More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1589 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  100 
 
 		 191 aa  387  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  64.61 
 
 		 186 aa  251  5.000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  62.37 
 
 		 187 aa  246  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  59.69 
 
 		 186 aa  232  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  59.69 
 
 		 186 aa  232  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  61.62 
 
 		 187 aa  231  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  61.29 
 
 		 188 aa  231  6e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  61.62 
 
 		 187 aa  229  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  60.54 
 
 		 187 aa  228  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  58.12 
 
 		 186 aa  228  5e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  59.36 
 
 		 188 aa  228  6e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  62.36 
 
 		 184 aa  226  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  60.87 
 
 		 187 aa  226  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  60.87 
 
 		 187 aa  226  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  58.82 
 
 		 186 aa  225  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  61.36 
 
 		 188 aa  225  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  60.23 
 
 		 188 aa  224  8e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 187 aa  223  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  61.24 
 
 		 187 aa  223  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 186 aa  222  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  59.78 
 
 		 187 aa  222  3e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  56.76 
 
 		 186 aa  220  8e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  58.99 
 
 		 186 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 187 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  56.91 
 
 		 188 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  58.64 
 
 		 186 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  58.43 
 
 		 186 aa  218  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  58.19 
 
 		 188 aa  218  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  56.91 
 
 		 188 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  56.15 
 
 		 187 aa  218  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  56.68 
 
 		 194 aa  216  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  59.55 
 
 		 186 aa  216  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  56.54 
 
 		 187 aa  217  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  58.43 
 
 		 186 aa  214  8e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  58.99 
 
 		 243 aa  214  8e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  56.68 
 
 		 187 aa  214  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  55.62 
 
 		 186 aa  213  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  56.74 
 
 		 187 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  63.19 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  64.07 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  55.62 
 
 		 187 aa  210  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  55.8 
 
 		 185 aa  208  4e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  198  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  52.17 
 
 		 184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  194  9e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 186 aa  191  7e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  191  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 186 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2047  ribosome recycling factor  47.25 
 
 		 185 aa  188  4e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.082584  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 186 aa  187  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  47.49 
 
 		 185 aa  187  5.999999999999999e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  48.37 
 
 		 186 aa  187  9e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  187  9e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  50.57 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 186 aa  186  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0528  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 184 aa  184  6e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 187 aa  184  8e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  51.67 
 
 		 185 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  48.65 
 
 		 186 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 186 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 184 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  48.62 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2403  ribosome recycling factor  48.28 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.130732  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  51.1 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3357  ribosome recycling factor  49.45 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  179  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  46.93 
 
 		 181 aa  178  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  43.48 
 
 		 184 aa  178  4.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  48.63 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  46.02 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  48.63 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 186 aa  177  7e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  177  7e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 186 aa  177  7e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 186 aa  177  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 186 aa  177  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 186 aa  177  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>