92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_B0567 on replicon NC_008826
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008826  Mpe_B0567  putative branched-chain amino acid transport system permease  100 
 
 		 88 aa  176  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.906507  normal  0.0208068 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  81.82 
 
 		 358 aa  144  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  76.14 
 
 		 358 aa  141  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  78.41 
 
 		 354 aa  134  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  71.59 
 
 		 354 aa  132  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  81.82 
 
 		 354 aa  132  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  72.73 
 
 		 358 aa  130  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  72.73 
 
 		 358 aa  130  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  71.59 
 
 		 358 aa  129  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  70.45 
 
 		 358 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  71.59 
 
 		 354 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  70.45 
 
 		 358 aa  118  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  67.05 
 
 		 358 aa  116  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  67.05 
 
 		 358 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  68.18 
 
 		 358 aa  114  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  57.95 
 
 		 384 aa  108  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  59.09 
 
 		 355 aa  105  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  57.3 
 
 		 358 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  57.3 
 
 		 358 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  57.95 
 
 		 368 aa  102  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  57.3 
 
 		 358 aa  101  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  54.55 
 
 		 358 aa  100  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  56.82 
 
 		 358 aa  99.8  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.95 
 
 		 355 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  56.82 
 
 		 355 aa  94  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  53.12 
 
 		 362 aa  92.8  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  60.87 
 
 		 352 aa  77.4  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  57.95 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  57.95 
 
 		 329 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  69.39 
 
 		 347 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  69.39 
 
 		 347 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  69.39 
 
 		 347 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  49.33 
 
 		 354 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  39.77 
 
 		 357 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  49.33 
 
 		 354 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  68.75 
 
 		 350 aa  67  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  62 
 
 		 351 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  69.77 
 
 		 365 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  41.41 
 
 		 373 aa  58.9  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  64 
 
 		 351 aa  58.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  45.12 
 
 		 357 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  44.05 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  43.9 
 
 		 357 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  40.23 
 
 		 356 aa  54.7  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44 
 
 		 357 aa  54.7  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  42.17 
 
 		 357 aa  54.7  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  41.67 
 
 		 352 aa  51.6  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 352 aa  50.8  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  42.67 
 
 		 357 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 352 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  39.02 
 
 		 350 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 350 aa  48.9  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 346 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  39.02 
 
 		 350 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 349 aa  48.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  38.67 
 
 		 357 aa  48.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  39.53 
 
 		 321 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5636  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.21 
 
 		 425 aa  47  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64880  putative permease of ABC branched-chain amino acid transporter  49.21 
 
 		 425 aa  47  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  38.16 
 
 		 355 aa  46.6  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  41.33 
 
 		 357 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 345 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  62.5 
 
 		 571 aa  45.4  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.55 
 
 		 348 aa  45.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3979  ABC transporter permease  40.35 
 
 		 342 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 357 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  59.52 
 
 		 333 aa  45.4  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  64.52 
 
 		 562 aa  44.7  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  40.35 
 
 		 324 aa  44.7  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0610  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.65 
 
 		 389 aa  44.7  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4821  inner-membrane translocator  58.54 
 
 		 400 aa  44.3  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0314054  normal  0.774266 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  42.67 
 
 		 357 aa  43.9  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  39.76 
 
 		 345 aa  42.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  40.35 
 
 		 341 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 398 aa  43.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0891  inner-membrane translocator  37.84 
 
 		 320 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  46.55 
 
 		 415 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 349 aa  42  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  62 
 
 		 344 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  61.29 
 
 		 355 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  40.74 
 
 		 358 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 381 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2030  inner-membrane translocator  38.81 
 
 		 385 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.710077  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3004  inner-membrane translocator  49.06 
 
 		 583 aa  41.2  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.940026  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  36.92 
 
 		 603 aa  40.8  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 358 aa  40.8  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  56.76 
 
 		 360 aa  40.4  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  61.29 
 
 		 293 aa  40.4  0.009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  39.71 
 
 		 314 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2112  inner-membrane translocator  58.06 
 
 		 376 aa  40.4  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.634703  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  48.65 
 
 		 332 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>