More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3832 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  100 
 
 		 186 aa  376  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  82.8 
 
 		 186 aa  323  6e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  71.43 
 
 		 187 aa  278  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  69.89 
 
 		 187 aa  277  5e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  67.57 
 
 		 187 aa  273  7e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  69.78 
 
 		 187 aa  273  8e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  69.73 
 
 		 194 aa  273  8e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  69.35 
 
 		 186 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  70.33 
 
 		 187 aa  271  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  67.57 
 
 		 187 aa  271  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  68.11 
 
 		 187 aa  270  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  66.49 
 
 		 187 aa  270  8.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  68.65 
 
 		 187 aa  269  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  65.41 
 
 		 187 aa  268  4e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  65.41 
 
 		 187 aa  268  4e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  65.41 
 
 		 187 aa  264  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  63.44 
 
 		 186 aa  251  5.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  63.44 
 
 		 186 aa  251  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  63.44 
 
 		 186 aa  251  5.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  64.29 
 
 		 184 aa  249  1e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  63.44 
 
 		 186 aa  242  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  60.44 
 
 		 187 aa  240  7e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  61.29 
 
 		 186 aa  237  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  59.68 
 
 		 186 aa  236  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  60.75 
 
 		 186 aa  236  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  59.14 
 
 		 186 aa  235  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  58.6 
 
 		 186 aa  230  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  57.53 
 
 		 186 aa  228  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  58.82 
 
 		 191 aa  225  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  64.5 
 
 		 185 aa  225  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  57.45 
 
 		 187 aa  221  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 188 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 188 aa  217  7e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 188 aa  217  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  54.64 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  59.28 
 
 		 185 aa  209  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  57.95 
 
 		 188 aa  208  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  54.79 
 
 		 243 aa  207  7e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  54.79 
 
 		 188 aa  206  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  51.67 
 
 		 185 aa  204  7e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  54.44 
 
 		 188 aa  202  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  55.56 
 
 		 188 aa  198  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  190  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  190  9e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 184 aa  189  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  184  5e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 186 aa  184  5e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  184  7e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  184  8e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  44.62 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 186 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 185 aa  181  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 192 aa  181  5.0000000000000004e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 184 aa  181  6e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 185 aa  181  6e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2047  ribosome recycling factor  44.44 
 
 		 185 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.082584  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01128  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 185 aa  177  7e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291437  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2345  ribosome recycling factor  46.89 
 
 		 185 aa  177  7e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.082368  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 185 aa  177  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 184 aa  175  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1963  ribosome recycling factor  46.59 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.566814  normal  0.0766357 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  45.16 
 
 		 186 aa  174  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 186 aa  174  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  45 
 
 		 185 aa  174  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 185 aa  174  8e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  47.7 
 
 		 185 aa  174  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  47.31 
 
 		 186 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  45.56 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  46.77 
 
 		 186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  46.77 
 
 		 186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0528  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0261  ribosome recycling factor  45.56 
 
 		 195 aa  172  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  46.59 
 
 		 186 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  44.44 
 
 		 184 aa  171  3.9999999999999995e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  43.26 
 
 		 183 aa  171  3.9999999999999995e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 187 aa  171  5.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>