244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3872 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3872  hypothetical protein  100 
 
 		 493 aa  967    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1093  protein of unknown function DUF195  56.75 
 
 		 501 aa  384  1e-105  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.193289  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26410  hypothetical protein  51.34 
 
 		 434 aa  379  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0823467  normal  0.277767 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0130  protein of unknown function DUF195  54.01 
 
 		 474 aa  377  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8478  hypothetical protein  52.08 
 
 		 434 aa  374  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1860  hypothetical protein  50.92 
 
 		 448 aa  374  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3063  hypothetical protein  54.86 
 
 		 443 aa  373  1e-102  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0971  protein of unknown function DUF195  54.21 
 
 		 479 aa  357  2.9999999999999997e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.766165  hitchhiker  0.000421648 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1920  hypothetical protein  46.7 
 
 		 525 aa  356  3.9999999999999996e-97  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0785962  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0527  hypothetical protein  51.71 
 
 		 428 aa  354  2e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.946618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1406  hypothetical protein  41.23 
 
 		 459 aa  348  1e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0324522 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0571  hypothetical protein  45.1 
 
 		 503 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0053  protein of unknown function DUF195  44.26 
 
 		 531 aa  342  8e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.783995  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8270  protein of unknown function DUF195  50.28 
 
 		 366 aa  338  1.9999999999999998e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1288  hypothetical protein  46.58 
 
 		 554 aa  337  2.9999999999999997e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.624866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2859  protein of unknown function DUF195  44.83 
 
 		 512 aa  334  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3259  DNA recombination protein RmuC, putative  44.83 
 
 		 486 aa  334  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1103  protein of unknown function DUF195  42.44 
 
 		 523 aa  332  7.000000000000001e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.813753 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0132  hypothetical protein  40.37 
 
 		 545 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0942  protein of unknown function DUF195  43.85 
 
 		 494 aa  320  3e-86  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1528  hypothetical protein  38.83 
 
 		 417 aa  320  3e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3209  hypothetical protein  41.64 
 
 		 456 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000788974  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1078  hypothetical protein  48.82 
 
 		 374 aa  311  2e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5536  hypothetical protein  49.21 
 
 		 378 aa  310  5e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.183542 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0882  hypothetical protein  53.53 
 
 		 386 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3697  protein of unknown function DUF195  48.92 
 
 		 364 aa  305  1.0000000000000001e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.111371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2404  hypothetical protein  42.42 
 
 		 462 aa  303  6.000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1509  protein of unknown function DUF195  43.41 
 
 		 442 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.613289  normal  0.015225 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0178  protein of unknown function DUF195  41.09 
 
 		 417 aa  298  2e-79  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.309141 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4385  protein of unknown function DUF195  51.46 
 
 		 398 aa  296  4e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0251  hypothetical protein  34.37 
 
 		 443 aa  290  5.0000000000000004e-77  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0827  hypothetical protein  50.73 
 
 		 403 aa  288  1e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.208315  normal  0.172585 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5568  protein of unknown function DUF195  35.27 
 
 		 473 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110134  normal  0.0896714 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0396  hypothetical protein  40.65 
 
 		 402 aa  281  2e-74  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213037 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1010  protein of unknown function DUF195  47 
 
 		 387 aa  269  1e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2547  protein of unknown function DUF195  42.63 
 
 		 428 aa  264  3e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000236422 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2055  hypothetical protein  40.58 
 
 		 451 aa  258  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.655381  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3397  protein of unknown function DUF195  45.81 
 
 		 391 aa  256  7e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.648521  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22950  hypothetical protein  46.08 
 
 		 399 aa  246  9e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0232  hypothetical protein  37.76 
 
 		 445 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.169599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0097  RmuC domain protein  42.01 
 
 		 446 aa  242  1e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.186787 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16280  hypothetical protein  45.06 
 
 		 419 aa  242  1e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3111  protein of unknown function DUF195  48.11 
 
 		 361 aa  241  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294839  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2832  hypothetical protein  42.31 
 
 		 403 aa  237  3e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20260  hypothetical protein  44.12 
 
 		 390 aa  236  5.0000000000000005e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.140887  normal  0.2743 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4571  hypothetical protein  38.86 
 
 		 431 aa  233  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1210  hypothetical protein  36.95 
 
 		 467 aa  227  4e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2898  hypothetical protein  32.54 
 
 		 504 aa  226  5.0000000000000005e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0212  hypothetical protein  33.95 
 
 		 425 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.828645  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0691  hypothetical protein  28.95 
 
 		 532 aa  197  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12181  hypothetical protein  27.66 
 
 		 531 aa  186  8e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.282455  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2954  hypothetical protein  30.43 
 
 		 500 aa  167  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.652449  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2040  hypothetical protein  27.73 
 
 		 548 aa  160  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.706062  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1614  DNA recombination protein rmuC  26.85 
 
 		 535 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1087  hypothetical protein  25.68 
 
 		 630 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0751  RmuC domain-containing protein  30.18 
 
 		 510 aa  150  4e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12808  DNA recombination protein RmuC  23.83 
 
 		 470 aa  150  5e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0646  hypothetical protein  24.56 
 
 		 480 aa  150  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.932654  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0140  hypothetical protein  25.23 
 
 		 407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4070  hypothetical protein  29.95 
 
 		 504 aa  148  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.73657 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2620  hypothetical protein  26.08 
 
 		 498 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.27226  normal  0.225065 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1659  hypothetical protein  29.07 
 
 		 492 aa  147  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000440717  decreased coverage  0.00162326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3666  hypothetical protein  28.99 
 
 		 492 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000475221  normal  0.0538787 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03725  predicted recombination limiting protein  26.35 
 
 		 475 aa  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03674  hypothetical protein  26.35 
 
 		 475 aa  145  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0133  hypothetical protein  28.35 
 
 		 424 aa  145  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273434  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2346  hypothetical protein  24.31 
 
 		 522 aa  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4176  DNA recombination protein RmuC  25.77 
 
 		 475 aa  144  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0130671 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2033  RmuC domain-containing protein  28.99 
 
 		 530 aa  144  5e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4215  DNA recombination protein RmuC  25.77 
 
 		 475 aa  144  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178154 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4147  protein of unknown function DUF195  25.77 
 
 		 475 aa  143  6e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4177  DNA recombination protein RmuC  27.56 
 
 		 476 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.608265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4356  DNA recombination protein RmuC  27.56 
 
 		 476 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4056  DNA recombination protein RmuC  25.77 
 
 		 475 aa  143  6e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1980  hypothetical protein  26.55 
 
 		 515 aa  143  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.981976 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4353  DNA recombination protein RmuC  25.77 
 
 		 475 aa  143  6e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4296  DNA recombination protein RmuC  27.56 
 
 		 476 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4200  DNA recombination protein RmuC  27.56 
 
 		 476 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5273  DNA recombination protein RmuC  25.77 
 
 		 475 aa  143  6e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.244142  normal  0.243215 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4249  DNA recombination protein RmuC  27.56 
 
 		 476 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0614  hypothetical protein  28.49 
 
 		 640 aa  143  7e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286081 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4304  DNA recombination protein RmuC  25.53 
 
 		 475 aa  143  8e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2422  hypothetical protein  23.44 
 
 		 639 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3961  DNA recombination protein RmuC  26.71 
 
 		 485 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0880517 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0145  protein of unknown function DUF195  28.24 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000549267  normal  0.154744 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4351  RmuC domain-containing protein family  29 
 
 		 491 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00339657  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1724  hypothetical protein  30.67 
 
 		 492 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000410334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51000  hypothetical protein  28.44 
 
 		 453 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000148678  hitchhiker  0.000000161097 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4248  protein of unknown function DUF195  26.14 
 
 		 518 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1249  hypothetical protein  31.47 
 
 		 495 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0088018  normal  0.121564 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001928  DNA recombination protein RmuC  26.95 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2414  hypothetical protein  26.68 
 
 		 507 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2995  DNA recombination protein RumC  26.04 
 
 		 506 aa  137  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1291  hypothetical protein  32.3 
 
 		 495 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719972  normal  0.7676 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1623  putative alpha helix chain  26.75 
 
 		 462 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.577151  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2104  hypothetical protein  25.96 
 
 		 518 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.607769  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0083  hypothetical protein  24.52 
 
 		 453 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.884602 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4057  hypothetical protein  25.85 
 
 		 520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00561  hypothetical protein  26.05 
 
 		 510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1481  protein of unknown function DUF195  28.93 
 
 		 435 aa  134  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0981784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>