80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4232 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4232  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 117 aa  222  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2941  transcriptional regulator, XRE family  90.6 
 
 		 117 aa  188  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38936  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3821  transcriptional regulator, XRE family  94.02 
 
 		 117 aa  177  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 104 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0669  transcriptional regulator, XRE family  41.3 
 
 		 383 aa  48.9  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  41.25 
 
 		 488 aa  49.3  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 128 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 129 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4074  hypothetical protein  63.89 
 
 		 226 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 504 aa  46.2  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.58 
 
 		 119 aa  46.2  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.84 
 
 		 120 aa  43.9  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3628  XRE family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0172593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  34.25 
 
 		 240 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 110 aa  43.9  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  34.25 
 
 		 240 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  39.29 
 
 		 233 aa  43.5  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2606  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 129 aa  42.7  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.327119  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5721  hypothetical protein  37.61 
 
 		 431 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0380907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  39.29 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 380 aa  42.7  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  39.71 
 
 		 229 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 104 aa  42  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 252 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  39.29 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1976  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 227 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 368 aa  42  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  32.71 
 
 		 135 aa  41.6  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  35.79 
 
 		 143 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  32.71 
 
 		 135 aa  41.6  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  42.03 
 
 		 227 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 83 aa  41.6  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1756  XRE family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 409 aa  41.6  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 397 aa  41.2  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 397 aa  41.2  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3720  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 138 aa  41.6  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0580307  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  36.07 
 
 		 209 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  29.23 
 
 		 206 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  38.57 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 428 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  35.06 
 
 		 411 aa  41.2  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 504 aa  41.2  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3075  transcriptional regulator, XRE family  24.24 
 
 		 105 aa  41.2  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  29.47 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4549  hypothetical protein  37.33 
 
 		 236 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2571  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.255582  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4684  hypothetical protein  36 
 
 		 224 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213112  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2432  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 73 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020915 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 176 aa  40.8  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  38.57 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  38.57 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  38.57 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 84 aa  40.8  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  25.45 
 
 		 308 aa  40.8  0.006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  31.33 
 
 		 133 aa  40.4  0.007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8549  transcriptional regulator, XRE family  35.05 
 
 		 410 aa  40.8  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0123157  hitchhiker  0.000343252 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  29.25 
 
 		 123 aa  40.8  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  39.71 
 
 		 107 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4808  hypothetical protein  34.67 
 
 		 223 aa  40.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.463187 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0006  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000100303  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  24.32 
 
 		 302 aa  40.4  0.009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 266 aa  40  0.01  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  32.56 
 
 		 214 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 99 aa  40  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 495 aa  40  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  39.19 
 
 		 107 aa  40  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  29.52 
 
 		 312 aa  40  0.01  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>