More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1494 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  100 
 
 		 188 aa  383  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  87.03 
 
 		 187 aa  331  4e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  80.85 
 
 		 187 aa  311  2.9999999999999996e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  82.45 
 
 		 243 aa  302  2.0000000000000002e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  75 
 
 		 188 aa  298  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  73.4 
 
 		 188 aa  294  6e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  73.4 
 
 		 188 aa  293  1e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  62.96 
 
 		 187 aa  253  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  62.96 
 
 		 186 aa  248  5e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  59.16 
 
 		 191 aa  229  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  57.69 
 
 		 186 aa  228  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  56.59 
 
 		 186 aa  223  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 188 aa  222  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 186 aa  220  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  59.26 
 
 		 186 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 186 aa  220  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 186 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 187 aa  215  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 186 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  56.28 
 
 		 186 aa  215  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  57.14 
 
 		 187 aa  214  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 186 aa  213  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 186 aa  213  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  56.83 
 
 		 187 aa  212  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  54.4 
 
 		 186 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  56.04 
 
 		 187 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 186 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  56.28 
 
 		 187 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  56.28 
 
 		 187 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  55.56 
 
 		 187 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  56.59 
 
 		 187 aa  209  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 187 aa  209  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 187 aa  209  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  56.04 
 
 		 187 aa  207  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  54.64 
 
 		 194 aa  207  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  54.01 
 
 		 188 aa  206  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  54.75 
 
 		 184 aa  204  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  53.44 
 
 		 187 aa  203  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  56.55 
 
 		 185 aa  194  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 188 aa  192  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  49.45 
 
 		 186 aa  191  6e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 187 aa  184  6e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  54.66 
 
 		 185 aa  181  5.0000000000000004e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  48.3 
 
 		 186 aa  174  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 186 aa  174  6e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 185 aa  174  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0010  ribosome recycling factor  46.03 
 
 		 192 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0696052  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 184 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  48.28 
 
 		 185 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  48.28 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  48.28 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  48.28 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 184 aa  170  9e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  48.84 
 
 		 184 aa  170  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  46.02 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  46.45 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  47.7 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  46.82 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  47.7 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  46.99 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 184 aa  168  4e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  48.65 
 
 		 186 aa  168  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  45.56 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  47.4 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2472  ribosome recycling factor  47.7 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  44.38 
 
 		 183 aa  166  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  45 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  47.46 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0575  ribosome recycling factor  43.24 
 
 		 187 aa  164  8e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  44.44 
 
 		 184 aa  164  9e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  43.89 
 
 		 185 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0745  ribosome recycling factor  45.51 
 
 		 185 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000436383  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  41.9 
 
 		 184 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 186 aa  162  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0710  ribosome recycling factor  48.59 
 
 		 185 aa  162  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0332878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  47.56 
 
 		 174 aa  162  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 184 aa  162  3e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>