203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1980 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2414  hypothetical protein  71.71 
 
 		 507 aa  745    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2041  hypothetical protein  70.64 
 
 		 537 aa  712    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1980  hypothetical protein  100 
 
 		 515 aa  1054    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.981976 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2284  protein of unknown function DUF195  70.84 
 
 		 519 aa  715    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0239912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2346  hypothetical protein  68.71 
 
 		 522 aa  701    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2110  hypothetical protein  71.66 
 
 		 521 aa  719    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.664501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1864  hypothetical protein  71.66 
 
 		 521 aa  719    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.940274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2528  hypothetical protein  67.01 
 
 		 498 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2235  hypothetical protein  71.46 
 
 		 521 aa  719    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0248668  normal  0.25441 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1894  hypothetical protein  62.86 
 
 		 520 aa  641    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4558  hypothetical protein  70.64 
 
 		 519 aa  714    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2272  hypothetical protein  70.64 
 
 		 519 aa  714    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.86353  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2124  hypothetical protein  70.48 
 
 		 491 aa  709    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2104  hypothetical protein  70.18 
 
 		 518 aa  716    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.607769  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2101  hypothetical protein  70.84 
 
 		 519 aa  715    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2054  hypothetical protein  70.18 
 
 		 518 aa  716    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0154477  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2620  hypothetical protein  80.52 
 
 		 498 aa  815    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.27226  normal  0.225065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1629  hypothetical protein  50.21 
 
 		 518 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.158753  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2995  DNA recombination protein RumC  57.95 
 
 		 506 aa  452  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01951  RmuC  51.9 
 
 		 429 aa  454  1.0000000000000001e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.537829  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00561  hypothetical protein  50.76 
 
 		 510 aa  450  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001928  DNA recombination protein RmuC  48.65 
 
 		 510 aa  443  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4248  protein of unknown function DUF195  53.73 
 
 		 518 aa  438  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2433  hypothetical protein  50.11 
 
 		 513 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4057  hypothetical protein  55.56 
 
 		 520 aa  435  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0247  hypothetical protein  49.55 
 
 		 515 aa  433  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.131005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03725  predicted recombination limiting protein  54.72 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4147  protein of unknown function DUF195  54.72 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03674  hypothetical protein  54.72 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4215  DNA recombination protein RmuC  54.44 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4304  DNA recombination protein RmuC  54.72 
 
 		 475 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4353  DNA recombination protein RmuC  54.72 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3642  RmuC domain-containing protein  50.71 
 
 		 501 aa  427  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4056  DNA recombination protein RmuC  54.72 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5273  DNA recombination protein RmuC  54.72 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.244142  normal  0.243215 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0270  RmuC domain-containing protein  50.71 
 
 		 501 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.557179  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4176  DNA recombination protein RmuC  54.44 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0130671 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3946  hypothetical protein  50.71 
 
 		 501 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.737654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4356  DNA recombination protein RmuC  54.6 
 
 		 476 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4177  DNA recombination protein RmuC  54.6 
 
 		 476 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.608265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4296  DNA recombination protein RmuC  54.6 
 
 		 476 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4200  DNA recombination protein RmuC  54.6 
 
 		 476 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4249  DNA recombination protein RmuC  54.6 
 
 		 476 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3961  DNA recombination protein RmuC  54.72 
 
 		 485 aa  424  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0880517 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3916  protein of unknown function DUF195  51.43 
 
 		 513 aa  421  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.705842  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3764  protein of unknown function DUF195  50.57 
 
 		 501 aa  418  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0018  RmuC domain-containing protein  47.2 
 
 		 494 aa  385  1e-106  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0083  hypothetical protein  48.3 
 
 		 453 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.884602 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2040  hypothetical protein  41.33 
 
 		 548 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.706062  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1623  putative alpha helix chain  45.45 
 
 		 462 aa  377  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.577151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51000  hypothetical protein  48.89 
 
 		 453 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000148678  hitchhiker  0.000000161097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4351  RmuC domain-containing protein family  48.75 
 
 		 491 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00339657  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1724  hypothetical protein  47.44 
 
 		 492 aa  362  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000410334  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1659  hypothetical protein  46.36 
 
 		 492 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000440717  decreased coverage  0.00162326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3666  hypothetical protein  46.9 
 
 		 492 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000475221  normal  0.0538787 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1321  hypothetical protein  42.13 
 
 		 427 aa  351  2e-95  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1249  hypothetical protein  45.53 
 
 		 495 aa  349  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0088018  normal  0.121564 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1694  hypothetical protein  46.01 
 
 		 495 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.141195  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4026  hypothetical protein  46.36 
 
 		 495 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000512387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0614  hypothetical protein  47.28 
 
 		 640 aa  347  3e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286081 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0133  hypothetical protein  44.56 
 
 		 424 aa  347  3e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273434  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0145  protein of unknown function DUF195  45.11 
 
 		 420 aa  347  4e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000549267  normal  0.154744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1291  hypothetical protein  46.36 
 
 		 495 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719972  normal  0.7676 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2954  hypothetical protein  40.18 
 
 		 500 aa  344  2e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.652449  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3332  hypothetical protein  47.46 
 
 		 491 aa  334  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000142299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2890  hypothetical protein  44.73 
 
 		 437 aa  333  5e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.18912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0140  hypothetical protein  41.9 
 
 		 407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1614  hypothetical protein  43.77 
 
 		 494 aa  320  3.9999999999999996e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0228591  normal  0.73372 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0068  hypothetical protein  42.39 
 
 		 457 aa  313  4.999999999999999e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.243757  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0015  protein of unknown function DUF195  44.44 
 
 		 448 aa  309  9e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.567486  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12808  DNA recombination protein RmuC  40.66 
 
 		 470 aa  305  2.0000000000000002e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2422  hypothetical protein  34.8 
 
 		 639 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1481  protein of unknown function DUF195  37.64 
 
 		 435 aa  295  2e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0981784  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4070  hypothetical protein  39.73 
 
 		 504 aa  294  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.73657 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0646  hypothetical protein  35.51 
 
 		 480 aa  292  9e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.932654  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1370  protein of unknown function DUF195  36.8 
 
 		 430 aa  291  2e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1614  DNA recombination protein rmuC  37.28 
 
 		 535 aa  289  8e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0441  hypothetical protein  38.69 
 
 		 527 aa  289  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.870826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1053  hypothetical protein  40.06 
 
 		 437 aa  288  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0447  hypothetical protein  40.73 
 
 		 437 aa  281  2e-74  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0432711  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2033  RmuC domain-containing protein  37.74 
 
 		 530 aa  279  7e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0577  RmuC family protein  40.43 
 
 		 397 aa  276  6e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0986  hypothetical protein  35.45 
 
 		 403 aa  272  1e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0412766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1035  protein of unknown function DUF195  39.04 
 
 		 612 aa  266  5e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000597215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1094  hypothetical protein  35.43 
 
 		 428 aa  259  6e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.437038  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1087  hypothetical protein  34.47 
 
 		 630 aa  256  8e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0237  hypothetical protein  36.34 
 
 		 626 aa  250  5e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0705649  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0751  RmuC domain-containing protein  31.73 
 
 		 510 aa  247  4e-64  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0033  RmuC domain-containing protein  36.06 
 
 		 432 aa  236  1.0000000000000001e-60  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0125  RmuC domain-containing protein  35.19 
 
 		 408 aa  236  1.0000000000000001e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.63126  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1422  protein of unknown function DUF195  34.62 
 
 		 428 aa  229  9e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2898  hypothetical protein  36.14 
 
 		 504 aa  197  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1026  RmuC family protein  31.65 
 
 		 435 aa  191  2e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000225596  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2055  hypothetical protein  31.96 
 
 		 451 aa  173  7.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.655381  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0232  hypothetical protein  29.16 
 
 		 445 aa  172  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.169599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0571  hypothetical protein  25.66 
 
 		 503 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0053  protein of unknown function DUF195  28.27 
 
 		 531 aa  160  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.783995  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0942  protein of unknown function DUF195  27.53 
 
 		 494 aa  160  6e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1860  hypothetical protein  28.76 
 
 		 448 aa  160  6e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1993  protein of unknown function DUF195  30.43 
 
 		 479 aa  160  7e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>