56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0627 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0627  putative integrase  100 
 
 
288 aa  597  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52320  integrase  56.94 
 
 
287 aa  326  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.554417  n/a   
 
 
-
 
NC_008320  Shewmr7_4043  putative integrase  46.85 
 
 
287 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3859  putative integrase  42.51 
 
 
305 aa  224  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2496  hypothetical protein  39.86 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2404  hypothetical protein  39.39 
 
 
300 aa  205  7e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1048  hypothetical protein  36.49 
 
 
299 aa  186  3e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1013  hypothetical protein  36.49 
 
 
299 aa  186  3e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4962  hypothetical protein  29.3 
 
 
487 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.160649 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6537  Fis family transcriptional regulator  30.03 
 
 
380 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.196102  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1553  hypothetical protein  29.79 
 
 
487 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.774815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5579  Fis family transcriptional regulator  27.87 
 
 
376 aa  92.8  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1587  phage integrase family protein  30.8 
 
 
321 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4770  hypothetical protein  29.14 
 
 
488 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189721  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0833  hypothetical protein  28.57 
 
 
298 aa  86.7  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4165  phage integrase, N-terminal SAM-like protein  29.64 
 
 
386 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.503266  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1599  hypothetical protein  28.2 
 
 
376 aa  82.8  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.920348  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6273  helix-turn-helix, Fis-type  28.81 
 
 
384 aa  80.1  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1557  transcriptional regulator, Fis family  29.19 
 
 
395 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5221  transcriptional regulator, Fis family  29.19 
 
 
395 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.766336 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3693  hypothetical protein  27.34 
 
 
299 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.713079  normal  0.792602 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2531  Phage integrase, N-terminal SAM-like  27.21 
 
 
399 aa  70.5  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.335158 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0390  hypothetical protein  26.95 
 
 
295 aa  69.7  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.644255 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2403  hypothetical protein  25.52 
 
 
267 aa  68.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2218  hypothetical protein  25.9 
 
 
403 aa  66.2  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4349  phage integrase family protein  23.55 
 
 
429 aa  66.2  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4062  hypothetical protein  25.78 
 
 
299 aa  62.8  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00820855  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0686  hypothetical protein  25.79 
 
 
295 aa  60.8  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1014  hypothetical protein  21.12 
 
 
268 aa  60.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0746  Phage integrase  32.29 
 
 
326 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2936  DNA-binding prophage protein  27.27 
 
 
291 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000003808 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4127  hypothetical protein  25.36 
 
 
295 aa  56.6  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0361  Phage integrase  23.97 
 
 
318 aa  54.3  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000010858  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0938  hypothetical protein  34.73 
 
 
307 aa  53.5  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.404777  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1324  hypothetical protein  29.81 
 
 
306 aa  53.5  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.12189  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4936  phage integrase  31.93 
 
 
326 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0598447  hitchhiker  0.0000000940352 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1364  putative DNA-binding prophage protein  24.91 
 
 
295 aa  51.2  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.219092  hitchhiker  0.00163149 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0499  phage integrase family protein  26 
 
 
285 aa  51.2  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2794  phage integrase family protein  23.86 
 
 
320 aa  50.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1049  hypothetical protein  20.62 
 
 
268 aa  50.4  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0686  phage integrase  32.53 
 
 
326 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00180883  unclonable  0.0000000000000101632 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01684  hypothetical protein  27.43 
 
 
337 aa  49.7  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1074  hypothetical protein  23.63 
 
 
269 aa  50.1  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2375  hypothetical protein  26.23 
 
 
258 aa  49.3  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2096  DNA-binding prophage protein  24.52 
 
 
290 aa  49.3  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3697  hypothetical protein  22.81 
 
 
296 aa  48.5  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.409883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4608  phage integrase family protein  32.16 
 
 
326 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168393 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3710  hypothetical protein  25.81 
 
 
293 aa  48.9  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010715  Nther_2945  phage integrase  24.09 
 
 
316 aa  47.4  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.79215e-44  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2495  hypothetical protein  25 
 
 
269 aa  47.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4486  hypothetical protein  23.88 
 
 
534 aa  45.4  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3551  putative DNA-binding prophage protein  25.19 
 
 
293 aa  45.4  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.731152  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1668  hypothetical protein  23.92 
 
 
294 aa  43.9  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.54325 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1655  hypothetical protein  23.83 
 
 
294 aa  42.7  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0089  phage integrase family protein  26.53 
 
 
400 aa  43.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  30.89 
 
 
279 aa  42.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>