More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1514 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1514  ABC transporter related  100 
 
 
251 aa  513  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.168064  normal  0.658577 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1401  ABC transporter related  83.67 
 
 
252 aa  434  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  0.617202 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1384  ABC transporter related  72.29 
 
 
252 aa  368  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0904717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3132  ABC transporter related  60.32 
 
 
256 aa  291  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0678345  normal  0.466722 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2762  ABC transporter related  59.92 
 
 
256 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3715  ABC transporter related  59.92 
 
 
256 aa  289  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.231207  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1947  ABC transporter related  59.51 
 
 
256 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.316948  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3827  ABC transporter related  59.51 
 
 
256 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  43.31 
 
 
264 aa  216  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  41.73 
 
 
265 aa  212  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1176  ABC transporter related  42.68 
 
 
252 aa  206  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1753  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  40.89 
 
 
266 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.50264  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1859  ABC transporter-related protein  41.7 
 
 
259 aa  205  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.200968 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1049  ABC transporter related  41.13 
 
 
254 aa  204  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1402  ABC transporter related  41.3 
 
 
257 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0027  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.96 
 
 
250 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3457  ABC transporter related  40.73 
 
 
254 aa  201  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1860  ABC transporter related  42.31 
 
 
259 aa  201  9.999999999999999e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.180905  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0935  ABC transporter related  40.78 
 
 
259 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000526687  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0024  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.56 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2931  ABC transporter-related protein  42.04 
 
 
264 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.409418  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.98 
 
 
255 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1451  ABC transporter related  40.08 
 
 
266 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0342777  hitchhiker  0.000812004 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1492  ABC transporter related  40.08 
 
 
262 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221725  normal  0.375358 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.98 
 
 
255 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  40.8 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  39.37 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.98 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2314  ABC transporter related  40.89 
 
 
249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5860  ABC transporter related  42.68 
 
 
272 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0731407 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4170  ABC transporter related  40.08 
 
 
253 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4567  ABC transporter related  39.6 
 
 
249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.129201  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  39.44 
 
 
255 aa  196  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1577  ABC transporter related  39.6 
 
 
249 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0614  ABC transporter related  40.64 
 
 
259 aa  195  7e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1068  ABC transporter related  40.64 
 
 
273 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.711539  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3338  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.58 
 
 
251 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2305  ABC transporter related protein  40.32 
 
 
251 aa  193  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2653  ABC transporter-like protein  40.89 
 
 
268 aa  191  7e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000291563  hitchhiker  0.00412304 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  40.41 
 
 
632 aa  191  9e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4062  ABC transporter related  39.92 
 
 
259 aa  191  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.243406 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1820  ABC transporter related protein  40.73 
 
 
252 aa  191  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.257202  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1571  ABC transporter related  37.9 
 
 
249 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.98621  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.8 
 
 
255 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.8 
 
 
255 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2927  ABC transporter related  39.68 
 
 
258 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0722568  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2988  ABC transporter related  40.49 
 
 
250 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal  0.759622 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  40.55 
 
 
254 aa  190  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  38.4 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4328  ABC transporter related  39.11 
 
 
269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.233197  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0268  ABC transporter related  40.55 
 
 
265 aa  189  2.9999999999999997e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00395976  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3848  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.4 
 
 
255 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319236  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4208  ABC transporter related  40.64 
 
 
246 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.154178  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3392  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.15 
 
 
256 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3003  ABC transporter related  39.76 
 
 
271 aa  188  5e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.727934  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  42.08 
 
 
257 aa  189  5e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2737  ABC transporter related  37.55 
 
 
268 aa  188  5.999999999999999e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0185  ABC transporter related  38.71 
 
 
268 aa  188  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  39.6 
 
 
259 aa  188  8e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4413  ABC transporter related  41.04 
 
 
271 aa  188  8e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1576  ABC transporter related  39.44 
 
 
250 aa  187  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2022  ABC transporter related  39.84 
 
 
260 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0830509  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6490  ABC transporter related  40.66 
 
 
244 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1682  ABC transporter related  39.84 
 
 
260 aa  187  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0839  ABC transporter related  40.8 
 
 
246 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1163  ABC transporter related  41.11 
 
 
255 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4998  ABC transporter related  39.18 
 
 
250 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.101708  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5827  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  42.8 
 
 
258 aa  186  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.467339  normal  0.146478 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  38.13 
 
 
270 aa  186  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2028  ABC transporter related  42.46 
 
 
252 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.480224  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0196  ABC transporter related  39.68 
 
 
251 aa  186  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5164  ABC transporter related  41.53 
 
 
256 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0799  ABC transporter related  42.4 
 
 
258 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.595603 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.4 
 
 
255 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3909  ABC transporter related  43.03 
 
 
265 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804783  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0475  ABC transporter related  38.82 
 
 
256 aa  186  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2553  ABC transporter related  39.76 
 
 
255 aa  186  3e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3796  ABC transporter related  43.03 
 
 
265 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.477228  normal  0.17284 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1563  ABC transporter related protein  40.32 
 
 
259 aa  186  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1794  ABC transporter related  39.36 
 
 
269 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.4 
 
 
255 aa  185  6e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38 
 
 
255 aa  185  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  39.23 
 
 
261 aa  185  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0860  ABC transporter related  39.68 
 
 
536 aa  184  8e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.473738  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0006  ABC transporter related  41.46 
 
 
253 aa  185  8e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.362312  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1945  ABC transporter related protein  40.54 
 
 
257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2474  ABC transporter related  40.48 
 
 
257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5693  ABC transporter related  39.92 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0103926 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0989  ABC transporter related  39.92 
 
 
251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000217247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0659  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  37.9 
 
 
269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>