More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4514 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  100 
 
 
187 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  89.84 
 
 
187 aa  346  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  87.7 
 
 
194 aa  346  1e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  87.17 
 
 
187 aa  344  5e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  85.56 
 
 
187 aa  337  7e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  86.49 
 
 
186 aa  332  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  85.03 
 
 
187 aa  331  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  74.87 
 
 
187 aa  293  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  69.52 
 
 
187 aa  275  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  69.52 
 
 
187 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  69.52 
 
 
187 aa  271  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  67.57 
 
 
186 aa  271  3e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  67.91 
 
 
187 aa  270  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  67.91 
 
 
187 aa  270  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  67.91 
 
 
187 aa  269  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  67.57 
 
 
186 aa  266  8.999999999999999e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  62.09 
 
 
186 aa  249  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  62.09 
 
 
186 aa  249  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  61.54 
 
 
186 aa  247  9e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  63.1 
 
 
186 aa  241  6e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  58.92 
 
 
186 aa  234  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  61.11 
 
 
186 aa  234  7e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  58.92 
 
 
186 aa  232  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  57.75 
 
 
187 aa  231  6e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  59.36 
 
 
186 aa  230  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  60.56 
 
 
184 aa  228  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  54.95 
 
 
186 aa  224  7e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  56.83 
 
 
186 aa  224  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  56.54 
 
 
191 aa  217  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  60.56 
 
 
185 aa  215  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
188 aa  211  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  57.22 
 
 
188 aa  211  7e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
188 aa  210  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
188 aa  210  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  53.85 
 
 
187 aa  209  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  58.18 
 
 
185 aa  207  7e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  53.33 
 
 
188 aa  205  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  54.95 
 
 
187 aa  205  4e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
243 aa  198  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  53.98 
 
 
188 aa  195  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  51.11 
 
 
185 aa  194  6e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  50.56 
 
 
184 aa  194  7e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  49.73 
 
 
185 aa  193  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  53.49 
 
 
186 aa  192  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  52.6 
 
 
184 aa  191  6e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  50.56 
 
 
184 aa  191  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  51.11 
 
 
188 aa  189  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  51.41 
 
 
185 aa  188  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50.57 
 
 
186 aa  187  7e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  50.56 
 
 
187 aa  187  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  45.6 
 
 
186 aa  186  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0528  ribosome recycling factor  50 
 
 
185 aa  185  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  50 
 
 
185 aa  184  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  50.56 
 
 
181 aa  184  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  51.11 
 
 
185 aa  184  6e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07680  ribosome recycling factor  48.3 
 
 
185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029169  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3546  ribosome recycling factor  50 
 
 
181 aa  183  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  47.7 
 
 
186 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  51.72 
 
 
184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  43.33 
 
 
185 aa  182  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  49.44 
 
 
186 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  51.72 
 
 
185 aa  182  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  51.72 
 
 
185 aa  182  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  51.72 
 
 
185 aa  182  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  51.72 
 
 
185 aa  182  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  51.72 
 
 
185 aa  182  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2291  ribosome recycling factor  50 
 
 
185 aa  182  3e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000106212  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  48.28 
 
 
184 aa  181  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1512  ribosome recycling factor  48.85 
 
 
185 aa  181  5.0000000000000004e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00300903  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  44.44 
 
 
185 aa  181  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  51.15 
 
 
185 aa  181  6e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  46.67 
 
 
185 aa  181  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  50 
 
 
185 aa  181  7e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  50 
 
 
185 aa  181  7e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  51.15 
 
 
185 aa  181  7e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  48.55 
 
 
185 aa  179  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  51.11 
 
 
185 aa  180  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  48.02 
 
 
183 aa  180  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  50.57 
 
 
185 aa  180  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  50.85 
 
 
186 aa  179  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  46.11 
 
 
184 aa  178  4e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  49.15 
 
 
186 aa  177  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  47.22 
 
 
182 aa  177  5.999999999999999e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  50 
 
 
185 aa  177  8e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  47.13 
 
 
185 aa  177  8e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  47.13 
 
 
185 aa  177  8e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1319  ribosome recycling factor  47.22 
 
 
184 aa  176  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.362878  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1345  ribosome recycling factor  47.22 
 
 
184 aa  176  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00867514  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  49.16 
 
 
185 aa  177  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1200  ribosome recycling factor  45.65 
 
 
185 aa  176  1e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000906097  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  49.43 
 
 
185 aa  176  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  46.11 
 
 
192 aa  176  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0745  ribosome recycling factor  47.19 
 
 
185 aa  176  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000436383  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2698  ribosome recycling factor  46.67 
 
 
182 aa  176  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  46.67 
 
 
184 aa  175  3e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  48.66 
 
 
186 aa  175  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  45.66 
 
 
185 aa  175  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  48 
 
 
186 aa  174  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_002936  DET0374  ribosome recycling factor  45.56 
 
 
185 aa  174  6e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  50.57 
 
 
185 aa  174  6e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>