71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3821 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3821  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 117 aa  222  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2941  transcriptional regulator, XRE family  94.02 
 
 		 117 aa  194  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38936  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4232  transcriptional regulator, XRE family  94.02 
 
 		 117 aa  177  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0669  transcriptional regulator, XRE family  40.22 
 
 		 383 aa  47.8  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 128 aa  47.8  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4074  hypothetical protein  63.89 
 
 		 226 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 488 aa  45.4  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 504 aa  45.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 368 aa  43.5  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.03 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  32.65 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  32.65 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  35.63 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1976  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 227 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  38.18 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  32.86 
 
 		 240 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  36.9 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  32.86 
 
 		 240 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3628  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0172593  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.53 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 		 133 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  35.94 
 
 		 374 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  27.27 
 
 		 308 aa  42  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  35.63 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 84 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  35.63 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  35.63 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  35.63 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  35.63 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 380 aa  42  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  38.24 
 
 		 229 aa  42  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2432  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 73 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020915 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5721  hypothetical protein  37.61 
 
 		 431 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0380907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4684  hypothetical protein  37.84 
 
 		 224 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213112  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3075  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  38.18 
 
 		 233 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  30.21 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 175 aa  41.2  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  38.18 
 
 		 233 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 397 aa  41.6  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 397 aa  41.6  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  31.08 
 
 		 209 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 185 aa  41.2  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  29.35 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2606  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 129 aa  41.2  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.327119  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  40.58 
 
 		 227 aa  41.2  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 504 aa  41.2  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 235 aa  40.8  0.006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 428 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  34.48 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26490  Helix-turn-helix protein  46.03 
 
 		 71 aa  40.8  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 163 aa  40.8  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  39.71 
 
 		 107 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 469 aa  40.8  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  31.15 
 
 		 369 aa  40.4  0.009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4549  hypothetical protein  35.19 
 
 		 236 aa  40  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  26.83 
 
 		 225 aa  40.4  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  36.67 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 119 aa  40  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  36.36 
 
 		 411 aa  40  0.01  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 107 aa  40  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 252 aa  40  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>