219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0355 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  99.8 
 
 
491 aa  966    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  99.8 
 
 
491 aa  968    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  100 
 
 
491 aa  971    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  74.34 
 
 
492 aa  705    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  71.11 
 
 
495 aa  681    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  99.8 
 
 
491 aa  970    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  100 
 
 
491 aa  971    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  100 
 
 
491 aa  971    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  91.02 
 
 
491 aa  841    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  91.22 
 
 
493 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  72.91 
 
 
492 aa  698    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  99.8 
 
 
491 aa  966    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  73.12 
 
 
492 aa  701    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  100 
 
 
491 aa  971    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  91.02 
 
 
491 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  99.8 
 
 
491 aa  968    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  72.91 
 
 
492 aa  698    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  91.02 
 
 
493 aa  841    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0486  muropeptide transporter  91.22 
 
 
491 aa  841    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00924697  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  71.72 
 
 
495 aa  681    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2881  muropeptide transporter  68.24 
 
 
489 aa  637    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457618  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  82.48 
 
 
491 aa  812    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3072  muropeptide transporter  72.9 
 
 
489 aa  607  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000553099  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  67.25 
 
 
426 aa  530  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  68.4 
 
 
419 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  66.18 
 
 
429 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  65.94 
 
 
429 aa  525  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0146  muropeptide transporter  68.64 
 
 
426 aa  513  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  49.4 
 
 
416 aa  375  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2276  major facilitator superfamily MFS_1  49.27 
 
 
416 aa  370  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  50.75 
 
 
428 aa  369  1e-100  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  48.36 
 
 
412 aa  357  3.9999999999999996e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0289  AmpG protein  45.57 
 
 
433 aa  347  2e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1901  AmpG  45.32 
 
 
433 aa  345  1e-93  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.165833  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  48.75 
 
 
425 aa  324  2e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  44.82 
 
 
388 aa  298  1e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  43.22 
 
 
411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  45.83 
 
 
409 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0706  putative ampG protein  42.79 
 
 
426 aa  283  5.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3834  major facilitator transporter  37.62 
 
 
417 aa  266  7e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0856  hypothetical protein  38.41 
 
 
419 aa  264  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0375  major facilitator superfamily muropeptide transporter  38.65 
 
 
437 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  39.62 
 
 
456 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0180  major facilitator transporter  38.65 
 
 
437 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.277448  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0190  major facilitator transporter  38.65 
 
 
437 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3244  AmpG-related permease  38.65 
 
 
437 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2905  AmpG-related permease  38.65 
 
 
437 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2184  AmpG-related permease  38.65 
 
 
437 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.452697  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3443  AmpG-related permease  38.65 
 
 
437 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  38.9 
 
 
457 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0600  AmpG protein  37.99 
 
 
428 aa  260  5.0000000000000005e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.674312  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0830  hypothetical protein  38.99 
 
 
415 aa  259  7e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4390  major facilitator superfamily (MFS)muropeptide transporter  37.07 
 
 
464 aa  259  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  39 
 
 
459 aa  259  8e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0128  major facilitator transporter  42.17 
 
 
422 aa  258  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0059  major facilitator transporter  36.16 
 
 
464 aa  257  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.955073  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0155  AmpG-related permease  38.65 
 
 
437 aa  256  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3117  major facilitator transporter  36.16 
 
 
473 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2487  major facilitator transporter  36.38 
 
 
473 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.60868  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3101  major facilitator transporter  36.38 
 
 
473 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  39.14 
 
 
454 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6452  major facilitator transporter  35.93 
 
 
473 aa  253  7e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.554159  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3039  major facilitator transporter  35.47 
 
 
473 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3098  major facilitator transporter  35.24 
 
 
473 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3156  major facilitator transporter  35.24 
 
 
473 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  41.91 
 
 
443 aa  249  8e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0333  major facilitator superfamily MFS_1  36.53 
 
 
464 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4070  HNH endonuclease  38.2 
 
 
509 aa  247  4e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  39.62 
 
 
452 aa  246  6.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2561  major facilitator transporter  40.2 
 
 
517 aa  246  8e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.249955  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1287  major facilitator superfamily MFS_1  40.46 
 
 
517 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1388  major facilitator superfamily MFS_1  40.2 
 
 
517 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.344668  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  39.57 
 
 
455 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  33.33 
 
 
472 aa  230  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  37.53 
 
 
447 aa  230  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  38.28 
 
 
460 aa  227  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  33.63 
 
 
463 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  36.96 
 
 
443 aa  226  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  34.09 
 
 
465 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1299  major facilitator transporter  34.67 
 
 
447 aa  225  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.333624  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  34.09 
 
 
463 aa  224  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  34.01 
 
 
461 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  33.97 
 
 
466 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  34.03 
 
 
475 aa  221  3e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  33.04 
 
 
478 aa  221  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  35.81 
 
 
462 aa  219  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5113  major facilitator superfamily MFS_1  41.12 
 
 
463 aa  218  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  33.11 
 
 
465 aa  218  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  33.94 
 
 
471 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  34.87 
 
 
472 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  34.01 
 
 
471 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  33.18 
 
 
471 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  34.3 
 
 
466 aa  216  8e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  35.22 
 
 
478 aa  216  9e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  34.46 
 
 
504 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1309  major facilitator transporter  35.75 
 
 
475 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.327307  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  32.64 
 
 
476 aa  210  6e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  33.57 
 
 
482 aa  209  8e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  33.57 
 
 
482 aa  209  8e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  36.57 
 
 
447 aa  208  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>