More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2164 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2164  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 347 aa  683    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1532  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  88.5 
 
 		 317 aa  465  9.999999999999999e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.167364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  52.79 
 
 		 363 aa  298  7e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  50.43 
 
 		 348 aa  269  5e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  48.13 
 
 		 351 aa  249  5e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5149  transcriptional regulator, LacI family  46.65 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3955  transcriptional regulator, LacI family  44.9 
 
 		 364 aa  230  2e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.337972  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0627  transcriptional regulator, LacI family  41.21 
 
 		 350 aa  217  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.958953 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0417  LacI family transcription regulator  40.11 
 
 		 354 aa  214  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  42.86 
 
 		 330 aa  213  3.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01740  transcriptional regulator  44.22 
 
 		 355 aa  209  4e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.42091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  42.63 
 
 		 340 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  37.97 
 
 		 336 aa  192  8e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.55 
 
 		 341 aa  190  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0742  LacI family transcription regulator  40.23 
 
 		 342 aa  189  8e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.13843  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  38.26 
 
 		 337 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 		 344 aa  182  9.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  38.44 
 
 		 353 aa  182  9.000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  37.82 
 
 		 339 aa  179  8e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0306  LacI family transcription regulator  38.59 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.4 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  36.72 
 
 		 351 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  37.28 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  34.09 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  34.09 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  33.81 
 
 		 332 aa  165  9e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  33.81 
 
 		 332 aa  165  9e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.81 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  33.81 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.76 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22460  transcriptional regulator  41.12 
 
 		 339 aa  164  3e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.912929  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  33.52 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  33.52 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  33.52 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.24 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 342 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.52 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.28 
 
 		 330 aa  161  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  34.06 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  36.94 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  33.75 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 335 aa  159  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.7 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  35.74 
 
 		 361 aa  157  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  34.07 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.8 
 
 		 337 aa  156  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 330 aa  155  7e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.11 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  35.11 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.11 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.11 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  35.11 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.11 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.11 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.11 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.44 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  34.32 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 337 aa  153  5e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 		 335 aa  152  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.67 
 
 		 331 aa  152  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.9 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  36.18 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.85 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  34.18 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.66 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 		 355 aa  151  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.07 
 
 		 335 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.81 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.65 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.72 
 
 		 328 aa  149  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  34.18 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  37.32 
 
 		 332 aa  149  9e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 		 336 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  35.07 
 
 		 340 aa  149  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.8 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.8 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.8 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.8 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.8 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  34.3 
 
 		 337 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  31.9 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.08 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.86 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  33.91 
 
 		 352 aa  146  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  33.23 
 
 		 334 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  33.81 
 
 		 358 aa  145  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.84 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  31.21 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  35.21 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  35.34 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.28 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>