More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_222 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_222  Holliday junction DNA helicase  100 
 
 
312 aa  627  1e-179  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0210  ATPase  86.14 
 
 
307 aa  540  9.999999999999999e-153  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0868  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.76 
 
 
350 aa  63.2  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.281028  normal  0.0371389 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1357  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.82 
 
 
351 aa  61.6  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1192  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.96 
 
 
356 aa  60.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20671  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.27 
 
 
356 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2515  Holliday junction DNA helicase RuvB  32.12 
 
 
333 aa  60.8  0.00000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.75499  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2205  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.12 
 
 
343 aa  60.1  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0335874  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1893  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.19 
 
 
340 aa  59.7  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3690  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.49 
 
 
341 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.212033 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1909  Holliday junction DNA helicase RuvB  31.19 
 
 
318 aa  58.5  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0928672  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1112  Holliday junction DNA helicase RuvB  31.86 
 
 
326 aa  58.2  0.0000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.729195  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1554  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.5 
 
 
366 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0582053 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0319  Holliday junction DNA helicase RuvB  30.52 
 
 
329 aa  58.2  0.0000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.153675  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2521  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.7 
 
 
333 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0685  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.79 
 
 
358 aa  58.2  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.93 
 
 
338 aa  58.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.8 
 
 
334 aa  57.8  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2425  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.2 
 
 
347 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0803389 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0373  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
342 aa  57.8  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.03 
 
 
342 aa  57.4  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0922  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.23 
 
 
347 aa  57  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0472532  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1708  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.02 
 
 
355 aa  57  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.780962  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0049  Holliday junction DNA helicase RuvB  30.73 
 
 
332 aa  56.6  0.0000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.603347  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0629  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
339 aa  56.6  0.0000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.151039 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1767  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.73 
 
 
352 aa  56.6  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.406751  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0299  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.8 
 
 
342 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.225929 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.95 
 
 
345 aa  56.2  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0270  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.98 
 
 
335 aa  56.2  0.0000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0894  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.12 
 
 
340 aa  56.2  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00558721  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1690  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.82 
 
 
368 aa  56.2  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1365  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.98 
 
 
386 aa  55.8  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.191372  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3579  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.04 
 
 
360 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2534  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.04 
 
 
360 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.113994 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3516  Holliday junction DNA helicase RuvB  31.15 
 
 
346 aa  55.8  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0278  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.16 
 
 
345 aa  55.5  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.043434  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.72 
 
 
345 aa  55.8  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0684  Holliday junction DNA helicase RuvB  30.58 
 
 
329 aa  55.5  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0676931  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0893  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.14 
 
 
355 aa  55.8  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0248566  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0162  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.91 
 
 
347 aa  55.5  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0892  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
337 aa  55.5  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0172  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.19 
 
 
339 aa  55.8  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.719394  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3394  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.22 
 
 
370 aa  55.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00319499  hitchhiker  0.00000978143 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01270  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.48 
 
 
340 aa  55.1  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0415  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.67 
 
 
339 aa  55.5  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3221  Holliday junction DNA helicase RuvB  31.15 
 
 
346 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1116  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.84 
 
 
338 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.848994  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.65 
 
 
334 aa  54.7  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
334 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2637  Holliday junction DNA helicase RuvB  30.6 
 
 
346 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.65 
 
 
334 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
334 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
334 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4768  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.88 
 
 
356 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5235  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.88 
 
 
356 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.500344  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2652  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.45 
 
 
340 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2777  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.24 
 
 
351 aa  54.7  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.928098  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.65 
 
 
334 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1642  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.64 
 
 
340 aa  53.9  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000112926  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0737  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.98 
 
 
340 aa  53.9  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  30.69 
 
 
345 aa  54.3  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1454  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.53 
 
 
338 aa  53.9  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00617754  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5310  Holliday junction DNA helicase RuvB  31.14 
 
 
388 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_006686  CND04040  ATPase, putative  26.27 
 
 
370 aa  53.5  0.000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5229  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.67 
 
 
342 aa  53.5  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.365286 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.8 
 
 
344 aa  53.5  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0488  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.22 
 
 
343 aa  53.5  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1089  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.15 
 
 
334 aa  53.5  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
334 aa  53.1  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1089  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.91 
 
 
350 aa  53.1  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267927  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.03 
 
 
334 aa  53.1  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1216  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.38 
 
 
348 aa  53.1  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.814264 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0169  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.72 
 
 
324 aa  53.1  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  30.67 
 
 
345 aa  53.1  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
334 aa  53.1  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.57 
 
 
334 aa  53.1  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_004310  BR1702  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.44 
 
 
346 aa  53.1  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.67 
 
 
336 aa  53.1  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1645  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.44 
 
 
346 aa  53.1  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.919299  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0927  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.73 
 
 
333 aa  52.8  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0118  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.1 
 
 
348 aa  52.8  0.000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0130464 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0944  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.06 
 
 
343 aa  53.1  0.000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.27 
 
 
334 aa  52.8  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3124  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.72 
 
 
346 aa  52.8  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0149  Holliday junction DNA helicase RuvB  30 
 
 
369 aa  52.8  0.000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01931  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.32 
 
 
398 aa  52.8  0.000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.64 
 
 
336 aa  52.8  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.64 
 
 
352 aa  52.8  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.302913  normal  0.384387 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0710  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.59 
 
 
331 aa  52.4  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.693017  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0528  Holliday junction DNA helicase RuvB  25.2 
 
 
338 aa  52.8  0.000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1431  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.92 
 
 
344 aa  52.4  0.000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000941483  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0569  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.73 
 
 
346 aa  52.4  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.77 
 
 
334 aa  52.4  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1063  Holliday junction DNA helicase RuvB  27.84 
 
 
343 aa  52  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0152  Holliday junction DNA helicase RuvB  26.87 
 
 
347 aa  52  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00761409  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02380  DNA replication licensing factor cdc19 (cell division control protein 19), putative  24.43 
 
 
932 aa  52  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18071  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.42 
 
 
352 aa  52  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.11 
 
 
334 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  28.11 
 
 
338 aa  52.4  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3053  Holliday junction DNA helicase RuvB  29.49 
 
 
347 aa  52  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00505613  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>