More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1372 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  100 
 
 		 185 aa  366  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  77.17 
 
 		 184 aa  294  5e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  76.76 
 
 		 185 aa  277  5e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  61.67 
 
 		 187 aa  230  9e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  62.36 
 
 		 191 aa  225  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  60.56 
 
 		 194 aa  224  5.0000000000000005e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  58.33 
 
 		 187 aa  223  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  59.67 
 
 		 187 aa  221  3e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  59.67 
 
 		 187 aa  221  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  59.44 
 
 		 187 aa  221  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  58.24 
 
 		 186 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  58.89 
 
 		 187 aa  221  6e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  59.67 
 
 		 187 aa  220  8e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  59.44 
 
 		 186 aa  219  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  59.44 
 
 		 186 aa  219  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  59.12 
 
 		 186 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  60 
 
 		 187 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  58.33 
 
 		 186 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  58.01 
 
 		 187 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  59.67 
 
 		 187 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  60 
 
 		 187 aa  218  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  56.35 
 
 		 186 aa  218  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  58.01 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 187 aa  216  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  59.43 
 
 		 188 aa  213  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 186 aa  211  5.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 186 aa  210  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  58.52 
 
 		 188 aa  206  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  54.75 
 
 		 186 aa  204  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 186 aa  204  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  55.87 
 
 		 186 aa  204  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  53.63 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  53.3 
 
 		 186 aa  201  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  55.91 
 
 		 188 aa  201  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  53.63 
 
 		 243 aa  200  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  53.07 
 
 		 187 aa  199  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  51.96 
 
 		 187 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  53.63 
 
 		 186 aa  192  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  51.7 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  50.86 
 
 		 188 aa  190  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  50.86 
 
 		 188 aa  189  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  53.41 
 
 		 184 aa  189  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 188 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  52.87 
 
 		 188 aa  188  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  52.84 
 
 		 186 aa  187  9e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 185 aa  184  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50.57 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  52.02 
 
 		 185 aa  184  6e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  51.98 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  50.57 
 
 		 186 aa  182  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  52.05 
 
 		 184 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  53.55 
 
 		 184 aa  180  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  51.15 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  48.09 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  53.37 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  52.87 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  51.7 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1517  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0745  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000436383  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  51.14 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0261  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 195 aa  176  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1512  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00300903  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  48.57 
 
 		 187 aa  173  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0529  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  46.89 
 
 		 184 aa  173  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  48.3 
 
 		 183 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  50.57 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1196  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000300081  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1963  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.566814  normal  0.0766357 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 186 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1046  ribosome recycling factor  48.04 
 
 		 183 aa  171  3.9999999999999995e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.197511  normal  0.0713595 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 186 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2291  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  172  3.9999999999999995e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000106212  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  48.26 
 
 		 185 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  170  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2973  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>