47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3859 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3859  putative integrase  100 
 
 		 305 aa  630  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52320  integrase  45.45 
 
 		 287 aa  235  6e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.554417  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0627  putative integrase  42.51 
 
 		 288 aa  224  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008320  Shewmr7_4043  putative integrase  40.44 
 
 		 287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2404  hypothetical protein  36.98 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2496  hypothetical protein  38.04 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1048  hypothetical protein  34.72 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1013  hypothetical protein  34.72 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5579  Fis family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1587  phage integrase family protein  35.92 
 
 		 321 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6537  Fis family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 380 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.196102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0833  hypothetical protein  35.11 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3693  hypothetical protein  26.94 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.713079  normal  0.792602 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4962  hypothetical protein  27.84 
 
 		 487 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.160649 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1553  hypothetical protein  28.03 
 
 		 487 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.774815 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4349  phage integrase family protein  27.02 
 
 		 429 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6273  helix-turn-helix, Fis-type  26.62 
 
 		 384 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2218  hypothetical protein  27.5 
 
 		 403 aa  67.4  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4608  phage integrase family protein  32.77 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168393 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0361  Phage integrase  24.5 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000010858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0746  Phage integrase  33.33 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4165  phage integrase, N-terminal SAM-like protein  26.33 
 
 		 386 aa  65.5  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.503266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4936  phage integrase  33.72 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0598447  hitchhiker  0.0000000940352 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5221  transcriptional regulator, Fis family  25.93 
 
 		 395 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.766336 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1557  transcriptional regulator, Fis family  25.93 
 
 		 395 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2403  hypothetical protein  24.28 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1324  hypothetical protein  32.1 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.12189  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1599  hypothetical protein  26.56 
 
 		 376 aa  62  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.920348  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1014  hypothetical protein  22.47 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1049  hypothetical protein  22.82 
 
 		 268 aa  57  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4770  hypothetical protein  23.36 
 
 		 488 aa  57  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4486  hypothetical protein  26.74 
 
 		 534 aa  56.6  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2936  DNA-binding prophage protein  29.61 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000003808 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2375  hypothetical protein  26.52 
 
 		 258 aa  55.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010715  Nther_2945  phage integrase  24.04 
 
 		 316 aa  54.7  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.79215e-44  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0499  phage integrase family protein  23.51 
 
 		 285 aa  52.8  0.000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0938  hypothetical protein  35.88 
 
 		 307 aa  52.4  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.404777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1415  integrase family protein  22.18 
 
 		 316 aa  52  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01684  hypothetical protein  26.46 
 
 		 337 aa  51.2  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0686  phage integrase  31.1 
 
 		 326 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00180883  unclonable  0.0000000000000101632 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2531  Phage integrase, N-terminal SAM-like  26.42 
 
 		 399 aa  50.1  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.335158 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0686  hypothetical protein  28.33 
 
 		 295 aa  49.7  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3551  putative DNA-binding prophage protein  26.91 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.731152  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3710  hypothetical protein  28.78 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2096  DNA-binding prophage protein  28.8 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1364  putative DNA-binding prophage protein  28.12 
 
 		 295 aa  43.9  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.219092  hitchhiker  0.00163149 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4127  hypothetical protein  28.83 
 
 		 295 aa  43.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>