More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0415 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_0415  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
339 aa  686    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0528  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.25 
 
 
338 aa  470  1.0000000000000001e-131  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0049  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.62 
 
 
332 aa  437  9.999999999999999e-123  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.603347  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0578  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.55 
 
 
338 aa  439  9.999999999999999e-123  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2515  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.51 
 
 
333 aa  435  1e-121  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.75499  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1909  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.38 
 
 
318 aa  434  1e-120  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0928672  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0612  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.24 
 
 
351 aa  430  1e-119  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4505  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
333 aa  424  1e-118  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00121958  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4315  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
336 aa  424  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0417721  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4153  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
336 aa  424  1e-118  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000576232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4164  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
336 aa  424  1e-118  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000669292  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4650  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
333 aa  424  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000830982  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3137  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.35 
 
 
333 aa  425  1e-118  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000701371  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4554  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
333 aa  424  1e-118  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00514849  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.04 
 
 
541 aa  424  1e-117  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4267  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
333 aa  423  1e-117  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000359024  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0696  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
333 aa  424  1e-117  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000306713  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4539  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
333 aa  424  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000348871  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0927  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.96 
 
 
333 aa  422  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2521  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.96 
 
 
333 aa  424  1e-117  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1454  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.2 
 
 
338 aa  419  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00617754  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1334  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.84 
 
 
336 aa  419  1e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00146189  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.05 
 
 
336 aa  408  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2203  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.23 
 
 
346 aa  409  1e-113  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1914  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.23 
 
 
346 aa  408  1e-113  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.881397  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1205  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.36 
 
 
334 aa  405  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0781696  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.1 
 
 
345 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.72 
 
 
344 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.45 
 
 
334 aa  404  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1348  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.2 
 
 
335 aa  402  1e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000729469  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1111  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.36 
 
 
336 aa  401  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000117425  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1698  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 
334 aa  403  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.23 
 
 
334 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.85 
 
 
338 aa  401  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1731  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 
334 aa  403  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.707795  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3124  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.8 
 
 
346 aa  399  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.32 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.32 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.32 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.32 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.02 
 
 
338 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.4 
 
 
336 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.57 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.32 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.62 
 
 
351 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.44 
 
 
335 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0182  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
330 aa  398  9.999999999999999e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107724  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.92 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1820  Holliday junction DNA helicase RuvB  56 
 
 
336 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0486722  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.95 
 
 
338 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.73 
 
 
338 aa  397  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.1 
 
 
338 aa  395  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.59 
 
 
345 aa  395  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01601  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.19 
 
 
334 aa  397  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.33 
 
 
338 aa  397  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0905  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.93 
 
 
335 aa  396  1e-109  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.15 
 
 
342 aa  397  1e-109  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0894  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.23 
 
 
340 aa  396  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00558721  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0531  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.1 
 
 
348 aa  397  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.899114  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.23 
 
 
334 aa  397  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.23 
 
 
334 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2104  Holliday junction DNA helicase RuvB  56 
 
 
334 aa  397  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.23 
 
 
334 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0270  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.31 
 
 
335 aa  397  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0944  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.67 
 
 
343 aa  396  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003922  holliday junction DNA helicase RuvB  55.86 
 
 
355 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000262975  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.62 
 
 
334 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.02 
 
 
337 aa  397  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.41 
 
 
338 aa  395  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.72 
 
 
337 aa  395  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2295  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.56 
 
 
354 aa  391  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  56 
 
 
334 aa  394  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.15 
 
 
336 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.88 
 
 
336 aa  394  1e-108  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.57 
 
 
336 aa  392  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.71 
 
 
353 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.15 
 
 
336 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  56 
 
 
336 aa  393  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.15 
 
 
336 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2190  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.96 
 
 
337 aa  392  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000182664  normal  0.290064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.66 
 
 
344 aa  393  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  56 
 
 
334 aa  394  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.15 
 
 
336 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2503  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.58 
 
 
370 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.54699  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.15 
 
 
336 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.55 
 
 
353 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2180  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.7 
 
 
336 aa  394  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.729966  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1063  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.67 
 
 
343 aa  394  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1889  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.35 
 
 
337 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.95 
 
 
343 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.18 
 
 
336 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.18 
 
 
336 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.08 
 
 
337 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.98 
 
 
358 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.18 
 
 
336 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.18 
 
 
336 aa  391  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  55.18 
 
 
336 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.48 
 
 
337 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.18 
 
 
336 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.01 
 
 
334 aa  390  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>