221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3088 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3088  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 408 aa  795    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.120291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0074  major facilitator superfamily MFS_1  67.83 
 
 		 406 aa  488  1e-137  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.220484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5064  RhtX/FptX family siderophore transporter  38.48 
 
 		 418 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.646034  hitchhiker  0.00624927 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3259  RhtX/FptX family siderophore transporter  37.47 
 
 		 420 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.569308  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1673  major facilitator transporter  31.73 
 
 		 396 aa  152  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00717957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0184  major facilitator transporter  31.47 
 
 		 396 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1496  major facilitator transporter  31.31 
 
 		 395 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.372528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0337  major facilitator transporter  33.25 
 
 		 418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.957507  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2336  major facilitator transporter  32.53 
 
 		 424 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0590  major facilitator transporter  28.91 
 
 		 465 aa  130  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.97195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3834  major facilitator transporter  26.97 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1299  major facilitator transporter  30.19 
 
 		 447 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.333624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1339  major facilitator superfamily MFS_1  29.71 
 
 		 406 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4990  major facilitator superfamily MFS_1  30.66 
 
 		 424 aa  126  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  26.72 
 
 		 412 aa  124  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0289  AmpG protein  27.61 
 
 		 433 aa  124  4e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3032  major facilitator superfamily MFS_1  31.36 
 
 		 411 aa  122  9e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.998579  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1901  AmpG  27.61 
 
 		 433 aa  122  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.165833  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1571  major facilitator superfamily MFS_1  30.56 
 
 		 412 aa  120  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.823301  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  30.83 
 
 		 426 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1498  major facilitator transporter  36.73 
 
 		 408 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.85322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  29.9 
 
 		 443 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  29.2 
 
 		 429 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  29.02 
 
 		 416 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3380  RhtX/FptX family siderophore transporter  31.58 
 
 		 271 aa  116  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  28.94 
 
 		 429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 447 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0840  major facilitator transporter  29.2 
 
 		 439 aa  112  9e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  28.69 
 
 		 409 aa  111  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0756  major facilitator transporter  29.01 
 
 		 428 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 482 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2102  yersinabactin region putative transporter YbtX  31.46 
 
 		 426 aa  108  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  27.11 
 
 		 482 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0856  hypothetical protein  28.34 
 
 		 419 aa  107  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0680  major facilitator transporter  32.47 
 
 		 414 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.440664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  27.55 
 
 		 495 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  26.26 
 
 		 504 aa  107  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  30.48 
 
 		 425 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  27.82 
 
 		 419 aa  106  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5297  RhtX/FptX family siderophore transporter  30.85 
 
 		 415 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0680678 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0706  putative ampG protein  28.81 
 
 		 426 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  26.67 
 
 		 428 aa  105  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  27.3 
 
 		 495 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0830  hypothetical protein  28.07 
 
 		 415 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3377  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 415 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4990  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 415 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0688  major facilitator transporter  28.96 
 
 		 434 aa  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0600  AmpG protein  28.29 
 
 		 428 aa  103  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.674312  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0128  major facilitator transporter  31.6 
 
 		 422 aa  103  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  26.67 
 
 		 492 aa  103  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  27.68 
 
 		 491 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2276  major facilitator superfamily MFS_1  28.95 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  27.68 
 
 		 491 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  27.68 
 
 		 491 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  27.2 
 
 		 491 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  27.68 
 
 		 491 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3072  muropeptide transporter  27 
 
 		 489 aa  101  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000553099  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  27.68 
 
 		 491 aa  101  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  27.68 
 
 		 491 aa  101  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  27.68 
 
 		 491 aa  101  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  27.68 
 
 		 491 aa  101  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  27.68 
 
 		 491 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  29.72 
 
 		 466 aa  100  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  32.07 
 
 		 431 aa  100  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  28.71 
 
 		 478 aa  99.8  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3039  major facilitator transporter  27 
 
 		 473 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0146  muropeptide transporter  27.39 
 
 		 426 aa  99.4  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3156  major facilitator transporter  27 
 
 		 473 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0848  major facilitator transporter  30.87 
 
 		 413 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0866  major facilitator transporter  31.17 
 
 		 413 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00348625  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4494  major facilitator transporter  31.42 
 
 		 416 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0344  major facilitator transporter  32.3 
 
 		 415 aa  99  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  32.64 
 
 		 388 aa  97.4  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3244  AmpG-related permease  27.16 
 
 		 437 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0375  major facilitator superfamily muropeptide transporter  27.16 
 
 		 437 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1821  transporter  33.46 
 
 		 457 aa  95.9  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0624  major facilitator transporter  27.49 
 
 		 461 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.471905  normal  0.556428 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2905  AmpG-related permease  27.16 
 
 		 437 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3267  major facilitator superfamily MFS_1  32.96 
 
 		 641 aa  95.9  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0360641 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2184  AmpG-related permease  27.16 
 
 		 437 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.452697  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0180  major facilitator transporter  27.16 
 
 		 437 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.277448  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0190  major facilitator transporter  27.16 
 
 		 437 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3443  AmpG-related permease  27.16 
 
 		 437 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6452  major facilitator transporter  26.76 
 
 		 473 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.554159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  34.15 
 
 		 411 aa  95.1  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2487  major facilitator transporter  30.6 
 
 		 473 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.60868  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3101  major facilitator transporter  30.6 
 
 		 473 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3117  major facilitator transporter  30.6 
 
 		 473 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2158  hypothetical protein  34.07 
 
 		 423 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0886  RhtX/FptX family siderophore transporter  34.07 
 
 		 423 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47536  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0796  RhtX/FptX family siderophore transporter  34.07 
 
 		 423 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.314363  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  25.75 
 
 		 492 aa  93.6  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4390  major facilitator superfamily (MFS)muropeptide transporter  24.37 
 
 		 464 aa  93.6  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3098  major facilitator transporter  26.29 
 
 		 473 aa  93.6  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0333  major facilitator superfamily MFS_1  24.3 
 
 		 464 aa  93.2  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  25.75 
 
 		 492 aa  93.2  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  27.43 
 
 		 491 aa  92.8  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  27.43 
 
 		 493 aa  93.2  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  27.43 
 
 		 491 aa  93.2  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  31.34 
 
 		 447 aa  93.2  8e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>