More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0606 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0606  50S ribosomal protein L13  100 
 
 		 143 aa  290  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.43755e-16  hitchhiker  0.00414003 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2876  50S ribosomal protein L13  94.41 
 
 		 143 aa  277  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000282289  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1049  50S ribosomal protein L13  82.52 
 
 		 143 aa  253  8e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000177368  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3349  50S ribosomal protein L13  79.29 
 
 		 142 aa  237  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.084598 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0912  50S ribosomal protein L13  79.29 
 
 		 142 aa  237  4e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482809  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3191  50S ribosomal protein L13  77.14 
 
 		 142 aa  233  8e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000050014  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3086  50S ribosomal protein L13  77.14 
 
 		 142 aa  231  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000435691  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1900  50S ribosomal protein L13  68.79 
 
 		 142 aa  209  9e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.03474e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  68.57 
 
 		 142 aa  197  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  67.14 
 
 		 142 aa  193  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  192  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  60.71 
 
 		 144 aa  192  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  192  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  192  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  65 
 
 		 142 aa  190  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  190  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3294  50S ribosomal protein L13  65.03 
 
 		 143 aa  190  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000182384  hitchhiker  0.00115677 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  190  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  190  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  190  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0904  50S ribosomal protein L13  64.29 
 
 		 142 aa  190  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.222508  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  189  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  189  9e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000152627  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0747  50S ribosomal protein L13  64.34 
 
 		 143 aa  188  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000197035  normal  0.0408198 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  66.43 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111952  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3164  50S ribosomal protein L13  64.34 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0732563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000158843  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  63.45 
 
 		 145 aa  188  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0946  50S ribosomal protein L13  64.79 
 
 		 145 aa  188  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000305629  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  65 
 
 		 142 aa  189  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4222  50S ribosomal protein L13  64.34 
 
 		 143 aa  187  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000936521  hitchhiker  0.00032903 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000128707  hitchhiker  0.00000918521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000445483  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  65.71 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  64.34 
 
 		 142 aa  187  5e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  65.03 
 
 		 142 aa  186  9e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000267326  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  65 
 
 		 142 aa  186  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000892865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3595  50S ribosomal protein L13  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000249881  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  63.57 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  63.64 
 
 		 142 aa  184  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  60.71 
 
 		 142 aa  184  4e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  64.29 
 
 		 144 aa  184  5e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1232  50S ribosomal protein L13  63.64 
 
 		 142 aa  184  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229053  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  64.29 
 
 		 144 aa  183  6e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4443  50S ribosomal protein L13  62.86 
 
 		 142 aa  183  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  60.28 
 
 		 142 aa  183  7e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1014  50S ribosomal protein L13  63.57 
 
 		 142 aa  183  9e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00728449  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0229  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 		 143 aa  182  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000356517  normal  0.82089 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3996  50S ribosomal protein L13  58.27 
 
 		 146 aa  182  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000540909 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04440  50S ribosomal protein L13  60.71 
 
 		 150 aa  182  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.913726  normal  0.278676 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1346  50S ribosomal protein L13  60.84 
 
 		 149 aa  182  1.0000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000278561  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1340  50S ribosomal protein L13  60.84 
 
 		 149 aa  182  1.0000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100491  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  62.94 
 
 		 142 aa  181  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  61.43 
 
 		 142 aa  181  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0901  50S ribosomal protein L13  61.59 
 
 		 143 aa  181  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000118039  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  62.86 
 
 		 142 aa  181  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123224  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1155  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 		 146 aa  181  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.291819  normal  0.013183 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2664  50S ribosomal protein L13  62.14 
 
 		 142 aa  180  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000266621  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4943  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 144 aa  180  6e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  61.43 
 
 		 142 aa  180  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2564  50S ribosomal protein L13  60.71 
 
 		 161 aa  180  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000007734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1528  ribosomal protein L13  60.14 
 
 		 145 aa  180  6e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000350375  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  62.14 
 
 		 142 aa  180  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000271958  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5158  ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 149 aa  180  7e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.282835 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  62.14 
 
 		 142 aa  179  8.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0561  50S ribosomal protein L13  60.84 
 
 		 144 aa  179  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000199102  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2994  50S ribosomal protein L13  60.61 
 
 		 143 aa  178  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.348957  hitchhiker  0.00829551 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  62.14 
 
 		 142 aa  178  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3157  50S ribosomal protein L13  61.54 
 
 		 142 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386051 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  61.43 
 
 		 142 aa  177  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0922  50S ribosomal protein L13  61.76 
 
 		 147 aa  177  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0599  50S ribosomal protein L13  58.09 
 
 		 147 aa  177  4e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal  0.447745 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23291  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 150 aa  177  4e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3354  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000156516  hitchhiker  0.0000450928 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1032  50S ribosomal protein L13  57.34 
 
 		 163 aa  177  4.999999999999999e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.108398  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0607  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000615689  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3421  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378048  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2704  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 176 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.191056  normal  0.974545 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3711  50S ribosomal protein L13  58.16 
 
 		 142 aa  177  5.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.145139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1233  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018745  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3414  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000814026  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3378  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000357129  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1115  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2341  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0453  50S ribosomal protein L13  62.14 
 
 		 148 aa  176  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0286772  normal  0.569665 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  60.71 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2519  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4027  ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 149 aa  176  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.240454 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0341  50S ribosomal protein L13  60.9 
 
 		 147 aa  176  7e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0522563  hitchhiker  0.00384234 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0253  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.799965  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0599  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 176 aa  176  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000510805  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0646  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 142 aa  176  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000032865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0196  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 142 aa  176  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.128257  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0679  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 142 aa  176  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000098694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>