More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2086 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  100 
 
 		 187 aa  377  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  100 
 
 		 187 aa  377  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  97.86 
 
 		 187 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  91.98 
 
 		 187 aa  343  6e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  85.56 
 
 		 187 aa  332  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  83.42 
 
 		 187 aa  325  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  70.59 
 
 		 187 aa  276  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  67.91 
 
 		 187 aa  270  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  69.52 
 
 		 187 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  68.45 
 
 		 194 aa  268  4e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  65.41 
 
 		 186 aa  268  4e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  67.03 
 
 		 186 aa  267  8e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  67.91 
 
 		 187 aa  265  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  68.45 
 
 		 187 aa  265  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  69.95 
 
 		 186 aa  264  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  67.38 
 
 		 187 aa  264  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  64.29 
 
 		 186 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  64.29 
 
 		 186 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  63.74 
 
 		 186 aa  249  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  63.19 
 
 		 186 aa  246  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  60.54 
 
 		 186 aa  245  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  60.99 
 
 		 186 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  60.44 
 
 		 186 aa  239  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  58.92 
 
 		 186 aa  238  2.9999999999999997e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  60 
 
 		 186 aa  233  1.0000000000000001e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  59.89 
 
 		 187 aa  233  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  60.87 
 
 		 191 aa  226  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  55.74 
 
 		 186 aa  218  3.9999999999999997e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  57.46 
 
 		 184 aa  216  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  60.84 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  57.89 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  54.64 
 
 		 187 aa  208  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  54.1 
 
 		 188 aa  207  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  54.1 
 
 		 188 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  54.1 
 
 		 188 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  56.82 
 
 		 188 aa  204  5e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  53.33 
 
 		 188 aa  204  7e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  51.91 
 
 		 187 aa  198  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  52.75 
 
 		 243 aa  196  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  52.81 
 
 		 184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  53.72 
 
 		 188 aa  194  7e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 188 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  51.67 
 
 		 187 aa  194  8.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 184 aa  189  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  51.67 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  53.33 
 
 		 186 aa  189  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  187  5.999999999999999e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 184 aa  187  8e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  48.31 
 
 		 185 aa  187  9e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 184 aa  186  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  50.57 
 
 		 184 aa  185  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  184  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  53.33 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0261  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 195 aa  182  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  48.86 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  181  7e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  181  7e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  180  8.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  180  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  180  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  50.87 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  47.13 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  47.13 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3514  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.763665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135969  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  47.13 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 174 aa  177  5.999999999999999e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  48.28 
 
 		 185 aa  177  7e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  177  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 184 aa  177  8e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  48.37 
 
 		 186 aa  177  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  48.37 
 
 		 186 aa  177  9e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  48.37 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  48.86 
 
 		 186 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>