More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1292 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1292  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 341 aa  694    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1318  LacI family response repressor  54.1 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.119217  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1506  LacI family response repressor  46.08 
 
 		 338 aa  293  2e-78  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1304  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  46.11 
 
 		 337 aa  276  3e-73  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1322  LacI family response repressor  43.33 
 
 		 344 aa  263  2e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.465092  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1488  LacI family response repressor  35.07 
 
 		 339 aa  187  3e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 340 aa  176  4e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0417  LacI family transcription regulator  34.1 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0627  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 350 aa  166  5e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.958953 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1489  LacI family response repressor  35.02 
 
 		 256 aa  151  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  32.55 
 
 		 348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 352 aa  146  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.34 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  30.47 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0742  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 342 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.13843  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1332  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 377 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 335 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.32 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2164  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.21 
 
 		 336 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22460  transcriptional regulator  32.85 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.912929  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3955  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 364 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.337972  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  27.99 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.86 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.27 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.68 
 
 		 342 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 339 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 349 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  28.1 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5149  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 346 aa  120  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  27.84 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  30.95 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01740  transcriptional regulator  29.28 
 
 		 355 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.42091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 382 aa  119  9e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  28.41 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0495  LacI family transcription regulator  31.67 
 
 		 354 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  29.46 
 
 		 339 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  30.03 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  28.91 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 335 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  27.65 
 
 		 333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.72 
 
 		 341 aa  116  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  28.61 
 
 		 358 aa  116  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 336 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.38 
 
 		 335 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  28.87 
 
 		 326 aa  115  8.999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  28.28 
 
 		 351 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  29.76 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6359  transcriptional regulator, LacI family  27.46 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 		 331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.46 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  27.94 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.24 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4618  regulatory protein LacI  30.15 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.784708  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.3 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.3 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  28.91 
 
 		 368 aa  113  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3700  LacI family transcription regulator  27.57 
 
 		 349 aa  113  5e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000696494  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  29.14 
 
 		 342 aa  112  9e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 330 aa  112  9e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  28.24 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  26.02 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  27.65 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  26.53 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.38 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.23 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  27.22 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4566  transcriptional regulator, LacI family  26.41 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  27.14 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  28.57 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  26.2 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0909  LacI family transcription regulator  25.81 
 
 		 338 aa  109  5e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  27.46 
 
 		 332 aa  110  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  26.79 
 
 		 339 aa  109  7.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  27.3 
 
 		 338 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  26.73 
 
 		 343 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 		 338 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2467  LacI family transcription regulator  26.69 
 
 		 351 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000453597  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 358 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3319  transcriptional regulator, LacI family  27.22 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.419074  normal  0.0675752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>