More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0220 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_0220  ribosomal protein S3  100 
 
 		 210 aa  426  1e-118  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  64.56 
 
 		 211 aa  275  4e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  61.65 
 
 		 239 aa  272  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  61.17 
 
 		 241 aa  270  9e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  63.59 
 
 		 211 aa  270  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  61.65 
 
 		 210 aa  269  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0297  ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 229 aa  268  2.9999999999999997e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.888515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  62.14 
 
 		 211 aa  269  2.9999999999999997e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  62.14 
 
 		 211 aa  268  4e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  61.65 
 
 		 218 aa  266  2e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  62.14 
 
 		 210 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 210 aa  264  5.999999999999999e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 252 aa  263  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 232 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  60.68 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  61.17 
 
 		 236 aa  262  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 231 aa  262  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 308 aa  263  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 220 aa  263  2e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 235 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 236 aa  262  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 236 aa  262  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 223 aa  262  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 232 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 248 aa  262  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  60.68 
 
 		 210 aa  261  4e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 290 aa  261  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 221 aa  261  4.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 231 aa  261  6e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 236 aa  261  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  58.94 
 
 		 293 aa  261  6e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  58.94 
 
 		 288 aa  261  8e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 251 aa  260  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 261 aa  260  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  60.29 
 
 		 210 aa  260  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  60.68 
 
 		 224 aa  259  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  60.68 
 
 		 224 aa  259  2e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 271 aa  259  2e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 286 aa  259  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  60.68 
 
 		 224 aa  259  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 288 aa  259  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 252 aa  259  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 236 aa  259  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 236 aa  259  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  61.17 
 
 		 219 aa  258  3e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 231 aa  258  3e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 235 aa  258  3e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 275 aa  258  3e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  259  3e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1270  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 294 aa  258  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00251085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  60.68 
 
 		 224 aa  258  4e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 301 aa  258  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 248 aa  258  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 248 aa  258  6e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  60.68 
 
 		 240 aa  258  6e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 264 aa  257  7e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 264 aa  257  7e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 237 aa  257  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 262 aa  257  7e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 222 aa  257  8e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 299 aa  257  9e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 256 aa  257  9e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 220 aa  256  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 248 aa  257  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 249 aa  256  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 295 aa  256  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 265 aa  255  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 298 aa  254  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 243 aa  255  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 243 aa  254  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 221 aa  254  5e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3173  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 264 aa  254  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000329373  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  58.85 
 
 		 224 aa  253  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 285 aa  253  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  54.85 
 
 		 214 aa  253  1.0000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 225 aa  253  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 216 aa  253  1.0000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 228 aa  252  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1759  30S ribosomal protein S3  58.1 
 
 		 212 aa  252  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.341094  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 268 aa  252  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 268 aa  252  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 223 aa  252  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 229 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 236 aa  251  4.0000000000000004e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 235 aa  252  4.0000000000000004e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2834  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 264 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000988121  normal  0.306449 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 230 aa  251  4.0000000000000004e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 231 aa  251  6e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3062  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 266 aa  251  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000122398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 266 aa  250  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1930  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 266 aa  250  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000560778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>