More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3157 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3157  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  290  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00386051 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4053  50S ribosomal protein L13  87.32 
 
 
142 aa  260  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.536973 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4113  50S ribosomal protein L13  87.32 
 
 
142 aa  259  6.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5914  50S ribosomal protein L13  88.03 
 
 
142 aa  259  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.471626  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0604  50S ribosomal protein L13  86.62 
 
 
142 aa  259  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0500  50S ribosomal protein L13  86.62 
 
 
147 aa  258  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0625  50S ribosomal protein L13  86.62 
 
 
142 aa  259  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3452  50S ribosomal protein L13  85.92 
 
 
142 aa  258  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0225792 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4678  50S ribosomal protein L13  87.94 
 
 
143 aa  257  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.44664  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2638  50S ribosomal protein L13  82.39 
 
 
147 aa  249  7e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107212  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0721  50S ribosomal protein L13  83.69 
 
 
143 aa  248  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3354  50S ribosomal protein L13  83.1 
 
 
142 aa  243  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000156516  hitchhiker  0.0000450928 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0607  50S ribosomal protein L13  83.1 
 
 
142 aa  243  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000615689  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2564  50S ribosomal protein L13  81.69 
 
 
161 aa  242  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000007734  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0599  50S ribosomal protein L13  81.69 
 
 
176 aa  241  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000510805  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3765  50S ribosomal protein L13  81.69 
 
 
142 aa  241  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413551  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0196  50S ribosomal protein L13  81.69 
 
 
142 aa  241  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.128257  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0573  50S ribosomal protein L13  81.69 
 
 
142 aa  241  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000226518  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0679  50S ribosomal protein L13  81.69 
 
 
142 aa  241  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000098694  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0646  50S ribosomal protein L13  81.69 
 
 
142 aa  241  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000032865  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2704  50S ribosomal protein L13  80.99 
 
 
176 aa  240  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.191056  normal  0.974545 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3414  50S ribosomal protein L13  80.99 
 
 
142 aa  240  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000814026  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3421  50S ribosomal protein L13  80.99 
 
 
142 aa  240  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378048  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1233  50S ribosomal protein L13  80.99 
 
 
142 aa  240  5e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018745  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1590  50S ribosomal protein L13  80.28 
 
 
142 aa  240  5e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000486571  normal  0.621291 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1886  50S ribosomal protein L13  80.28 
 
 
142 aa  240  5e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000953173  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3378  50S ribosomal protein L13  80.99 
 
 
142 aa  240  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000357129  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0468  50S ribosomal protein L13  81.69 
 
 
142 aa  239  7.999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000130449  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1115  50S ribosomal protein L13  80.28 
 
 
142 aa  238  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2341  50S ribosomal protein L13  80.28 
 
 
142 aa  238  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0410  50S ribosomal protein L13  80.99 
 
 
142 aa  238  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000000575017  normal  0.0346472 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2519  50S ribosomal protein L13  80.28 
 
 
142 aa  238  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0253  50S ribosomal protein L13  80.28 
 
 
142 aa  238  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.799965  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0490  50S ribosomal protein L13  79.58 
 
 
142 aa  236  5.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000324279  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0649  50S ribosomal protein L13  76.06 
 
 
142 aa  235  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.71181e-17  normal  0.0947726 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0381  50S ribosomal protein L13  79.58 
 
 
142 aa  235  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00368247  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0366  50S ribosomal protein L13  79.58 
 
 
142 aa  235  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000157584  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0561  50S ribosomal protein L13  76.76 
 
 
144 aa  234  3e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000199102  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1232  50S ribosomal protein L13  76.76 
 
 
142 aa  233  6e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229053  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0453  50S ribosomal protein L13  74.65 
 
 
148 aa  227  4e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0286772  normal  0.569665 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0055  50S ribosomal protein L13  71.83 
 
 
146 aa  215  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00159664  normal  0.826314 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  69.72 
 
 
142 aa  212  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  69.01 
 
 
142 aa  209  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000267326  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  64.79 
 
 
142 aa  207  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  206  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111952  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  204  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  204  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  67.61 
 
 
142 aa  205  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  204  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  204  4e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205698  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  66.2 
 
 
142 aa  204  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  64.79 
 
 
142 aa  203  6e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000158843  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  66.2 
 
 
142 aa  203  7e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  66.2 
 
 
142 aa  203  7e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000128707  hitchhiker  0.00000918521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  66.2 
 
 
142 aa  203  7e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000445483  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  66.2 
 
 
142 aa  203  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  203  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  203  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  203  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  203  8e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  65.96 
 
 
142 aa  202  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  202  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  65.96 
 
 
142 aa  200  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  201  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000518641  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  64.79 
 
 
142 aa  201  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000152627  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  64.79 
 
 
142 aa  200  4e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 
142 aa  199  8e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  199  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 
142 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4443  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  198  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  198  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2789  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  198  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000137696  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 
142 aa  197  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 
142 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000892865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  196  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000122799  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3075  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3164  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  196  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0732563  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2681  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 
142 aa  196  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000138225  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
144 aa  195  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
144 aa  195  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  194  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  61.97 
 
 
142 aa  194  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 
142 aa  194  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  193  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026356  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0346  ribosomal protein L13  64.08 
 
 
144 aa  193  5.000000000000001e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000157006  normal  0.759016 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  193  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000127467  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  193  5.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016322  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  62.68 
 
 
147 aa  193  8.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  193  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000271958  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0904  50S ribosomal protein L13  61.97 
 
 
142 aa  192  9e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.222508  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0747  50S ribosomal protein L13  64.29 
 
 
143 aa  192  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000197035  normal  0.0408198 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  192  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4222  50S ribosomal protein L13  64.29 
 
 
143 aa  192  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000936521  hitchhiker  0.00032903 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2664  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  192  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000266621  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  191  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  191  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3595  50S ribosomal protein L13  62.86 
 
 
143 aa  191  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000249881  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  191  4e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  190  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000482392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>