216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1496 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1496  major facilitator transporter  100 
 
 		 395 aa  768    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.372528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0337  major facilitator transporter  38.61 
 
 		 418 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.957507  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0074  major facilitator superfamily MFS_1  35.49 
 
 		 406 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.220484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2102  yersinabactin region putative transporter YbtX  32.82 
 
 		 426 aa  144  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3032  major facilitator superfamily MFS_1  34.47 
 
 		 411 aa  143  5e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.998579  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0840  major facilitator transporter  31.17 
 
 		 439 aa  143  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3259  RhtX/FptX family siderophore transporter  32.51 
 
 		 420 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.569308  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4990  major facilitator superfamily MFS_1  36.08 
 
 		 424 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1673  major facilitator transporter  29.71 
 
 		 396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00717957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0184  major facilitator transporter  29.44 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3088  major facilitator superfamily MFS_1  31.49 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.120291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5064  RhtX/FptX family siderophore transporter  35.66 
 
 		 418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.646034  hitchhiker  0.00624927 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0756  major facilitator transporter  27.78 
 
 		 428 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3380  RhtX/FptX family siderophore transporter  33.2 
 
 		 271 aa  112  8.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0688  major facilitator transporter  27.38 
 
 		 434 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0866  major facilitator transporter  34.68 
 
 		 413 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00348625  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1437  major facilitator superfamily MFS_1  28.8 
 
 		 415 aa  106  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2336  major facilitator transporter  30.45 
 
 		 424 aa  103  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1571  major facilitator superfamily MFS_1  30.4 
 
 		 412 aa  103  7e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.823301  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4494  major facilitator transporter  35.23 
 
 		 416 aa  100  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1339  major facilitator superfamily MFS_1  27.42 
 
 		 406 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0289  AmpG protein  26.67 
 
 		 433 aa  99.4  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1901  AmpG  26.67 
 
 		 433 aa  98.6  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.165833  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1629  major facilitator superfamily MFS_1  28.93 
 
 		 412 aa  95.9  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00218526  hitchhiker  0.00000020409 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  28.99 
 
 		 412 aa  95.9  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1961  AmpG permease protein, putative  28.93 
 
 		 412 aa  95.9  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0377  major facilitator transporter  32.52 
 
 		 506 aa  93.6  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0179804  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0856  hypothetical protein  26.26 
 
 		 419 aa  94  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  28.24 
 
 		 491 aa  93.2  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  28.06 
 
 		 475 aa  93.2  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0590  major facilitator transporter  24.95 
 
 		 465 aa  91.7  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.97195 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  29.6 
 
 		 416 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  28.89 
 
 		 426 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  26.7 
 
 		 465 aa  91.3  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2436  major facilitator transporter  27.72 
 
 		 408 aa  90.5  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.649035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1498  major facilitator transporter  29.53 
 
 		 408 aa  90.5  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.85322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0344  major facilitator transporter  29.44 
 
 		 415 aa  90.1  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0830  hypothetical protein  26.67 
 
 		 415 aa  89.7  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3267  major facilitator superfamily MFS_1  29.9 
 
 		 641 aa  89.7  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0360641 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  26.09 
 
 		 504 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  26.45 
 
 		 492 aa  88.6  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  27.17 
 
 		 492 aa  88.6  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  27.17 
 
 		 492 aa  88.6  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  26.46 
 
 		 465 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  25.92 
 
 		 491 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  25.92 
 
 		 491 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  26.43 
 
 		 463 aa  87.4  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  25.79 
 
 		 491 aa  87  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  25.79 
 
 		 491 aa  87  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  25.79 
 
 		 491 aa  87  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  25.79 
 
 		 491 aa  87  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  25.79 
 
 		 491 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  26.59 
 
 		 463 aa  87  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0944  MSF transporter  26.26 
 
 		 447 aa  86.7  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  26.52 
 
 		 491 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  26.52 
 
 		 491 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  26.07 
 
 		 461 aa  86.3  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0071  major facilitator transporter  26.28 
 
 		 421 aa  86.3  9e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.155501  hitchhiker  0.000000000000465333 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  26.98 
 
 		 495 aa  86.3  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  26.61 
 
 		 495 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  26.59 
 
 		 471 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  25.8 
 
 		 492 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  26.12 
 
 		 471 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  26.35 
 
 		 471 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  26.35 
 
 		 471 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  26.35 
 
 		 471 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  25.2 
 
 		 482 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  26.7 
 
 		 447 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  26.23 
 
 		 472 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03281  hypothetical protein  25.47 
 
 		 409 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002702  AmpG permease  26.08 
 
 		 450 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  25.2 
 
 		 482 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  27.62 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  26.24 
 
 		 429 aa  82  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  26.9 
 
 		 431 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0600  AmpG protein  26.15 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.674312  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1955  major facilitator superfamily MFS_1  29.11 
 
 		 420 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.558727  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  27.09 
 
 		 491 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  27.09 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  27.09 
 
 		 491 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  27.09 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0486  muropeptide transporter  27.09 
 
 		 491 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00924697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1449  major facilitator transporter  28.61 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  28.14 
 
 		 459 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0680  major facilitator transporter  31.05 
 
 		 414 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.440664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2881  muropeptide transporter  28.07 
 
 		 489 aa  79.3  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457618  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  25.26 
 
 		 443 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  26.47 
 
 		 417 aa  79  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2601  hypothetical protein  27.7 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0722822  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2276  major facilitator superfamily MFS_1  27.81 
 
 		 416 aa  79.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0706  putative ampG protein  28.52 
 
 		 426 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  26.07 
 
 		 472 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  28.41 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  27.14 
 
 		 478 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3072  muropeptide transporter  26.1 
 
 		 489 aa  77.4  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000553099  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  25.13 
 
 		 466 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3377  major facilitator transporter  30 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4990  major facilitator transporter  30 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5297  RhtX/FptX family siderophore transporter  30 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0680678 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  26.84 
 
 		 439 aa  77  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>