149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1437 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1437  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 415 aa  827    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2436  major facilitator transporter  58.62 
 
 		 408 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.649035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2601  hypothetical protein  61.39 
 
 		 408 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0722822  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1496  major facilitator transporter  28.49 
 
 		 395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.372528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0840  major facilitator transporter  28.95 
 
 		 439 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2102  yersinabactin region putative transporter YbtX  27.85 
 
 		 426 aa  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0337  major facilitator transporter  29.97 
 
 		 418 aa  104  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.957507  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1955  major facilitator superfamily MFS_1  26.26 
 
 		 420 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.558727  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3088  major facilitator superfamily MFS_1  27.55 
 
 		 408 aa  90.5  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.120291  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4990  major facilitator superfamily MFS_1  26.13 
 
 		 424 aa  88.6  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3259  RhtX/FptX family siderophore transporter  26.43 
 
 		 420 aa  84.3  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.569308  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0866  major facilitator transporter  29.11 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00348625  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3380  RhtX/FptX family siderophore transporter  29.47 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0184  major facilitator transporter  23.19 
 
 		 396 aa  79  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1673  major facilitator transporter  23.48 
 
 		 396 aa  79.3  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00717957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4494  major facilitator transporter  29.44 
 
 		 416 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0074  major facilitator superfamily MFS_1  28.7 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.220484  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  26.93 
 
 		 426 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  25.7 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0590  major facilitator transporter  29.11 
 
 		 465 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.97195 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0344  major facilitator transporter  26.78 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3834  major facilitator transporter  22.83 
 
 		 417 aa  70.5  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  25.7 
 
 		 429 aa  70.1  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  25.98 
 
 		 465 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0756  major facilitator transporter  23.42 
 
 		 428 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3032  major facilitator superfamily MFS_1  30.52 
 
 		 411 aa  67.8  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.998579  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0688  major facilitator transporter  23.68 
 
 		 434 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5064  RhtX/FptX family siderophore transporter  26.49 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.646034  hitchhiker  0.00624927 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1304  major facilitator transporter  26.98 
 
 		 424 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0706  putative ampG protein  24.64 
 
 		 426 aa  66.6  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  22.08 
 
 		 465 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  23.02 
 
 		 463 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  23.02 
 
 		 466 aa  65.1  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  25.61 
 
 		 495 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  21.59 
 
 		 463 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0059  major facilitator transporter  21.69 
 
 		 464 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.955073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  25.07 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0680  major facilitator transporter  25.33 
 
 		 414 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.440664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  22.37 
 
 		 478 aa  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  24.16 
 
 		 492 aa  62.4  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  22.35 
 
 		 475 aa  62.4  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  22.05 
 
 		 471 aa  62  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  29.14 
 
 		 431 aa  62  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  22.97 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  25.07 
 
 		 482 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  23.71 
 
 		 495 aa  61.6  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  25.14 
 
 		 443 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0223  major facilitator transporter  26.72 
 
 		 461 aa  60.8  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  24.78 
 
 		 482 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5297  RhtX/FptX family siderophore transporter  25.07 
 
 		 415 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0680678 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1571  major facilitator superfamily MFS_1  23.76 
 
 		 412 aa  60.5  0.00000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.823301  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0600  AmpG protein  23.15 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.674312  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1339  major facilitator superfamily MFS_1  23.26 
 
 		 406 aa  59.7  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3377  major facilitator transporter  25.07 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3156  major facilitator transporter  22.06 
 
 		 473 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4990  major facilitator transporter  25.07 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407927  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  23.17 
 
 		 491 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  25.85 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  23.17 
 
 		 491 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  22.6 
 
 		 472 aa  59.3  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3039  major facilitator transporter  22.06 
 
 		 473 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  23.17 
 
 		 491 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  21.32 
 
 		 461 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0128  major facilitator transporter  24.12 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  24.67 
 
 		 457 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  23.17 
 
 		 491 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  23.17 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  25.65 
 
 		 447 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  23.84 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  23.17 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  23.17 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  23.17 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  23.17 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1629  major facilitator superfamily MFS_1  26.43 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00218526  hitchhiker  0.00000020409 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1961  AmpG permease protein, putative  26.43 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  23.05 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  24.23 
 
 		 459 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  25.14 
 
 		 447 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  22.16 
 
 		 471 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  22.16 
 
 		 471 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1889  putative ampG protein  26.2 
 
 		 462 aa  57  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0214  major facilitator superfamily MFS_1  24.93 
 
 		 444 aa  57  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.131109  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0848  major facilitator transporter  30.38 
 
 		 413 aa  56.6  0.0000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  24.78 
 
 		 478 aa  56.6  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0263  major facilitator superfamily MFS_1  22.86 
 
 		 462 aa  56.2  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464987  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  22.25 
 
 		 471 aa  56.6  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  24.48 
 
 		 504 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  25.2 
 
 		 475 aa  55.8  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  21.52 
 
 		 471 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  20.29 
 
 		 472 aa  55.8  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  23.01 
 
 		 491 aa  56.2  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  23.38 
 
 		 388 aa  55.5  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1901  AmpG  23.71 
 
 		 433 aa  55.8  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.165833  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0289  AmpG protein  23.71 
 
 		 433 aa  55.1  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  25.77 
 
 		 411 aa  54.7  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1648  major facilitator transporter  25.14 
 
 		 450 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  23.63 
 
 		 417 aa  53.9  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1821  transporter  26.32 
 
 		 457 aa  53.5  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  24.8 
 
 		 456 aa  53.5  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  21.52 
 
 		 476 aa  53.5  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>