211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3114 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  81.96 
 
 		 461 aa  744    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  81.08 
 
 		 471 aa  731    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  83.56 
 
 		 471 aa  751    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  81.4 
 
 		 478 aa  711    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  81.08 
 
 		 471 aa  731    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  76.65 
 
 		 476 aa  720    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  82.55 
 
 		 472 aa  741    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  81.86 
 
 		 465 aa  745    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  80.44 
 
 		 465 aa  737    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  81.61 
 
 		 463 aa  736    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  100 
 
 		 475 aa  945    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  81.86 
 
 		 463 aa  733    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  77.03 
 
 		 466 aa  674    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  83.78 
 
 		 471 aa  752    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  76.08 
 
 		 472 aa  706    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  81.94 
 
 		 471 aa  739    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  57.79 
 
 		 466 aa  480  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  56.24 
 
 		 462 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0209  major facilitator transporter  56.56 
 
 		 466 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  57.4 
 
 		 478 aa  454  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0223  major facilitator transporter  56.51 
 
 		 461 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  56.87 
 
 		 415 aa  445  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  56.53 
 
 		 417 aa  435  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0516  major facilitator transporter  57.31 
 
 		 441 aa  425  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0276  major facilitator superfamily transporter  54.5 
 
 		 449 aa  422  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  57.01 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0263  major facilitator superfamily MFS_1  55.32 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464987  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0214  major facilitator superfamily MFS_1  55.19 
 
 		 444 aa  408  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.131109  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2636  major facilitator transporter  53.08 
 
 		 429 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103448  normal  0.465614 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  45.63 
 
 		 475 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13420  AmpG-related permease  46.04 
 
 		 515 aa  381  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  47.91 
 
 		 439 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2143  major facilitator transporter  47.98 
 
 		 450 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2679  major facilitator transporter  47.45 
 
 		 465 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000459278 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0147  major facilitator transporter  44.09 
 
 		 550 aa  367  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4383  ampG protein, putative  45.56 
 
 		 516 aa  363  4e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.920569  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4078  AmpG-related permease  44.79 
 
 		 516 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2288  major facilitator transporter  45 
 
 		 468 aa  354  2e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1235  muropeptide MFS uptake transporter AmpG  42.21 
 
 		 550 aa  349  6e-95  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.988982 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  47.17 
 
 		 443 aa  348  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1198  AmpG permease  46.31 
 
 		 519 aa  347  2e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3596  major facilitator transporter  44.84 
 
 		 478 aa  346  4e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.597959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  46.68 
 
 		 447 aa  344  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1156  major facilitator transporter  42.21 
 
 		 553 aa  340  4e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0968602  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0296  AmpG protein  39.57 
 
 		 457 aa  305  1.0000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  40.18 
 
 		 459 aa  287  4e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  39.95 
 
 		 454 aa  286  5.999999999999999e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  37.53 
 
 		 504 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  37.31 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  37.81 
 
 		 482 aa  281  1e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0110  major facilitator superfamily MFS_1  43.61 
 
 		 452 aa  280  4e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0140571  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  39.95 
 
 		 452 aa  279  6e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  39.28 
 
 		 456 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  39.95 
 
 		 457 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0624  major facilitator transporter  40.68 
 
 		 461 aa  270  5e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.471905  normal  0.556428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  40.77 
 
 		 455 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  40.77 
 
 		 443 aa  268  2e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  39.19 
 
 		 460 aa  257  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5113  major facilitator superfamily MFS_1  39.95 
 
 		 463 aa  250  4e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002702  AmpG permease  35.81 
 
 		 450 aa  248  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  38.04 
 
 		 388 aa  246  8e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0944  MSF transporter  33.48 
 
 		 447 aa  244  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  37.96 
 
 		 411 aa  241  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1667  major facilitator transporter  35.39 
 
 		 451 aa  239  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0579205  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  36.28 
 
 		 428 aa  238  1e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  37.35 
 
 		 492 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1889  putative ampG protein  34.92 
 
 		 462 aa  233  5e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  36.09 
 
 		 412 aa  233  7.000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  34.56 
 
 		 495 aa  231  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 492 aa  229  7e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 492 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 492 aa  229  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  33.33 
 
 		 495 aa  229  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  35.67 
 
 		 416 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  35.17 
 
 		 429 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1420  major facilitator superfamily MFS_1  34.29 
 
 		 438 aa  228  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.508599 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  37.65 
 
 		 409 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  39.29 
 
 		 431 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  34.8 
 
 		 425 aa  226  8e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03281  hypothetical protein  35.52 
 
 		 409 aa  225  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  34.71 
 
 		 429 aa  225  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0814  putative permease  31.38 
 
 		 424 aa  223  4.9999999999999996e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  50.95 
 
 		 1565 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  50.95 
 
 		 1565 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1648  major facilitator transporter  32.68 
 
 		 450 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03703  putative muropeptide transport protein  34 
 
 		 448 aa  220  3.9999999999999997e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  34.94 
 
 		 426 aa  220  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4494  AmpG-related permease  56.19 
 
 		 515 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.769685  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  33.18 
 
 		 491 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  33.18 
 
 		 491 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3834  major facilitator transporter  32.34 
 
 		 417 aa  219  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0962  AmpG-related permease  52.86 
 
 		 515 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  34.46 
 
 		 419 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4369  AmpG-related permease  57.14 
 
 		 515 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389334 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1355  AmpG-related permease  56.61 
 
 		 515 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.010612  normal  0.140605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  32.96 
 
 		 491 aa  216  8e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  32.96 
 
 		 491 aa  216  9e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  32.96 
 
 		 491 aa  216  9e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  32.96 
 
 		 491 aa  216  9e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  32.96 
 
 		 491 aa  216  9e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>