More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1708 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1708  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 		 355 aa  717    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.780962  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01270  Holliday junction DNA helicase RuvB  83.82 
 
 		 340 aa  594  1e-169  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1642  Holliday junction DNA helicase RuvB  83.24 
 
 		 340 aa  583  1.0000000000000001e-165  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000112926  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1893  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.41 
 
 		 340 aa  522  1e-147  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3690  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.43 
 
 		 341 aa  503  1e-141  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.212033 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0373  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.81 
 
 		 342 aa  499  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5229  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.39 
 
 		 342 aa  494  9.999999999999999e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.365286 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0299  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.51 
 
 		 342 aa  493  9.999999999999999e-139  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.225929 
 
 
-
 
NC_002950  PG0488  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.47 
 
 		 343 aa  474  1e-132  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1251  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.58 
 
 		 355 aa  471  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000492423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2652  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.95 
 
 		 340 aa  430  1e-119  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0522  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.29 
 
 		 343 aa  418  1e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.37 
 
 		 344 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.91 
 
 		 358 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.78 
 
 		 338 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.2 
 
 		 338 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.39 
 
 		 355 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1619  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.76 
 
 		 344 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.933878 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.89 
 
 		 338 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 		 337 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0569  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.39 
 
 		 346 aa  398  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0587  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.82 
 
 		 338 aa  395  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0736056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4407  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.06 
 
 		 353 aa  394  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1767  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.95 
 
 		 352 aa  397  1e-109  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.406751  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.19 
 
 		 338 aa  395  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.12 
 
 		 347 aa  396  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 		 338 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.54 
 
 		 354 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.37 
 
 		 356 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36690  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 		 352 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 		 338 aa  393  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 		 334 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0616  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.84 
 
 		 348 aa  392  1e-108  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.75 
 
 		 356 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.59 
 
 		 341 aa  392  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0140  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.31 
 
 		 348 aa  393  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01601  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.5 
 
 		 334 aa  392  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 		 334 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4541  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.44 
 
 		 352 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.64 
 
 		 344 aa  393  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 		 334 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.95 
 
 		 345 aa  392  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 		 335 aa  393  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2362  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.95 
 
 		 337 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00859369  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.63 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.45 
 
 		 356 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.62 
 
 		 334 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1584  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.75 
 
 		 356 aa  389  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0383381  normal  0.43268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3998  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.49 
 
 		 348 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0063  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.33 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.389593  normal  0.914826 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.52 
 
 		 357 aa  388  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0944  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.49 
 
 		 343 aa  391  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 		 334 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.44 
 
 		 337 aa  389  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.16 
 
 		 336 aa  390  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.16 
 
 		 336 aa  390  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.88 
 
 		 353 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.89 
 
 		 358 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4201  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.12 
 
 		 348 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.564106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0927  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.7 
 
 		 333 aa  390  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.75 
 
 		 354 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.63 
 
 		 354 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1063  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.49 
 
 		 343 aa  390  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.2 
 
 		 363 aa  390  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.75 
 
 		 355 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1883  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.31 
 
 		 337 aa  389  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.679092  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1756  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 		 351 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.523828  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.44 
 
 		 337 aa  388  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0418  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 		 351 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3124  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 		 346 aa  391  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.05 
 
 		 363 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.32 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2180  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.94 
 
 		 336 aa  390  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.729966  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51780  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.33 
 
 		 352 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000261912 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0062  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.33 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.93 
 
 		 334 aa  389  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.32 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0266  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.88 
 
 		 356 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.18 
 
 		 348 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4505  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.11 
 
 		 333 aa  385  1e-106  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00121958  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.68 
 
 		 334 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.98 
 
 		 354 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3407  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.88 
 
 		 356 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1247  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.88 
 
 		 356 aa  387  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.11 
 
 		 541 aa  384  1e-106  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.31 
 
 		 354 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.99 
 
 		 361 aa  386  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1128  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.88 
 
 		 356 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3401  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.88 
 
 		 356 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2532  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.88 
 
 		 356 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.12 
 
 		 342 aa  387  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.18 
 
 		 348 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2515  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.01 
 
 		 333 aa  385  1e-106  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.75499  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0688  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.94 
 
 		 356 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.06 
 
 		 339 aa  387  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1638  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.41 
 
 		 348 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104926 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.96 
 
 		 345 aa  385  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.33 
 
 		 343 aa  385  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>