More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1401 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1401  ABC transporter related  100 
 
 		 252 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  0.617202 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1514  ABC transporter related  83.67 
 
 		 251 aa  434  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.168064  normal  0.658577 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1384  ABC transporter related  77.11 
 
 		 252 aa  388  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0904717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3132  ABC transporter related  59.68 
 
 		 256 aa  287  9e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0678345  normal  0.466722 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2762  ABC transporter related  59.27 
 
 		 256 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1947  ABC transporter related  58.87 
 
 		 256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.316948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3715  ABC transporter related  58.87 
 
 		 256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.231207  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3827  ABC transporter related  59.27 
 
 		 256 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  44.49 
 
 		 264 aa  218  7.999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  40.8 
 
 		 255 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  40.8 
 
 		 255 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  40.8 
 
 		 255 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  40.8 
 
 		 255 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  41.73 
 
 		 265 aa  208  7e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.2 
 
 		 255 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.6 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.6 
 
 		 255 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.04 
 
 		 255 aa  203  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.2 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.2 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0614  ABC transporter related  41.6 
 
 		 259 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.2 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.2 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0989  ABC transporter related  41.7 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000217247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  39.6 
 
 		 255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  39.6 
 
 		 255 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1049  ABC transporter related  39.92 
 
 		 254 aa  198  6e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2314  ABC transporter related  41.13 
 
 		 249 aa  198  7e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  39.44 
 
 		 255 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3848  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  39.44 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4208  ABC transporter related  41.37 
 
 		 246 aa  196  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.154178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1176  ABC transporter related  41.46 
 
 		 252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0935  ABC transporter related  40.32 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000526687  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5860  ABC transporter related  41.56 
 
 		 272 aa  196  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0731407 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3457  ABC transporter related  39.11 
 
 		 254 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  40.4 
 
 		 255 aa  194  8.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4998  ABC transporter related  40.41 
 
 		 250 aa  194  9e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.101708  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0027  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.32 
 
 		 250 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1068  ABC transporter related  38.8 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.711539  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1860  ABC transporter related  39.37 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.180905  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1753  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  39.27 
 
 		 266 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.50264  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3003  ABC transporter related  40.8 
 
 		 271 aa  193  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.727934  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4062  ABC transporter related  39.92 
 
 		 259 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.243406 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0024  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  39.92 
 
 		 250 aa  192  5e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4567  ABC transporter related  38.31 
 
 		 249 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.129201  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0107  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.8 
 
 		 256 aa  191  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3392  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  39.3 
 
 		 256 aa  191  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6490  ABC transporter related  42.15 
 
 		 244 aa  191  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.65 
 
 		 255 aa  191  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0185  ABC transporter related  39.52 
 
 		 268 aa  191  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0268  ABC transporter related  40.08 
 
 		 265 aa  191  8e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00395976  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2305  ABC transporter related protein  39.52 
 
 		 251 aa  191  9e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0475  ABC transporter related  40.71 
 
 		 256 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0261  ATPase  39.68 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4170  ABC transporter related  37.9 
 
 		 253 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1577  ABC transporter related  38.71 
 
 		 249 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  41.27 
 
 		 259 aa  190  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2058  ABC transporter related  39.36 
 
 		 257 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1859  ABC transporter-related protein  40.49 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.200968 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0196  ABC transporter related  39.27 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2928  ABC transporter related  41.87 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3338  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  37.8 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2246  ABC transporter ATP-binding protein  39.36 
 
 		 257 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.423117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0101  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.4 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2451  ABC transporter related  39.36 
 
 		 257 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0860  ABC transporter related  40.08 
 
 		 536 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.473738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.8 
 
 		 255 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2737  ABC transporter related  36.76 
 
 		 268 aa  188  5.999999999999999e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4056  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.8 
 
 		 256 aa  188  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  39.61 
 
 		 257 aa  188  7e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  38.62 
 
 		 625 aa  188  8e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  38.98 
 
 		 254 aa  188  8e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2394  ABC transporter related  37.45 
 
 		 262 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2653  ABC transporter-like protein  41.13 
 
 		 268 aa  187  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000291563  hitchhiker  0.00412304 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1945  ABC transporter related protein  39.69 
 
 		 257 aa  187  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  37.7 
 
 		 270 aa  187  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0799  ABC transporter related  40.16 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.595603 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1163  ABC transporter related  38.58 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3909  ABC transporter related  40.24 
 
 		 265 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  40.08 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1571  ABC transporter related  37.5 
 
 		 249 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.98621  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2753  ABC transporter related  39.84 
 
 		 255 aa  186  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3796  ABC transporter related  40.24 
 
 		 265 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.477228  normal  0.17284 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2553  ABC transporter related  38.19 
 
 		 255 aa  186  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0732  ABC transporter related  39.27 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1583  ABC transporter related  38.55 
 
 		 240 aa  186  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3869  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  37.6 
 
 		 256 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2251  ABC transporter related  39.44 
 
 		 255 aa  186  4e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0273  ABC transporter related  39.04 
 
 		 253 aa  186  5e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197534  normal  0.787309 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2726  ABC transporter related  38.98 
 
 		 258 aa  185  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0837  ABC transporter related  39.61 
 
 		 255 aa  185  5e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1402  ABC transporter related  39.27 
 
 		 257 aa  185  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>