29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4770 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4770  hypothetical protein  100 
 
 		 488 aa  1001    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2531  Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.14 
 
 		 399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.335158 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2218  hypothetical protein  34.81 
 
 		 403 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5579  Fis family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 376 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3693  hypothetical protein  32.91 
 
 		 299 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.713079  normal  0.792602 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6537  Fis family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 380 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.196102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1599  hypothetical protein  31.79 
 
 		 376 aa  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.920348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4165  phage integrase, N-terminal SAM-like protein  29.76 
 
 		 386 aa  133  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.503266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4486  hypothetical protein  28.11 
 
 		 534 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4349  phage integrase family protein  30.19 
 
 		 429 aa  120  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1553  hypothetical protein  27.4 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.774815 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5432  hypothetical protein  29.18 
 
 		 411 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4962  hypothetical protein  27.58 
 
 		 487 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.160649 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6273  helix-turn-helix, Fis-type  28.26 
 
 		 384 aa  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1557  transcriptional regulator, Fis family  28.37 
 
 		 395 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5221  transcriptional regulator, Fis family  28.37 
 
 		 395 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.766336 
 
 
-
 
NC_008320  Shewmr7_4043  putative integrase  28.92 
 
 		 287 aa  89.7  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0627  putative integrase  29.14 
 
 		 288 aa  87.8  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52320  integrase  27.66 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.554417  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2404  hypothetical protein  25.86 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2496  hypothetical protein  27.07 
 
 		 298 aa  69.7  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1013  hypothetical protein  25.57 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1048  hypothetical protein  25.57 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010715  Nther_2945  phage integrase  23.55 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.79215e-44  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3859  putative integrase  23.36 
 
 		 305 aa  57  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1415  integrase family protein  27.05 
 
 		 316 aa  54.7  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0361  Phage integrase  24.83 
 
 		 318 aa  53.9  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000010858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3743  hypothetical protein  34.72 
 
 		 162 aa  50.1  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.786232 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1587  phage integrase family protein  25.26 
 
 		 321 aa  49.7  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>