More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2379 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  100 
 
 		 184 aa  376  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  67.39 
 
 		 186 aa  264  4e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  66.85 
 
 		 184 aa  262  2e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  67.93 
 
 		 186 aa  262  2e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  68.39 
 
 		 184 aa  261  4e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  61.24 
 
 		 186 aa  238  4e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1781  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  234  7e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  55.62 
 
 		 185 aa  214  7e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  55.06 
 
 		 185 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_318  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  209  1e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.108452  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0374  ribosome recycling factor  53.63 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  56.42 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0356  ribosome recycling factor  56.07 
 
 		 173 aa  209  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0472189  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  51.4 
 
 		 186 aa  208  4e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  53.18 
 
 		 184 aa  207  5e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  53.76 
 
 		 185 aa  207  6e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4637  ribosome recycling factor  56.57 
 
 		 182 aa  207  6e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138932  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  57.8 
 
 		 185 aa  207  6e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  58.38 
 
 		 185 aa  206  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  54.49 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1517  ribosome recycling factor  53.37 
 
 		 185 aa  205  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  205  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  204  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  204  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  53.07 
 
 		 185 aa  204  7e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  53.93 
 
 		 182 aa  204  8e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  55.17 
 
 		 174 aa  204  8e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  51.72 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  51.72 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  51.72 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  51.72 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  53.76 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  51.72 
 
 		 185 aa  202  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  51.72 
 
 		 185 aa  202  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  52.3 
 
 		 185 aa  202  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  51.15 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  55.19 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  51.15 
 
 		 185 aa  201  5e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 185 aa  201  6e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2291  ribosome recycling factor  53.45 
 
 		 185 aa  201  7e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000106212  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 181 aa  201  7e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  53.63 
 
 		 185 aa  200  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1252  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 185 aa  200  8e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.538826  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 192 aa  200  9e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3546  ribosome recycling factor  54.91 
 
 		 181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  53.07 
 
 		 185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 184 aa  198  3e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  198  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07611  ribosome recycling factor  53.18 
 
 		 173 aa  199  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  55.31 
 
 		 185 aa  199  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 185 aa  198  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40048  predicted protein  50 
 
 		 225 aa  198  3.9999999999999996e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00311694  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2698  ribosome recycling factor  53.14 
 
 		 182 aa  198  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  197  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  197  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  51.96 
 
 		 185 aa  197  6e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 184 aa  197  6e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  53.37 
 
 		 187 aa  197  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  51.96 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05781  ribosome recycling factor  51.4 
 
 		 182 aa  197  9e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 185 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 185 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0710  ribosome recycling factor  53.63 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0332878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3357  ribosome recycling factor  51.4 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  50.84 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0477  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0474478  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  53.63 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 186 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  52.81 
 
 		 187 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0065  ribosome recycling factor  50 
 
 		 182 aa  196  2.0000000000000003e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.759475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  52.81 
 
 		 187 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  52.57 
 
 		 186 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  48.63 
 
 		 187 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0811  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 187 aa  195  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 184 aa  195  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 185 aa  195  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>