More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3994 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  100 
 
 		 187 aa  380  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  86.1 
 
 		 187 aa  337  8e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  80.21 
 
 		 243 aa  308  2.9999999999999997e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  82.29 
 
 		 188 aa  298  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  72.97 
 
 		 188 aa  286  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  72.97 
 
 		 188 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  72.43 
 
 		 188 aa  285  4e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  61.54 
 
 		 187 aa  247  7e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 186 aa  238  4e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 186 aa  220  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  54.26 
 
 		 186 aa  218  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  56.38 
 
 		 186 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  54.64 
 
 		 186 aa  216  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  53.19 
 
 		 186 aa  215  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  53.01 
 
 		 186 aa  215  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  53.19 
 
 		 186 aa  215  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  54.75 
 
 		 184 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 186 aa  211  3.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  54.1 
 
 		 187 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  53.07 
 
 		 188 aa  211  3.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 187 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  55.62 
 
 		 191 aa  210  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 187 aa  209  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  54.64 
 
 		 187 aa  209  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  53.3 
 
 		 187 aa  209  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  52.75 
 
 		 187 aa  208  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  54.4 
 
 		 187 aa  208  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  53.01 
 
 		 187 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  52.2 
 
 		 194 aa  204  8e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  52.75 
 
 		 187 aa  202  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  53.01 
 
 		 187 aa  202  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  50.55 
 
 		 186 aa  201  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  51.91 
 
 		 187 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  51.91 
 
 		 187 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  49.45 
 
 		 186 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  51.1 
 
 		 186 aa  194  7e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  51.69 
 
 		 188 aa  192  3e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  52.98 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  54.27 
 
 		 185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  52.3 
 
 		 188 aa  188  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 184 aa  180  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 187 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 183 aa  177  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 186 aa  176  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  48.3 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  50 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2472  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  46.29 
 
 		 184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  47.16 
 
 		 184 aa  171  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  47.13 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  45.14 
 
 		 184 aa  167  6e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 185 aa  167  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  46.28 
 
 		 185 aa  167  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2345  ribosome recycling factor  44.63 
 
 		 185 aa  167  8e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.082368  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  48.31 
 
 		 184 aa  167  1e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  45.4 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  45.4 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10920  ribosome recycling factor  45.45 
 
 		 186 aa  167  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0728725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  45.4 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  45.4 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  46.02 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  43.1 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0528  ribosome recycling factor  44.69 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  45.66 
 
 		 185 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  45.09 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  46.59 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1963  ribosome recycling factor  47.09 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.566814  normal  0.0766357 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  44.25 
 
 		 186 aa  164  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  44.83 
 
 		 185 aa  164  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  43.26 
 
 		 185 aa  164  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  43.62 
 
 		 185 aa  164  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  43.26 
 
 		 185 aa  164  6.9999999999999995e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38960  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 185 aa  164  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  46.07 
 
 		 185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  42.13 
 
 		 185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  43.26 
 
 		 184 aa  163  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  43.5 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  43.5 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  43.5 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  43.75 
 
 		 185 aa  161  4.0000000000000004e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>