46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2106 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_3100  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.54 
 
 		 554 aa  691    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  68.11 
 
 		 554 aa  747    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2112  PfaD family protein  96.93 
 
 		 554 aa  1075    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2266  PfaD family protein  69.21 
 
 		 477 aa  657    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2106  PfaD family protein  100 
 
 		 554 aa  1132    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1675  PfaD family protein  52.24 
 
 		 557 aa  551  1e-155  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.752172  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1420  PfaD family protein  57.58 
 
 		 545 aa  545  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2910  PfaD family protein  57.51 
 
 		 542 aa  544  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3205  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.14 
 
 		 541 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0463  PfaD family protein  55.08 
 
 		 542 aa  536  1e-151  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.780857  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1218  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.4 
 
 		 542 aa  531  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2668  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.56 
 
 		 545 aa  525  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2630  hypothetical protein  51.83 
 
 		 542 aa  520  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1422  PfaD family protein  48.46 
 
 		 548 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1450  PfaD family protein  53.7 
 
 		 548 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1323  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.66 
 
 		 552 aa  512  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.596001  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1416  PfaD family protein  53.7 
 
 		 548 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1112  omega-3 polyunsaturated fatty acid synthase PfaD  55.49 
 
 		 537 aa  513  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2932  PfaD family protein  53.49 
 
 		 548 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.266003  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3099  polyunsaturated fatty acid synthase PfaD  48.94 
 
 		 532 aa  513  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1597  hypothetical protein  48.81 
 
 		 547 aa  512  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2736  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.28 
 
 		 550 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2669  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.28 
 
 		 550 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2843  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.1 
 
 		 548 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1687  polyunsaturated fatty acid synthase PfaD  48.47 
 
 		 531 aa  504  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4451  PfaD family protein  45.42 
 
 		 549 aa  490  1e-137  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.898677  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2594  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.9 
 
 		 552 aa  488  1e-136  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4751  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.08 
 
 		 525 aa  474  1e-132  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4239  PfaD family protein  52.78 
 
 		 539 aa  468  9.999999999999999e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.354626  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3913  PfaD family protein  45.91 
 
 		 556 aa  464  1e-129  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0687  peptidase M22, glycoprotease  45.79 
 
 		 530 aa  452  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000276719 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5626  hypothetical protein  47.9 
 
 		 526 aa  438  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2929  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.91 
 
 		 553 aa  434  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0103438  normal  0.46056 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3952  PfaD family protein  49.34 
 
 		 550 aa  420  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0190583  normal  0.0375057 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3105  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  45.23 
 
 		 764 aa  395  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0854  PfaD family protein  41.34 
 
 		 803 aa  377  1e-103  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.111662  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1432  PfaD family protein  41.38 
 
 		 481 aa  372  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2587  PfaD family protein  43.91 
 
 		 865 aa  371  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1675  MmpIII  42.48 
 
 		 1154 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.257093  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5305  PfaD family protein  37.59 
 
 		 790 aa  301  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.108741 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1855  2-nitropropane dioxygenase, NPD  24.54 
 
 		 327 aa  46.6  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.798128  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4328  putative 2-nitropropane dioxygenase  35.06 
 
 		 368 aa  44.3  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4936  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.87 
 
 		 492 aa  44.3  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.121654 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  23.64 
 
 		 323 aa  43.9  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.77 
 
 		 331 aa  43.9  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.74 
 
 		 323 aa  43.9  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>