More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1537 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  100 
 
 		 187 aa  376  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  96.79 
 
 		 187 aa  370  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  83.96 
 
 		 187 aa  327  9e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  83.42 
 
 		 187 aa  325  3e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  83.42 
 
 		 187 aa  325  3e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  82.35 
 
 		 187 aa  318  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  72.73 
 
 		 187 aa  280  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  70.59 
 
 		 187 aa  277  6e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  69.78 
 
 		 186 aa  273  8e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  69.52 
 
 		 187 aa  271  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  68.65 
 
 		 186 aa  271  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  69.52 
 
 		 187 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  67.91 
 
 		 194 aa  268  5e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  67.58 
 
 		 186 aa  264  5e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  67.58 
 
 		 186 aa  264  5e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  69.23 
 
 		 186 aa  262  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  65.93 
 
 		 186 aa  261  4.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  66.31 
 
 		 187 aa  260  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  66.31 
 
 		 187 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  62.7 
 
 		 186 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  63.74 
 
 		 186 aa  250  7e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  61.54 
 
 		 186 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  62.64 
 
 		 186 aa  248  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  58.92 
 
 		 186 aa  242  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  61.8 
 
 		 186 aa  240  7.999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  59.36 
 
 		 187 aa  233  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  60.54 
 
 		 191 aa  228  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  60 
 
 		 184 aa  225  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  60.82 
 
 		 185 aa  217  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  54.4 
 
 		 186 aa  216  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  55 
 
 		 188 aa  214  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 188 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 188 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 188 aa  211  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  52.75 
 
 		 187 aa  208  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  55.56 
 
 		 188 aa  207  7e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 187 aa  207  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  59.39 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  56.67 
 
 		 188 aa  203  9e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 243 aa  202  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  54.55 
 
 		 188 aa  202  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  49.45 
 
 		 186 aa  201  5e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  51.67 
 
 		 187 aa  199  3e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  51.67 
 
 		 186 aa  196  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  51.67 
 
 		 186 aa  196  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  48.13 
 
 		 185 aa  197  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 185 aa  195  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135969  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  51.09 
 
 		 186 aa  191  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 184 aa  190  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 186 aa  190  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 184 aa  189  2e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  50.57 
 
 		 184 aa  189  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 186 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  48.57 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  50.82 
 
 		 184 aa  189  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 186 aa  188  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 186 aa  188  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 185 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 186 aa  187  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 185 aa  187  7e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 185 aa  187  7e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  187  9e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 185 aa  186  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 186 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  186  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  186  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  50 
 
 		 182 aa  185  3e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  8e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  184  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  8e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  45 
 
 		 184 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 186 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  52.84 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  45.56 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>