More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1134 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  100 
 
 		 186 aa  373  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  91.4 
 
 		 186 aa  346  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  89.78 
 
 		 186 aa  343  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  82.8 
 
 		 186 aa  319  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  73.66 
 
 		 186 aa  295  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  71.51 
 
 		 186 aa  285  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  71.51 
 
 		 186 aa  285  2.9999999999999996e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  72.04 
 
 		 186 aa  280  8.000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  69.89 
 
 		 186 aa  277  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  63.74 
 
 		 187 aa  251  6e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  63.74 
 
 		 187 aa  250  7e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  66.31 
 
 		 194 aa  248  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  64.17 
 
 		 187 aa  248  5e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  65.59 
 
 		 187 aa  245  2e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  63.19 
 
 		 187 aa  246  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  63.19 
 
 		 187 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  62.09 
 
 		 187 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  62.37 
 
 		 186 aa  242  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  63.39 
 
 		 187 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  63.1 
 
 		 187 aa  241  6e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  62.37 
 
 		 186 aa  239  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  62.16 
 
 		 187 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  62.7 
 
 		 187 aa  237  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  60.75 
 
 		 186 aa  236  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  60.44 
 
 		 187 aa  235  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  62.01 
 
 		 184 aa  229  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  58.06 
 
 		 186 aa  228  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  57.69 
 
 		 187 aa  225  4e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  63.69 
 
 		 185 aa  224  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 188 aa  220  8e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 188 aa  216  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 188 aa  216  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 188 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  56.67 
 
 		 185 aa  214  5e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  58.43 
 
 		 191 aa  214  7e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 188 aa  210  7.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  54.4 
 
 		 187 aa  209  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  57.78 
 
 		 188 aa  208  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  55.68 
 
 		 188 aa  208  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  50 
 
 		 187 aa  202  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  52.75 
 
 		 243 aa  198  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  47.31 
 
 		 186 aa  189  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  187  5.999999999999999e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 187 aa  187  8e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  50.84 
 
 		 185 aa  184  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0261  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 195 aa  183  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 186 aa  181  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 184 aa  178  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  178  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  51.98 
 
 		 185 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07680  ribosome recycling factor  45.81 
 
 		 185 aa  177  4.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029169  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0384  ribosome recycling factor  51.12 
 
 		 186 aa  178  4.999999999999999e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000010454  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  177  9e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0528  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  176  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  48.04 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  48 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2403  ribosome recycling factor  48.85 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.130732  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1319  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 184 aa  175  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.362878  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>