More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0389 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0389  ribose transport system permease protein rbsC  100 
 
 		 357 aa  702    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.995697 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0369  inner-membrane translocator  82.07 
 
 		 354 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.823115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1374  inner-membrane translocator  80.46 
 
 		 350 aa  548  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.161757  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5970  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  70.19 
 
 		 360 aa  499  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0370627  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0989  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  71.23 
 
 		 363 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2649  inner-membrane translocator  71.23 
 
 		 363 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0070  monosaccharide-transporting ATPase  70.25 
 
 		 364 aa  488  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0675215  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0235  monosaccharide-transporting ATPase  70.67 
 
 		 363 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.802766 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0103  monosaccharide-transporting ATPase  71.55 
 
 		 360 aa  480  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.628662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0504  inner-membrane translocator  65.36 
 
 		 357 aa  458  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2606  monosaccharide-transporting ATPase  64.54 
 
 		 360 aa  448  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0127  inner-membrane translocator  61.71 
 
 		 354 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0126  Monosaccharide-transporting ATPase  62.57 
 
 		 354 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.723984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2414  monosaccharide-transporting ATPase  55.46 
 
 		 360 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.346544  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4188  monosaccharide-transporting ATPase  52.97 
 
 		 360 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5756  Monosaccharide-transporting ATPase  49.13 
 
 		 356 aa  278  8e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.166974 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0718  inner-membrane translocator  45.63 
 
 		 341 aa  267  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.303584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2513  inner-membrane translocator  43.64 
 
 		 328 aa  258  8e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587124  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0184  inner-membrane translocator  45.23 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2604  inner-membrane translocator  45.93 
 
 		 317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.104291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3593  monosaccharide-transporting ATPase  43.25 
 
 		 329 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2222  monosaccharide-transporting ATPase  44.41 
 
 		 319 aa  249  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.294 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1902  inner-membrane translocator  46.45 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0227487  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0539  inner-membrane translocator  46.25 
 
 		 322 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3353  inner-membrane translocator  44.62 
 
 		 319 aa  245  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0893  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  42.33 
 
 		 328 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7025  monosaccharide-transporting ATPase  44.65 
 
 		 335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.560665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3204  inner-membrane translocator  44.84 
 
 		 348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000146759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4580  Monosaccharide-transporting ATPase  41.72 
 
 		 328 aa  242  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000124272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3129  inner-membrane translocator  44.81 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.196604  hitchhiker  0.00122058 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3622  inner-membrane translocator  45.4 
 
 		 334 aa  229  5e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3557  inner-membrane translocator  44.89 
 
 		 329 aa  216  5e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.373061  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  39.16 
 
 		 341 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.81 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 345 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 345 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  34.46 
 
 		 345 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 339 aa  169  9e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  37.11 
 
 		 835 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  37.36 
 
 		 310 aa  168  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  36.08 
 
 		 347 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 		 311 aa  168  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  35.89 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  36.57 
 
 		 324 aa  168  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 		 311 aa  168  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  36.71 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  36.88 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  36.88 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  36.88 
 
 		 311 aa  167  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3217  ribose transport system permease protein RbsC  36.34 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.961558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  37.11 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  36.88 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  36.88 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2491  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 405 aa  166  9e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  37.11 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7475  monosaccharide-transporting ATPase  36.87 
 
 		 363 aa  164  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 342 aa  162  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  33.33 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  36.56 
 
 		 311 aa  162  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 342 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  33.85 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  32.75 
 
 		 345 aa  159  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  32.28 
 
 		 330 aa  159  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  32.28 
 
 		 330 aa  159  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5319  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 342 aa  159  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  32.28 
 
 		 330 aa  159  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  36.77 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  38.27 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  34.39 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5596  monosaccharide-transporting ATPase  37.43 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  37.66 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  35.57 
 
 		 354 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2807  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 338 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  34.27 
 
 		 311 aa  153  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1652  inner-membrane translocator  37.69 
 
 		 340 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718181  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  35.85 
 
 		 348 aa  152  7e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  35.11 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2442  monosaccharide-transporting ATPase  36.39 
 
 		 349 aa  152  8.999999999999999e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  34.8 
 
 		 327 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  34.15 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  36.28 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6344  monosaccharide-transporting ATPase  33.63 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0383311  normal  0.17282 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0165  monosaccharide-transporting ATPase  36.09 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  34.71 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4336  Monosaccharide-transporting ATPase  36.39 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  34.77 
 
 		 325 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1133  monosaccharide-transporting ATPase  32.68 
 
 		 359 aa  150  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000291616  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4599  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.033778 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1349  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  37.8 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  39.74 
 
 		 343 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  33.81 
 
 		 346 aa  149  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2570  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  33.52 
 
 		 346 aa  149  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>