More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A1878 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  100 
 
 
186 aa  375  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  91.4 
 
 
186 aa  347  7e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  88.17 
 
 
186 aa  340  8e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  84.41 
 
 
186 aa  320  8e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  84.95 
 
 
186 aa  320  9.000000000000001e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  82.26 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  82.26 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  82.26 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  82.26 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  82.26 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  82.26 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  82.26 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  81.72 
 
 
186 aa  308  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  82.26 
 
 
186 aa  309  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  80.65 
 
 
186 aa  305  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  80.65 
 
 
186 aa  305  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  80.65 
 
 
186 aa  305  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  80.11 
 
 
186 aa  305  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  80.11 
 
 
186 aa  305  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  80.11 
 
 
186 aa  304  6e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  80.11 
 
 
186 aa  303  7e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  79.57 
 
 
186 aa  300  6.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  79.03 
 
 
186 aa  299  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  72.28 
 
 
185 aa  285  2.9999999999999996e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  69.57 
 
 
185 aa  278  4e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  71.74 
 
 
185 aa  278  5e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  70.43 
 
 
186 aa  275  4e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  69.35 
 
 
186 aa  273  1.0000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2692  ribosome recycling factor  68.28 
 
 
186 aa  271  5.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2847  ribosome recycling factor  68.82 
 
 
186 aa  267  7e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  66.13 
 
 
186 aa  265  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  66.13 
 
 
186 aa  265  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1745  ribosome recycling factor  68.48 
 
 
198 aa  265  2.9999999999999995e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1976  ribosome recycling factor  67.74 
 
 
186 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0955011 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  66.13 
 
 
186 aa  265  2.9999999999999995e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  66.13 
 
 
186 aa  264  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1761  ribosome recycling factor  66.13 
 
 
186 aa  263  8.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0665089 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0788  ribosome recycling factor  66.49 
 
 
189 aa  263  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.119602 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1992  ribosome recycling factor  65.59 
 
 
186 aa  259  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  63.98 
 
 
186 aa  257  6e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  66.67 
 
 
185 aa  256  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  65.76 
 
 
185 aa  255  3e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  62.5 
 
 
185 aa  253  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  62.5 
 
 
185 aa  253  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2602  ribosome recycling factor  59.46 
 
 
189 aa  246  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1860  ribosome recycling factor  59.78 
 
 
185 aa  239  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.747676  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  62.43 
 
 
185 aa  237  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  54.89 
 
 
185 aa  231  5e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  59.2 
 
 
185 aa  230  1e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  58.62 
 
 
185 aa  227  8e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  56.9 
 
 
185 aa  225  3e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  57.22 
 
 
185 aa  222  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3357  ribosome recycling factor  57.22 
 
 
185 aa  222  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  54.95 
 
 
185 aa  222  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0566  ribosome recycling factor  56.52 
 
 
185 aa  220  9e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.395524  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  55.98 
 
 
185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  55.43 
 
 
185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2424  ribosome recycling factor  57.61 
 
 
185 aa  218  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00108894  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  53.8 
 
 
185 aa  218  3e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  56.52 
 
 
185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0811  ribosome recycling factor  51.09 
 
 
187 aa  218  3.9999999999999997e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  56.04 
 
 
185 aa  217  6e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  57.14 
 
 
185 aa  217  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  55.49 
 
 
185 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  55.43 
 
 
185 aa  217  8.999999999999998e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  57.39 
 
 
184 aa  216  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  52.17 
 
 
185 aa  214  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  56.82 
 
 
186 aa  212  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2594  ribosome recycling factor  53.8 
 
 
187 aa  213  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00709219  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  52.72 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2545  ribosome recycling factor  56.47 
 
 
196 aa  211  4.9999999999999996e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
185 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  53.85 
 
 
185 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  53.85 
 
 
185 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  53.85 
 
 
185 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  53.85 
 
 
185 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  53.85 
 
 
185 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1713  ribosome recycling factor  52.72 
 
 
184 aa  210  1e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.634528  normal  0.959645 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0710  ribosome recycling factor  54.95 
 
 
185 aa  209  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0332878  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1016  ribosome recycling factor  52.75 
 
 
185 aa  209  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000122168  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
185 aa  209  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1069  ribosome recycling factor  52.75 
 
 
185 aa  209  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00702897  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3432  ribosome recycling factor  52.75 
 
 
185 aa  209  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000874312  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1534  ribosome recycling factor  51.63 
 
 
184 aa  208  4e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0202403 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  52.72 
 
 
185 aa  208  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1801  ribosome recycling factor  53.26 
 
 
184 aa  207  7e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0761482  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  52.72 
 
 
185 aa  207  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  52.72 
 
 
185 aa  207  8e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  54.55 
 
 
186 aa  207  8e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38960  ribosome recycling factor  55.43 
 
 
185 aa  206  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  55.68 
 
 
185 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  52.72 
 
 
185 aa  205  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>