More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0574 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  100 
 
 
184 aa  363  1e-100  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1250  ribosome recycling factor  60.77 
 
 
182 aa  228  4e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  47.83 
 
 
186 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  51.67 
 
 
186 aa  194  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  50.56 
 
 
187 aa  194  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  49.46 
 
 
186 aa  194  7e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1517  ribosome recycling factor  49.73 
 
 
185 aa  192  3e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  50.86 
 
 
187 aa  191  4e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  48.33 
 
 
187 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  50 
 
 
187 aa  189  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  48.89 
 
 
187 aa  189  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  48.11 
 
 
185 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  48.33 
 
 
187 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  48.33 
 
 
187 aa  187  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  51.63 
 
 
184 aa  187  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  44.32 
 
 
187 aa  186  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  48.89 
 
 
194 aa  186  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1200  ribosome recycling factor  51.35 
 
 
185 aa  185  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000906097  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  49.19 
 
 
185 aa  185  4e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  47.78 
 
 
187 aa  184  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_002936  DET0374  ribosome recycling factor  46.7 
 
 
185 aa  184  8e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  46.2 
 
 
184 aa  183  9e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  45.11 
 
 
184 aa  184  9e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  44.86 
 
 
186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07680  ribosome recycling factor  47.03 
 
 
185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029169  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0010  ribosome recycling factor  48.33 
 
 
192 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0696052  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_318  ribosome recycling factor  47.25 
 
 
185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.108452  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  51.09 
 
 
184 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0477  ribosome recycling factor  48.11 
 
 
185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0474478  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  45.65 
 
 
186 aa  182  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  46.11 
 
 
187 aa  181  7e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  50 
 
 
174 aa  180  8.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  180  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  44.32 
 
 
185 aa  180  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0116  ribosome recycling factor  46.2 
 
 
187 aa  179  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  178  4e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  178  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  178  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  177  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  45.11 
 
 
192 aa  177  5.999999999999999e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  47.83 
 
 
184 aa  177  5.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  177  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  177  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  49.46 
 
 
183 aa  177  8e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  177  9e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  177  9e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  44.86 
 
 
185 aa  176  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0745  ribosome recycling factor  47.83 
 
 
185 aa  177  1e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000436383  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  44.32 
 
 
185 aa  176  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  43.24 
 
 
185 aa  176  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  43.24 
 
 
185 aa  176  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2345  ribosome recycling factor  49.73 
 
 
185 aa  176  2e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.082368  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  46.11 
 
 
187 aa  176  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2016  ribosome recycling factor  47.57 
 
 
185 aa  176  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  46.67 
 
 
187 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  46.11 
 
 
187 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  47.57 
 
 
185 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3928  ribosome recycling factor  47.03 
 
 
185 aa  176  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.119713 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  42.46 
 
 
186 aa  175  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  44.86 
 
 
185 aa  175  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  43.89 
 
 
186 aa  175  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1183  ribosome recycling factor  45.95 
 
 
185 aa  175  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  44.86 
 
 
185 aa  175  4e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  43.17 
 
 
185 aa  174  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  174  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  44.13 
 
 
186 aa  174  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1007  ribosome recycling factor  46.49 
 
 
185 aa  174  9e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  43.02 
 
 
186 aa  173  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1539  ribosome recycling factor  44.86 
 
 
185 aa  173  9.999999999999999e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.34519 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0528  ribosome recycling factor  43.78 
 
 
185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  44.02 
 
 
184 aa  172  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  43.02 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  43.02 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  43.33 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  48.35 
 
 
184 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  45 
 
 
182 aa  172  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  43.48 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  43.02 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  43.48 
 
 
184 aa  173  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  43.02 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1963  ribosome recycling factor  43.48 
 
 
185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.566814  normal  0.0766357 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  43.02 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  43.02 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  43.02 
 
 
186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  42.93 
 
 
186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  43.33 
 
 
186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4637  ribosome recycling factor  45 
 
 
182 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138932  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3514  ribosome recycling factor  45.41 
 
 
185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.763665  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  44.44 
 
 
186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  42.7 
 
 
185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  42.7 
 
 
185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0065  ribosome recycling factor  45.56 
 
 
182 aa  171  5.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.759475  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  42.93 
 
 
186 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0305  ribosome recycling factor  43.17 
 
 
187 aa  171  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.422351  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1781  ribosome recycling factor  46.49 
 
 
185 aa  170  7.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  42.39 
 
 
184 aa  170  9e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  42.93 
 
 
186 aa  170  9e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0997  ribosome recycling factor  44.86 
 
 
185 aa  170  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.168842  normal  0.480698 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0281  ribosome recycling factor  45.36 
 
 
188 aa  170  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>