-binding region RNP-1  35.9 
 
 
81 aa  47.8  0.0004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.000651233  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  37.66 
 
 
107 aa  47.8  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  34.94 
 
 
143 aa  47.8  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  35.44 
 
 
148 aa  47.8  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  35.44 
 
 
150 aa  47.8  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  36.71 
 
 
162 aa  47.8  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  32.5 
 
 
86 aa  47.8  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
87 aa  47.8  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  33.71 
 
 
119 aa  47.4  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  30.38 
 
 
95 aa  47.4  0.0005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
89 aa  47.4  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  31.65 
 
 
86 aa  47  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  40.26 
 
 
90 aa  47  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  35.9 
 
 
107 aa  47  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_59522  predicted protein  35.82 
 
 
447 aa  47  0.0006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  35.16 
 
 
94 aa  47  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  35.16 
 
 
94 aa  47  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  31.87 
 
 
98 aa  47.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
90 aa  47  0.0007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02490  hypothetical protein  36 
 
 
287 aa  46.6  0.0008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.471511  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  33 
 
 
102 aa  46.6  0.0009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  31.11 
 
 
99 aa  46.6  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  35.14 
 
 
102 aa  46.2  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  30.43 
 
 
98 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  30.77 
 
 
101 aa  46.6  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  35.14 
 
 
102 aa  46.2  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 
88 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  30.43 
 
 
98 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  32.05 
 
 
102 aa  46.2  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46145  predicted protein  26.28 
 
 
393 aa  45.4  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0356931  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00130  polyadenylation factor 64 kDa subunit, putative  29.27 
 
 
455 aa  45.4  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.232022  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  39.19 
 
 
99 aa  45.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3413  hypothetical protein  36.36 
 
 
83 aa  45.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.212369  normal  0.0411196 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  32.91 
 
 
151 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  30.77 
 
 
151 aa  45.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  29.49 
 
 
90 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  34.18 
 
 
176 aa  45.8  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  34.18 
 
 
132 aa  45.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  32.91 
 
 
152 aa  45.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  34.18 
 
 
149 aa  45.8  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_37626  nuclear localization sequence binding protein  22.55 
 
 
245 aa  45.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  32.18 
 
 
110 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42846  predicted protein  21.17 
 
 
516 aa  45.4  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.54724 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>