More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_01740 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_01740  transcriptional regulator  100 
 
 		 355 aa  692    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.42091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  46.04 
 
 		 348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  47.55 
 
 		 351 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  44.61 
 
 		 363 aa  252  8.000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0627  transcriptional regulator, LacI family  42.69 
 
 		 350 aa  246  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.958953 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0417  LacI family transcription regulator  40.17 
 
 		 354 aa  235  7e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0742  LacI family transcription regulator  42.98 
 
 		 342 aa  230  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.13843  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2164  LacI family transcription regulator  44.22 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3955  transcriptional regulator, LacI family  40.36 
 
 		 364 aa  209  6e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.337972  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5149  transcriptional regulator, LacI family  37.64 
 
 		 346 aa  208  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  41.64 
 
 		 340 aa  207  2e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.95 
 
 		 341 aa  206  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  38.28 
 
 		 330 aa  186  6e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0306  LacI family transcription regulator  37.17 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22460  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.912929  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.85 
 
 		 336 aa  169  7e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.65 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  31.09 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.09 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  33.33 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  33.02 
 
 		 332 aa  156  6e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 345 aa  155  9e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 351 aa  155  9e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.01 
 
 		 334 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.85 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 343 aa  152  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.85 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.5 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  31.05 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 343 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 335 aa  152  8e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.01 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  32.86 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.84 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  36.52 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.35 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.86 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.24 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.92 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.01 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  37.11 
 
 		 348 aa  149  8e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 330 aa  149  9e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.36 
 
 		 337 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  30.16 
 
 		 386 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  30.31 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.11 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  34.4 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  34.5 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  30.41 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.67 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.09 
 
 		 340 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.43 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.21 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  33.06 
 
 		 349 aa  146  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.99 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.34 
 
 		 346 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  30.7 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  32.46 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.63 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  30.41 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  32.57 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.49 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  30.12 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.21 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  30.12 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1532  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.62 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.167364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  30.12 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.14 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.66 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.66 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  30.41 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 346 aa  143  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  30.12 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  30.12 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  34.98 
 
 		 343 aa  143  5e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  29.23 
 
 		 342 aa  142  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.9 
 
 		 348 aa  142  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 341 aa  142  8e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.7 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 337 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.99 
 
 		 336 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 344 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 336 aa  141  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.17 
 
 		 325 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>