More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0463 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  100 
 
 		 185 aa  369  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  80.43 
 
 		 184 aa  309  1e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  76.76 
 
 		 185 aa  273  9e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  63.89 
 
 		 186 aa  237  6.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  63.13 
 
 		 186 aa  233  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  62.57 
 
 		 186 aa  232  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  61.33 
 
 		 186 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  60.22 
 
 		 186 aa  230  9e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  62.7 
 
 		 187 aa  230  9e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  60.77 
 
 		 186 aa  229  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  60.77 
 
 		 186 aa  229  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  61.33 
 
 		 187 aa  229  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  60.99 
 
 		 187 aa  229  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  61.96 
 
 		 186 aa  229  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  59.67 
 
 		 186 aa  228  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  61.67 
 
 		 187 aa  228  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  60.44 
 
 		 187 aa  228  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  60.56 
 
 		 187 aa  227  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  61.11 
 
 		 186 aa  227  8e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  61.11 
 
 		 187 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  61.67 
 
 		 187 aa  225  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  60 
 
 		 186 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  60.23 
 
 		 186 aa  224  6e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  59.44 
 
 		 194 aa  223  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  58.79 
 
 		 187 aa  222  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  57.69 
 
 		 187 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  57.69 
 
 		 187 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  63.48 
 
 		 191 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  56.67 
 
 		 187 aa  219  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  56.67 
 
 		 186 aa  219  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  56.59 
 
 		 187 aa  214  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  61.93 
 
 		 188 aa  209  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 188 aa  210  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  55.31 
 
 		 187 aa  205  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 187 aa  200  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  53.14 
 
 		 188 aa  200  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  53.14 
 
 		 188 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  53.14 
 
 		 188 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  55.17 
 
 		 188 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 243 aa  195  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  55.81 
 
 		 188 aa  195  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  51.7 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  53.22 
 
 		 184 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  180  9.000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 185 aa  177  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0745  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  177  1e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000436383  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  51.14 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 184 aa  175  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  52.46 
 
 		 184 aa  175  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0647  ribosome recycling factor  45.35 
 
 		 186 aa  173  9.999999999999999e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222194  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  51.15 
 
 		 184 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  48 
 
 		 187 aa  172  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 186 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0529  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  51.91 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  51.91 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  51.91 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  48.54 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  49.42 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  51.37 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  51.16 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  51.16 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  51.16 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  46.96 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  51.16 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  51.16 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  51.14 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135969  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  46.33 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  48 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  168  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  51.16 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.331553 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1200  ribosome recycling factor  44.32 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000906097  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  45.45 
 
 		 183 aa  168  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>