More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2112 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  100 
 
 		 186 aa  372  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  81.72 
 
 		 186 aa  315  2e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  72.83 
 
 		 184 aa  288  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  72.58 
 
 		 186 aa  286  8e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  67.93 
 
 		 184 aa  267  8e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  67.93 
 
 		 184 aa  262  2e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  231  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  231  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  59.56 
 
 		 185 aa  231  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  59.56 
 
 		 185 aa  231  5e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  59.02 
 
 		 185 aa  230  9e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  228  4e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  57.07 
 
 		 185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  55.38 
 
 		 186 aa  224  6e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  60.34 
 
 		 185 aa  223  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  57.06 
 
 		 185 aa  223  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  55.25 
 
 		 185 aa  219  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1781  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  54.14 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  54.14 
 
 		 185 aa  215  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  54.84 
 
 		 186 aa  214  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  56.5 
 
 		 184 aa  213  9e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0374  ribosome recycling factor  56.74 
 
 		 185 aa  212  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  56.91 
 
 		 185 aa  213  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  56.67 
 
 		 182 aa  211  3.9999999999999995e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  57.47 
 
 		 185 aa  211  3.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  55.06 
 
 		 185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  55.06 
 
 		 185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  56.9 
 
 		 185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  54.84 
 
 		 186 aa  210  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  55.43 
 
 		 185 aa  210  9e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  53.23 
 
 		 186 aa  209  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  54.3 
 
 		 186 aa  209  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10920  ribosome recycling factor  52.15 
 
 		 186 aa  209  2e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0728725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  54.14 
 
 		 185 aa  208  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  208  4e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  58.43 
 
 		 185 aa  208  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  54.55 
 
 		 186 aa  207  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_318  ribosome recycling factor  54.49 
 
 		 185 aa  206  1e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.108452  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2472  ribosome recycling factor  52.17 
 
 		 185 aa  206  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  54.14 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05231  ribosome recycling factor  55.11 
 
 		 182 aa  206  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 183 aa  206  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  54.55 
 
 		 186 aa  205  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  52.72 
 
 		 184 aa  205  4e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  53.01 
 
 		 187 aa  205  4e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2047  ribosome recycling factor  51.65 
 
 		 185 aa  204  5e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.082584  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  53.04 
 
 		 181 aa  204  8e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  56.74 
 
 		 185 aa  204  8e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  53.8 
 
 		 185 aa  203  9e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  52.69 
 
 		 186 aa  203  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  53.37 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  57.47 
 
 		 174 aa  202  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  51.61 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  51.61 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  52.69 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  51.61 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  51.61 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  51.61 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  51.61 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3546  ribosome recycling factor  52.49 
 
 		 181 aa  202  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  55.62 
 
 		 185 aa  202  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  51.61 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0629  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 187 aa  202  3e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.418172 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2698  ribosome recycling factor  53.67 
 
 		 182 aa  202  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0116  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 187 aa  202  3e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0477  ribosome recycling factor  51.09 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0474478  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07611  ribosome recycling factor  54.91 
 
 		 173 aa  202  3e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  50 
 
 		 184 aa  201  4e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  57.95 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  54.49 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1517  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 185 aa  201  5e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  201  5e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  53.01 
 
 		 185 aa  201  6e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4637  ribosome recycling factor  53.33 
 
 		 182 aa  201  6e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138932  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 184 aa  201  7e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3432  ribosome recycling factor  53.37 
 
 		 185 aa  200  8e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000874312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1016  ribosome recycling factor  53.37 
 
 		 185 aa  200  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000122168  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1069  ribosome recycling factor  53.37 
 
 		 185 aa  200  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00702897  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  51.61 
 
 		 186 aa  200  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 185 aa  200  9e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>