More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0389 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0389  ribosome recycling factor  100 
 
 		 187 aa  377  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0303033 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0116  ribosome recycling factor  60.96 
 
 		 187 aa  233  9e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0575  ribosome recycling factor  55.61 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04050  ribosome recycling factor  55.08 
 
 		 185 aa  206  1e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.647484  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1351  hypothetical protein  53.01 
 
 		 186 aa  201  6e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1901  ribosome recycling factor  51.93 
 
 		 186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.782843 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  55.62 
 
 		 184 aa  199  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  57.71 
 
 		 186 aa  198  3.9999999999999996e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  57.71 
 
 		 186 aa  198  3.9999999999999996e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 186 aa  197  7e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1898  ribosome recycling factor  49.73 
 
 		 184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0633541  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  49.18 
 
 		 186 aa  194  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  51.38 
 
 		 185 aa  194  7e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0578  ribosome recycling factor (ribosome releasing factor)  51.89 
 
 		 186 aa  193  1e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 186 aa  192  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  53.59 
 
 		 186 aa  192  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0445  ribosome recycling factor  53.22 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00199228  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  51.93 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2999  ribosome recycling factor  51.91 
 
 		 186 aa  191  8e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  51.38 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2387  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 186 aa  190  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.164667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  52.57 
 
 		 186 aa  189  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  53.04 
 
 		 186 aa  187  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  186  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  187  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  54.39 
 
 		 183 aa  186  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  186  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2594  ribosome recycling factor  50.53 
 
 		 187 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00709219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2602  ribosome recycling factor  52.49 
 
 		 189 aa  185  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  52.6 
 
 		 186 aa  184  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  184  9e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  184  9e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  51.69 
 
 		 186 aa  184  9e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  50.84 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 184 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  47.51 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 185 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  51.4 
 
 		 185 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  50.83 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  50.84 
 
 		 186 aa  182  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  47.51 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2692  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 186 aa  181  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 186 aa  181  4.0000000000000006e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1761  ribosome recycling factor  49.17 
 
 		 186 aa  181  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0665089 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  181  6e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  180  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 184 aa  180  9.000000000000001e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 186 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  50.87 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  50.87 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  50.87 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  48.07 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0285  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 185 aa  178  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0010  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 192 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0696052  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0259  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 184 aa  177  8e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  50 
 
 		 174 aa  177  9e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  47.51 
 
 		 185 aa  177  9e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1278  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  47.49 
 
 		 186 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  50.87 
 
 		 186 aa  176  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0232  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 185 aa  177  1e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  49.15 
 
 		 186 aa  176  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 184 aa  176  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  47.49 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  46.93 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  46.93 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1992  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2847  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  48.04 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0361  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000245194  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01128  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291437  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  45.86 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  48.04 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 182 aa  175  4e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  46.37 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  46.93 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1745  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 198 aa  174  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  47.49 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1539  ribosome recycling factor  45.74 
 
 		 185 aa  174  6e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.34519 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  48.04 
 
 		 185 aa  174  9e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  46.93 
 
 		 185 aa  174  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  45.81 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>