More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1003 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  100 
 
 		 183 aa  357  4e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0445  ribosome recycling factor  75 
 
 		 185 aa  277  8e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00199228  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  68.75 
 
 		 184 aa  248  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  65.38 
 
 		 184 aa  232  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  61.71 
 
 		 186 aa  226  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  59.43 
 
 		 185 aa  218  3e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  58.66 
 
 		 185 aa  217  7e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2345  ribosome recycling factor  57.3 
 
 		 185 aa  217  8.999999999999998e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.082368  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  58.1 
 
 		 185 aa  216  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  58.1 
 
 		 185 aa  216  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  58.1 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 185 aa  214  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  57.54 
 
 		 185 aa  214  5.9999999999999996e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  57.54 
 
 		 185 aa  214  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  57.54 
 
 		 185 aa  214  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 185 aa  213  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  56.98 
 
 		 185 aa  213  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 185 aa  213  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  58.24 
 
 		 185 aa  211  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  58.24 
 
 		 185 aa  211  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  55.87 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  58.24 
 
 		 185 aa  207  5e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1512  ribosome recycling factor  56.82 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00300903  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  55.11 
 
 		 184 aa  205  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  56.9 
 
 		 174 aa  205  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 186 aa  206  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0477  ribosome recycling factor  55.56 
 
 		 185 aa  204  4e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0474478  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  54.91 
 
 		 184 aa  204  4e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  51.96 
 
 		 187 aa  204  8e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  52.75 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2291  ribosome recycling factor  55.11 
 
 		 185 aa  201  3e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000106212  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1200  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 185 aa  201  5e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000906097  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09920  ribosome recycling factor  52.84 
 
 		 185 aa  201  5e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.95344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 185 aa  201  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3110  ribosome recycling factor  52.2 
 
 		 185 aa  201  7e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000000193761  hitchhiker  0.00426294 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  53.93 
 
 		 184 aa  200  9e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  55.43 
 
 		 185 aa  199  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  51.1 
 
 		 185 aa  198  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1278  ribosome recycling factor  55.31 
 
 		 185 aa  198  3.9999999999999996e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 186 aa  197  5e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12896  ribosome recycling factor  52.27 
 
 		 185 aa  197  7.999999999999999e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.460587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5908  ribosome recycling factor  53.98 
 
 		 185 aa  197  9e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.107758  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 186 aa  197  9e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 185 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05231  ribosome recycling factor  52.51 
 
 		 182 aa  196  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05771  ribosome recycling factor  53.63 
 
 		 182 aa  194  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.409534  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1985  ribosome recycling factor  52.84 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2004  ribosome recycling factor  52.84 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0475  ribosome recycling factor  57.14 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.840836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2050  ribosome recycling factor  52.84 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.774761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  52.54 
 
 		 181 aa  194  6e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4123  ribosome recycling factor  52.27 
 
 		 185 aa  194  7e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3546  ribosome recycling factor  51.98 
 
 		 181 aa  193  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  50 
 
 		 182 aa  192  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2221  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0750591  normal  0.159368 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1430  ribosome recycling factor  53.67 
 
 		 184 aa  192  3e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121871  normal  0.0745134 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  51.4 
 
 		 185 aa  191  3e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  191  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2111  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1539  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.34519 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0521  ribosome recycling factor  53.11 
 
 		 182 aa  191  5e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2472  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  52.2 
 
 		 184 aa  189  1e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  48.07 
 
 		 187 aa  190  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05471  ribosome recycling factor  53.76 
 
 		 173 aa  189  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0710  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 182 aa  190  1e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2698  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 182 aa  189  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1517  ribosome recycling factor  50.55 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0997  ribosome recycling factor  50.57 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.168842  normal  0.480698 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2047  ribosome recycling factor  51.69 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.082584  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 184 aa  189  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3988  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556234  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1532  ribosome recycling factor  50.57 
 
 		 185 aa  189  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0437112 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1963  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  187  5e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.566814  normal  0.0766357 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05851  ribosome recycling factor  52.54 
 
 		 182 aa  187  7e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0629  ribosome recycling factor  51.7 
 
 		 187 aa  187  8e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.418172 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4637  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 182 aa  187  8e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138932  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0389  ribosome recycling factor  54.39 
 
 		 187 aa  186  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0303033 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2625  ribosome recycling factor  55.31 
 
 		 184 aa  186  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000230935  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 184 aa  186  1e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1384  ribosome recycling factor  54.75 
 
 		 185 aa  187  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000556086  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0745  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000436383  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1325  ribosome recycling factor  46.59 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12187  predicted protein  48 
 
 		 176 aa  185  3e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.17047  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10920  ribosome recycling factor  48.86 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0728725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1649  ribosome recycling factor  48.04 
 
 		 182 aa  184  4e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2504  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.470707 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  50.87 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>