More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1304 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1304  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  100 
 
 		 337 aa  689    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1506  LacI family response repressor  62.69 
 
 		 338 aa  431  1e-120  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1318  LacI family response repressor  45.21 
 
 		 336 aa  295  9e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.119217  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1292  transcriptional regulator, LacI family  46.11 
 
 		 341 aa  276  3e-73  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1322  LacI family response repressor  41.54 
 
 		 344 aa  245  9.999999999999999e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.465092  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  36.5 
 
 		 363 aa  195  8.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1488  LacI family response repressor  36.73 
 
 		 339 aa  186  7e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.44 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0627  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.958953 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0417  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  30.97 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  31.3 
 
 		 348 aa  149  9e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 351 aa  143  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22460  transcriptional regulator  29.88 
 
 		 339 aa  143  5e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.912929  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3955  transcriptional regulator, LacI family  30.27 
 
 		 364 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.337972  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1489  LacI family response repressor  31.87 
 
 		 256 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  29.91 
 
 		 343 aa  132  9e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  29.38 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.61 
 
 		 341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01740  transcriptional regulator  30.35 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.42091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  27.51 
 
 		 336 aa  124  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.5 
 
 		 336 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2467  LacI family transcription regulator  30.19 
 
 		 351 aa  122  6e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000453597  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  27.86 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  27.98 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03609  transcriptional regulator LacI family  31.88 
 
 		 350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.34339  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  28.41 
 
 		 334 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 335 aa  119  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.28 
 
 		 347 aa  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  28.92 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  27.95 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0742  LacI family transcription regulator  30.65 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.13843  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0271  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.24 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  31.05 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0593  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.08 
 
 		 339 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.27 
 
 		 335 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.19 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  28.11 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.98 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.76 
 
 		 330 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  27.6 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  28.28 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.21 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  28.11 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0300  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  27.99 
 
 		 352 aa  113  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 344 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5117  transcriptional regulator, LacI family  26.59 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.603639  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.38 
 
 		 335 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  26.51 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.21 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.9 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  27.59 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3040  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 339 aa  111  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  24.93 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  27.84 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  25.74 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.94 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.94 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.94 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  29.97 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.38 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.94 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.94 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  26.32 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  28.95 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  27.76 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.99 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  27.51 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  27.11 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.95 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  30 
 
 		 332 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  29.71 
 
 		 332 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  27.11 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  26.65 
 
 		 339 aa  109  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.74 
 
 		 342 aa  108  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 341 aa  108  9.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  27.57 
 
 		 351 aa  108  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1332  transcriptional regulator, LacI family  28.15 
 
 		 377 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  26.04 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  29.71 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.7 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0581  Alanine racemase  29.11 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0953116  normal  0.13709 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.89 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  27.7 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>